物种谱系不确定性对群落谱系格局指标的影响

物种谱系关系常被用于衡量群落谱系格局及推断格局背后的生态过程,但多数研究往往忽视谱系关系的不确定性及其可能对群落谱系格局造成的影响.为此,本文以浙江天童20 hm^2样地内150个树种为研究对象,采用这些物种叶绿体DNA的rbcL和matK碱基序列构建1棵一致系统发育树和反映谱系不确定性的999棵系统发育树,然后结合样地物种分布数据计算标准化净亲缘指数(NRI)和最近亲缘指数(NTI),最后运用独立置换零模型衡量样地群落谱系格局.结果表明:物种系统发育树在拓扑结构和物种谱系分支节点年龄上均存在较大的不确定性,谱系不确定性随着谱系分支节点年龄的减小而增大,也随物种间平均谱系距离的增加而增加;在样方尺度上,物种谱系的不确定性增加了标准化NRI和NTI指数的变异,但对两个指数的影响几乎独立;其对两指数的空间分布影响不同,且程度不一,其中标准化NRI受到的影响相对更大;在群落尺度上,物种谱系的不确定性增加了标准化NRI和NTI的变异,平均变异系数分别为0.37和0.077,表明群落水平的标准化NRI更易受到谱系不确定性的影响.这说明物种谱系不确定性会传递到常用的群落谱系格局指标中,且不同指标受影响的程度不同,进而影响对群落谱系格局的衡量及相关生态过程的推断.该结论也暗示以往不考虑谱系不确定性的研究中,非随机的群落谱系格局比例可能被高估.     

云南省鲤形目鱼类两新纪录——须鲫(Carassioides acuminatus)及矮身间吸鳅(Hemimyzon pumilicorpora)

近期整理中国科学院昆明动物研究所馆藏鱼类标本时,发现云南省鲤形目鱼类两新纪录,须鲫(Carassioides acuminatus)(采自云南省河口县红河干流)及矮身间吸鳅(Hemimyzon pumilicorpora)(采自云南省富宁县谷拉乡谷拉河,属珠江上游右江水系)。该新纪录的发现明确了两个物种的分布范围并增加了对云南土著鱼类区系的了解。     

伊洛瓦底江中国境内江段裂腹鱼属二新种描述及分类整理

该文对伊洛瓦底江水系的裂腹鱼属进行分类订正。发现了两种未被描记的鱼类新种,即白体裂腹鱼(Schizothorax leukussp.nov.)和奇异裂腹鱼(Schizothorax heteri sp.nov.)。白体裂腹鱼下唇完整不分叶、表面具发达乳突,下唇后缘平直呈横带形;下颌内侧角质突起甚厚,充满整个口腔,角质前缘锐利;胸鳍末端之前的峡部和腹部裸露无鳞;须长约等于眼径;背鳍末根不分枝鳍条较软,基部～1/3扩大变硬、后缘具明显锯齿;侧线鳞94～105,侧线上鳞26～34,侧线下鳞21～27;第一鳃弓外侧鳃耙16～20;体侧暗褐色,无明显黑斑。这些特征可将白体裂腹鱼与本属其他种类相区分。奇异裂腹鱼吻皮与上唇约等厚;下唇发达,分三叶,中间叶小,约与触须基部直径相当;唇后沟连续;下颌无锐利角质;胸鳍末端之前的峡部和腹部裸露无鳞;须长约等于眼径;背鳍末根不分枝鳍条扩大,为粗状的硬齿,后缘具强锯齿;背鳍起点位于腹鳍起点之后;侧线鳞89～104,侧线上鳞24～33,侧线下鳞19～29;通体浅灰色,体侧无斑纹;这些特征可将白体裂腹鱼与本属其他种类相区分。该研究否定了圆颌裂腹鱼(S.rotundimaxillaris)的有效性,澄清了墨脱裂腹鱼(S.molesworthi)、灰裂腹鱼(S.griseus)和保山裂腹鱼(S.paoshanensis)等在伊洛瓦底江水系的记录均属误订,确定该水系中国境内裂腹鱼属有效种为8种,并制定了伊洛瓦底江裂腹鱼属种检索表。     

