Prediction of subcellular location apoptosis proteins with ensemble classifier and feature selection

Apoptosis proteins have a central role in the development and the homeostasis of an organism. These proteins are very important for understanding the mechanism of programmed cell death. The function of an apoptosis protein is closely related to its subcellular location. It is crucial to develop powerful tools to predict apoptosis protein locations for rapidly increasing gap between the number of known structural proteins and the number of known sequences in protein databank. In this study, amino acids pair compositions with different spaces are used to construct feature sets for representing sample of protein feature selection approach based on binary particle swarm optimization, which is applied to extract effective feature. Ensemble classifier is used as prediction engine, of which the basic classifier is the fuzzy K-nearest neighbor. Each basic classifier is trained with different feature sets. Two datasets often used in prior works are selected to validate the performance of proposed approach. The results obtained by jackknife test are quite encouraging, indicating that the proposed method might become a potentially useful tool for subcellular location of apoptosis protein, or at least can play a complimentary role to the existing methods in the relevant areas. The supplement information and software written in Matlab are available by contacting the corresponding author.     

香菇单孢杂交子代群体灰色关联度和ISSR分析

以香菇Lentinula edodes栽培菌株秋6和K95-1为亲本,通过单孢菌株配对杂交获得21个杂交子,观察杂交子及亲本菌丝体生长情况,进行栽培出菇试验。采用灰色关联度分析法,对9个正常出菇的杂交子从8个性状方面进行综合评价,结果表明,杂交子QK-8和QK-15关联度仅次于亲本秋6,农艺性状和子实体性状表现最好。采用ISSR技术对21个杂交子及亲本进行DNA多态性聚类分析,单孢杂交后代遗传分化十分明显,归于同一类群的杂交子在菌丝生长、子实体形态和农艺性状等方面常表现相似,ISSR分析能为优良杂交子初步筛选提供重要参考。     

微生物富集方法及其应用的研究进展

目前临床上常用的微生物检测方法主要有分离和培养法、酶联免疫吸附试验(ELISA)以及核酸检测技术等。有效的微生物富集方法不仅为后续检测工作提供帮助,而且在某些微生物含量极低的情况下决定整个检测实验的成败。本文综述微生物富集方法原理及应用研究的进展。     

靶向增殖细胞核抗原shRNA的构建及其对HepG2细胞增殖与凋亡的影响

为了探讨抑制增殖细胞核抗原(PCNA)基因表达对人肝癌HepG2细胞增殖及凋亡的影响,将前期筛选出的最佳siRNA序列转化为能表达其小发夹结构RNA(smallhairpinRNAs,shRNA)的DNA序列,并与pSilencer2.0-U6质粒定向连接,构建靶向PCNA基因的siRNA真核表达载体pShPCNA,经DNA测序证实与设计完全一致.随后采用WST法及克隆形成抑制观察细胞增殖抑制情况、划痕实验来观察细胞迁移能力,流式细胞术、Hoechest33258染色、细胞线粒体膜电位改变检测细胞凋亡.在转染HepG2细胞48h后,pShPCNA组细胞PCNAmRNA表达明显下调,并出现明显的增殖抑制作用,明显抑制细胞克隆的形成和细胞的迁移力,且呈剂量-效应关系.流式细胞术检测发现:pShPCNA组细胞明显阻滞于G0/G1期,并出现明显的亚二倍体凋亡峰,出现明显的早期凋亡细胞群.荧光显微镜检测表明,细胞线粒体膜电位降低,并且细胞出现核固缩、凋亡小体等凋亡形态学变化.上述结果表明,成功构建了靶向PCNA基因的siRNA真核表达载体pShPCNA,pShPCNA转染HepG2细胞48h后,能够显著抑制细胞的生长增...     

阿托伐他汀对高血压肾脏并发症炎性损伤的治疗作用(英文)

通过考察阿托伐他汀(atorvastatin, ATO) 对自发性高血压大鼠(spontaneously hypertensive rats, SHR) 肾脏炎性损害的影响, 探讨了 ATO 对高血压肾脏并发症的防治作用。将4周龄SHR分为高血压模型组和ATO治疗组(8mg/kg),以同周龄的Wistar-Kyoto大鼠为正常对照。灌胃给药8周后, 采用酶联免疫法(enzyme linked immunosorbent assay)测定血浆和肾组织血管紧张素Ⅱ(angiotensin, AngⅡ)含量;测定诱导性一氧化氮合酶(inducible nitric oxide synthase, iNOS)及细胞间粘附分子-1(intercellular adhesion molecule-1, ICAM-1) 的蛋白表达和亚硝酸阴离子(nitrite, NO2-)含量,以评价肾脏炎症状态; 以苏木素伊红(hematoxylin and eosin)和过碘酸六胺银染色(periodic acid-silver metheramine) 染色示SHR肾小球和肾间质形态学病变,并以尿蛋白含量为指标衡量肾脏功能。结果显示...     

