靶向紧密连接蛋白6的药物在癌症治疗中的研究进展

紧密连接蛋白6(Claudin6,CLDN6)是紧密连接蛋白(Claudins,CLDNs)家族的一员,在卵巢癌、睾丸癌、子宫颈内膜癌、肝癌和肺腺癌等多种癌症中特异性高表达,而在成人正常组织中几乎不表达。其能够激活多条通路参与肿瘤发生的多个过程,包括促进肿瘤生长、迁移和侵袭,且促进肿瘤化疗耐药。近年来,CLDN6作为癌症治疗的新靶点引起了研究人员的广泛关注,针对CLDN6靶点开发了多种类型的抗癌药物,包括抗体偶联药物(antibody-drug conjugate,ADC)、单克隆抗体、双特异性抗体和嵌合抗原受体T细胞免疫疗法(chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy,CAR-T)。本文简要概述了CLDN6的蛋白结构、表达分布以及在肿瘤中的功能,并对其作为药靶开发的抗癌药物研发现状和研发思路进行了综述。     

中国环缘蝽属昆虫记述(半翅目:姬缘蝽科)

环缘蝽属(Stictopleurus Stal)建立于1872年,为半翅目(Hemiptera)姬缘蝽科(Rhopalidae)中的一个类群。Reuter(1885)将其降为姬缘蝽属(Corizus Fallen)的一个亚属,该意见曾被一些学者所采纳,如Puton(1886/1899),Ragusa(1907),Van Duzee(1916),Torre-Bueno(1914)等;Muzik(1904)亦曾将其作为伊缘蝽属(Rhopalus Schil-ling)的一个亚属;但后来多数学者及近代的分类学工作者均将其视为一个独立的属,如Oshanin(1906/1912),De Seabra(1927),Harris(1943),Chopra(1967),Gollner-     

拟南芥ACOL8基因在乙烯合成与响应中的功能分析

植物激素乙烯在多种生理生化过程中发挥重要作用,但其在特定组织器官中的合成机制尚不完全清楚。拟南芥中存在12个功能未知的ACC氧化酶类似蛋白（ACO-like homolog,ACOL）,运用基因定点编辑技术构建了ACOL8的功能丧失型突变体,发现该基因的突变削弱了经典的乙烯“三重反应”。与野生型相比,突变体黄化幼苗下胚轴及主根的长度显著增加,这与突变体对外源ACC的敏感性下降现象一致。同时还发现ACOL8基因的表达受乙烯信号的正反馈调控,EIN3过表达增强其表达水平,而etr1-3的突变则产生相反效应。再者,在正常条件下,ACOL8基因的突变并未影响拟南芥的生长;但在盐胁迫条件下,突变体的根冠比显著下降,这说明该基因参与植物的盐胁迫响应。综上,这些结果说明ACOL8可能具有ACC氧化酶的功能,参与乙烯的合成与响应。     

茶树品种‘金牡丹’自然杂交后代遗传鉴定

为了对‘金牡丹’茶树自然杂交后代进行遗传鉴定,利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术对65个金牡丹自然杂交后代进行研究。结果表明,28对SSR标记共扩增出192个等位片段,平均等位基因数(Na)、平均观测杂合度(Ho)及遗传多态信息量(PIC)分别为6.86、0.540、0.532。单亲基因型已知时的累积排除概率为0.999,说明选择的28对SSR标记位点具有高度的多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体的亲子鉴定。15个‘金牡丹’自然杂交后代的遗传鉴定结果表明,MD44、JMD45、JMD47、JMD32为早生绿茶类型;JMD51、JMD53为闽北肉桂乌龙茶类型;MD2、JMD56为闽南‘铁观音’乌龙茶类型;JMD24、JMD26、JMD29、JMD55、JMD59、JMD27、JMD61为‘黄棪’乌龙茶类型。     

5个番石榴品种果实食用品质和香气特征分析

为比较番石榴(Psidium guajava)不同品种果实的外观、营养价值和香气特征,采用国家标准方法,对5个番石榴品种(‘红宝石’、‘粉红蜜’、‘西瓜’、‘水蜜’、本地种)果实的外观和营养成分进行测定,采用顶空气质联用(HS-GC-MS)技术对5个品种果实的香气成分进行测定。结果表明,不同品种果实外观及营养成分差异明显。‘水蜜’的果形指数最低,果实扁圆形,种籽最少;大多数糖类物质(总糖、还原糖、蔗糖等)、糖酸比、总酚含量最高;果糖、VC和总黄酮含量位居第2;总酸、脂肪、粗纤维、灰分含量最低。主成分分析表明,‘水蜜’作为鲜食水果的食用品质最高。己醛和石竹烯是红肉型品种的特征风味物质,3-羟基-2-丁酮是白肉型品种的特征香气成分。     