澜沧江西双版纳段鱼类组成和物种多样性

根据2018-2020年澜沧江西双版纳段5次鱼类资源调查数据,结合相关文献资料,对该流域鱼类组成及物种多样性进行了分析。结果显示：澜沧江西双版纳段此次共调查到鱼类119种,隶属于11目28科79属,而历史记录鱼类共179种,隶属于12目34科106属。随着调查的不断深入,土著鱼类种数逐渐增多,但占比却逐渐下降,外来鱼类种数逐渐增多,占比也逐渐升高;本次调查到土著鱼类92种,占鱼类种数的77.31%,占比进一步下降;外来鱼类27种,占鱼类种数的22.69%,占比进一步升高。该区域鱼类优势种为云南吻孔鲃Poropuntius huangchuchieni和少鳞舟齿鱼Scaphiodonichthys acanthopterus,常见种为长臀鲃Mystacoleucus marginatus和宽额鳢Channa gachua。有《国家重点保护野生动物名录》（2021年）鱼类5种,《中国生物多样性红色名录脊椎动物卷》（2015年）受威胁鱼类8种。相对于我国其他江河,澜沧江西双版纳段有极高水平的鱼类物种多样性,其中澜沧江干流鱼类物种多样性相对于左、右岸支流较低,左岸支流鱼类多样性高于右岸,罗梭江鱼类多样性高于其他一级支流。虽然澜沧江西双版纳段鱼类物种多样性维持在较高水平,但土著鱼类占比下降趋势明显,仍面临着严重威胁,本文分析了受威胁因素,并提出了保护建议。     

焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的：探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法：以VKORC1基因1639 G〉A位点、CYP2C19基因636 G〉A位点及UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果：通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 G〉A位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7多态性的分型准确性。结论：本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。     

东海陆架西南部台北坳陷古近纪孢粉植物群的时空分布

详细叙述东海陆架西南部台北坳陷古近纪不同凹陷区各时期孢粉植物群展布情况。区内古近纪孢粉植物群可分为早古新世、晚古新世、早始新世和中始新世4个发育阶段,早古新世孢粉植物群仅见于坳陷西南的局部地区,称Abietineaepollenities/Cedripites-Parcisporites-Momipites leffingwellii组合,晚古新世孢粉植物群分4种类型,椒江凹陷称Taxodiaceaepollenites-Engelhardtioidites-Momipites leffingwellii组合,丽水-福州凹陷称Taxodiacenepollenites-Myricaceoipollenites-Momipites leffingwellii组合,闽江凹陷南部称Taxodiaceaepollenites-Momipites leffingwellii组合,闽江册陷北部称Lygodiumsporites-Cicatricosisporites dorogensis-Tiliaepollenites-Bombacacidites组合。早始新世孢粉植物群具南北差异,北部以海金沙科和椴科孢粉植物发育为特征,南部以海金沙科、椴科和杨海科孢粉植物群发育为特征,以上均指示为湿热的亚热带气候。中始新世本区孢粉植物群比较一致,称Cicatricosisporties dorogensis-Ephedripites(D)-Nitrariadites组合,指示为受到干旱气候影响的亚热带气候。区内缺失渐新统,故无渐新世孢粉记录。     

中国鱼类科的新纪录——印度囊鳃鲇

作者在云南省盈江县采到鱼类标本44号,经鉴定为我国鱼类区系中科、属、种的首次纪录--印度囊鳃鲇(Heteropneustes fossillis)。     

生物冰期避难所与冰期后的重新扩散

冰期（尤其是更新世冰期）对当今生物的空间分布格局和遗传结构产生了深远影响,研究生物冰期避难所对于了解不同生物区系间的关系、物种形成以及生物多样性保护具有十分重要的意义。生物冰期避难所的确定员韧是根据特有种的分布、化石、抱粉等证据推测而来,分子遗传标记为冰期生物避难所以及冰期后重新扩散路线的研究提供了有力的工具。本文以北美和欧洲为例,介绍了分子遗传标记在生物避难所以及冰期后再扩散路线研究中的应用和一些结论。我国存在许多东西走向的大山,减缓了冰期时低温对生物的影响,为许多生物提供了避难场所,但我国有关研究开展得很少。员后,对我国该领域提出了应优先开展的研究方向。