腐败梭菌α毒素基因的克隆表达及其类毒素的免疫原性研究

根据GenBank公布的腐败梭菌α毒素基因序列,设计了一对引物,并以腐败梭菌基因组为模板,经PCR特异性扩增出腐败梭菌菌株HeB01的α毒素基因。序列分析表明,该基因产物大小为1323bp,与GenBank报道的4个腐败梭菌参考菌株α毒素基因序列同源性高于99·5%。将扩增的α毒素基因定向克隆到原核表达载体pQE30中,得到重组质粒pQE30-α,将重组质粒转化大肠杆菌M15中,得到重组菌株M15(pQE30-α),经IPTG诱导后,SDS-PAGE分析可见表达的48kD特异条带;Westernblot和ELISA检测实验表明:表达的α毒素与抗天然α毒素抗体发生特异性反应,说明α毒素蛋白具有较好的免疫原性。将表达的α毒素蛋白制成类毒素疫苗,免疫小鼠后,具有一定的保护能力,表明该重组菌株有望作为腐败梭菌基因工程类毒素疫苗的候选生产菌株。     

西瓜种子内源β-半乳甘露聚糖酶活性与分布以及与萌发速度的关系

利用单粒种子凝胶扩散法研究了β-半乳甘露聚糖酶在西瓜种子萌发过程中的分布以及与西瓜种子萌发速率的关系。结果发现,在胚根尖突破种皮前吸胀的西瓜种子中,内源β-半乳甘露聚糖酶主要分布于种子的胚膜套中,并起到减弱外种皮和胚膜套细胞壁对胚根伸出的机械阻力的作用。对具有不同萌发速率的品种以及引发处理和未处理的西瓜种子中酶活性的检测证明,β-半乳甘露聚糖酶活性与西瓜种子萌发速度相关。固体基质引发三倍体西瓜种子过程中β-半乳甘露聚糖酶的活化和种皮阻力的减弱,是引发种子提高了萌发速度和萌发能力的原因之一。     

大戟甲羟戊酸途径关键酶基因hmgr的克隆与分析

通过比较6种植物8条甲羟戊酸途径关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因同源区域,设计简并引物,利用RT-PCR技术成功地从大戟(Euphorbia pekinensis)叶中扩增出458bp的基因片段。通过BlastP比较,所推断的大戟HMGR蛋白序列与杜仲Eucommia ulmoides(AAV54051)、穿心莲Andrographis paniculata(AAP14352)、胡黄连Picrorhiza kurrooa(ABC74565)、橡胶树Hevea brasiliensis(AAU08214)、海岛棉Gossypium barba-dense(ABC71314)、龙胆草Gentiana lutea(BAE92730)的一致性分别达到90%、86%、86%、92%、87%和88%。蛋白质保守区、特征区以及进化树分析,初步证实该基因为hmgr基因,这是首次报道从药用植物大戟中克隆到甲羟戊酸途径关键酶HMGR的基因片段。     

UK~(37)沉积地层记录:三门湾海表温度(SST)和EI Nio现象及其对大型底栖动物生命活动的影响

应用UK37估算三门湾(1916~2003年)表层海水温度,SST波动范围在15.97~18.00℃之间,年平均为17.03℃,此计算值比当年实测海水全年平均温度低3.52℃,与秋季海水实测温度相接近。研究显示出,三门湾的EI Nio事件在大尺度上与东太平洋一样,均受制于气候影响因素,但在变化尺度上又受到地理位置和地方性气候(季风)的影响,事件在形式和年代上相互对应,但其颤动幅度远不如东太平洋强烈。同时通过比较EI Nio期间(2003/2002)和非EI Nio期间(2006/2005)大型底栖生物的群落结构变动信号、生物量、栖息密度以及物种多样性等,研究显示出三门湾若干大型底栖生物对EI Nio事件产生响应迹象,若干大型底栖生物对EI Ni o的响应主要是通过海洋环流的影响来体现生命和生态效应的,主要表现在改变了底栖生物种类数和多样性、以及生命活动及栖息密度分布模式。在EI Nio影响下,台湾暖流入侵势力加强,2003/2002年底栖生物群落种类数减少与海流入侵及盐度密切相关;通过与同海域浮游动物对比研究,三门湾海域浮游动物和底栖生物对EI Nio的生态响应均较大,前者可能与三门湾海域水域较浅,外海暖水从底部入侵改变水温和盐度,直接影响底栖生物的生态环境,致使种类数大大减少有关;而后者由于入侵暖水强度增大,携带大量暖水性浮游动物,呈现出在EI Nio时期浮游动物种类数、生物量和丰度有偏高趋势。     

ISSR标记在黑木耳单核体遗传分析中的应用

采用原生质体单核化和单孢分离法分别获得黑木耳Auricularia auricula栽培菌株新科5号两个亲本单核体（T1、T2）和33个F1代孢子单核体。从73条ISSR引物中筛选出13条可区分两个亲本单核体（T1、T2）的引物,对新科5号及F1代孢子单核体进行扩增,共扩增出70条带,其中63条在供试菌株间表现出多态性,多态位点百分率为90.0%。根据扩增结果采用软件NTsys2.10e计算菌株间的遗传相似系数并进行聚类分析,36个菌株间的遗传相似系数（GS值）的变化范围为0.2500～0.8382,其中T1和T2之间的GS值最小,遗传相似程度最低;F1代33个孢子单核体中24个与T1聚为一类,其余9个与T2聚为另一类,但并非严格按照交配型进行归类。试验表明黑木耳子实体上各个担子在减数分裂中染色体交换极具多样性,F1代孢子单核体表现出偏向其中一个亲本的现象,ISSR标记在黑木耳杂交育种中具有潜在的应用价值。