急性髓系白血病mRNA与非编码RNA差异表达谱及CeRNA调控网络分析

利用GEO数据库(gene expression omnibus database)通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的发病机制。检索GEO数据库中AML相关芯片数据集GSE142698、GSE142699和GSE96535。利用GEO2R分析得到差异mRNAs、miRNAs以及差异lncRNAs。利用在线生物信息学分析工具DAVID对差异mRNAs进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用miRWalk数据库预测AML相关miRNAs的靶向mRNAs,利用Spongescan数据库预测AML相关miRNAs的靶向lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA （competing endogenous RNA,ceRNA）调控网络。共筛选出29个显著差异mRNAs、70个显著差异miRNAs和20 005个显著差异lncRNAs。GO富集分析和KEGG通路分析显示,差异表达基因主要涉及蛋白磷酸化、细胞分裂、细胞增殖的负调控、基因表达的正向调节、周期蛋白依赖的丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节等生物过程以及细胞周期、细胞衰老、癌症通路、PI3K-Akt通路等信号通路。将miRWalk数据库预测的靶向mRNAs与差异mRNAs取交集,Spongescan数据库预测的靶向lncRNAs与差异lncRNAs取交集,分别确定了25个mRNAs、6个lncRNAs参与AML相关ceRNA调控网络的构建。结果表明,lncRNAs可能作为关键的ceRNA,通过调控miRNA和相关靶基因参与AML的发生与发展,研究结果为AML诊断和治疗的分子生物学研究提供了新的依据。     

又一种引致人体原发性皮肤毛霉病的非商温根毛霉属真菌

一年多以前,我们报道了一种引致人类原发性皮肤毛霉病的病原真菌Rm6并定名为多变根毛霉((Rhizomucor variabilis Zheng & G.-q. Chen)。最近我们又发现了它的另外一个变种Rm7。它是北京医科大学第一医院的王端礼教授分离的,原编菌号4873。Rm7的病人和Rm6的情况很相近。她也是一个女病人,来自农村,患的同样是原发性皮肤病而没有患有其他的毛霉病或其他疾病,她的病也没有传染给她的家人。不同的是,她来自我国北部的河北省而不是南部的江苏省;她的病史更长,达16年之久;她的病部在脸上而不是在手上,并造成进食困难。Rm7和Rm6的培养物相似,也是亮黄色,但比较低矮。它与Rm6一样是非高温真菌,最适、最高、最低温度同样分别是24-30, 38,和9℃形态上的亲缘性也是显而易见的:两者都有匍匐菌丝和较发达的假根;孢子枝也是假轴分枝;孢子囊壁也是缓慢消解;有很不规则形状的囊轴;有明显的囊领;都有大量厚垣孢子。Rm7与Rm6的主要区别在于:(1)假根只从匍匐菌丝和气生菌丝上长出而不从孢子枝、孢子囊或囊轴等各处长出;(2)孢子枝可连续分枝达7次之多;(3)孢子枝在分枝处往往有一个隔膜;(4)往往在10天以上的培养物中才出现不规则形状的囊轴;(5)从未见有囊托;(6)孢囊孢子形状较规则,较短而不超过11 μm;(7)孢子囊和囊轴均较小,直径相应不超过70及30 μm.因此,我们将Rm7鉴定为Rm6的一个变种,并定名为较规则多变根毛霉新变种(Rhizomucor variabilis var. regularior Zheng & G.-q. Chen var.nov.)。这样,在根毛霉属内可以承认的共计5种6分类群。     

ploidyfrost: Reference-free estimation of ploidy level from whole genome sequencing data based on de Bruijn graphs

Polyploidy is ubiquitous and its consequences are complex and variable. A change of ploidy level generally influences genetic diversity and results in morphological, physiological and ecological differences between cells or organisms with different ploidy levels. To avoid cumbersome experiments and take advantage of the less biased information provided by the vast amounts of genome sequencing data, computational tools for ploidy estimation are urgently needed. Until now, although a few such tools have been developed, many aspects of this estimation, such as the requirement of a reference genome, the lack of informative results and objective inferences, and the influence of false positives from errors and repeats, need further improvement. We have developed ploidyfrost , a de Bruijn graph-based method, to estimate ploidy levels from whole genome sequencing data sets without a reference genome. ploidyfrost provides a visual representation of allele frequency distribution generated using the ggplot2 package as well as quantitative results using the Gaussian mixture model. In addition, it takes advantage of colouring information encoded in coloured de Bruijn graphs to analyse multiple samples simultaneously and to flexibly filter putative false positives. We evaluated the performance of ploidyfrost by analysing highly heterozygous or repetitive samples of Cyclocarya paliurus and a complex allooctoploid sample of Fragaria × ananassa. Moreover, we demonstrated that the accuracy of analysis results can be improved by constraining a threshold such as Cramér's V coefficient on variant features, which may significantly reduce the side effects of sequencing errors and annoying repeats on the graphical structure constructed.     

《中国真菌志》50年编研成果及展望

历经几代真菌人的艰苦奋斗,《中国真菌志》目前已出版65卷,其中子囊菌类有35卷、担子菌类26卷、接合菌类1卷、卵菌1卷、黏菌2卷;上述卷册记录923属9 228种及种下分类群。编研涉及大型和小型的类群、腐生菌、食药用菌、菌根真菌、作物和林木病原菌、捕食性真菌、虫生菌、菌生真菌以及毒菌等。编研过程中发现并发表了大量新分类群,丰富了对菌物物种多样性的认知。归纳已有成果,已立项卷册应加快编研和出版进度;资源调查与分类学研究需进一步加强,按分类群(专科、专属)继续开展编研工作,注重拟参编类群的前期研究积累;以下分类群值得在后续工作中予以关注：水霉目等部分卵菌、壶菌类、座囊菌纲部分类群、盘菌纲和锤舌菌纲中尚未参编的主要类群、伞菌纲中具有小型子实体的类群等。由于分类系统在不断更新和完善,已出版卷册中使用的部分名称和分类地位的处理需依据被大多数学者所公认的分类系统给予适时的订正。期待建设一支继往开来的菌物分类学研究队伍,不断取得令世人瞩目的编研成果,为我国菌物资源利用和物种保护提供科学依据。