用于蛋白质分子设计的三维模体搜索

三维结构模体,常是蛋白质中离散残基片断组成的功能性子结构,传统的序列依赖结构比较方法无法对其搜索。本文采用序列无关的结构比较算法,实现了搜索程序。经多例测试,证明本程序是快速和良好的识别三维结构模式的工具,在小分子设计和多肽模拟中有重要的应用     

基因组序列的长程关联

用快速付立叶变换的谱分析方法研究了多种类型的基因组序列的长程关联性质。结果表明,含有内含子的序列有明显的长程关联,ｃＤＮＡ和编码区则没有此种表现;人的２０余种基因组序列的长程关联随着内含子含量的增长呈正关联,而内含子含量超过８０％后呈负关联。内含子的序列位置对长程关联亦有效应。     

河北迁安县爪村地点发现的旧石器

本文记述了河北迁安县爪村旧石器时代文化地点发现的21件石制品。通过对1958年发现的标本的研究和1973年的野外工作,对1958年发现的7件石质标本提出了自己的看法,肯定其人工性质;在1973年,在该地点还找到一些新的石制品。其时代为旧石器时代晚期,依陈铁梅等用同层出土的牛化石(1973年采)做铀系法年代测定,其年代为距今4.8±0.2万年或4.4土0.2万年。     

脉冲电场作用对植物释放负离子与气孔特征的关系

植物在自然状态下释放负离子的能力很弱,施加脉冲电场可激发其释放能力。在密闭的玻璃箱中,研究紫背竹芋(Stromanthe sanguinea)、绒叶肖竹芋(Calathea zebrina)和朱顶红(Hippeastrum rutilum)在常态、脉冲电场和光照刺激下释放负离子的浓度,并观察叶片气孔特征,结果表明:(1)不同参数脉冲电场对植物释放负离子的能力影响不同,每种植物均具有高效释放负离子的最佳脉冲电场,紫背竹芋为A3B3C3(A3,U=1.5×104 V;B3,T=1.5 s;C3,?=65 ms);绒叶肖竹芋为A3B4C1(A3,U=1.5×104 V;B4,T=2.0 s;C1,?=5 ms);朱顶红为A4B4C1(A4,U=2.0×104 V;B4,T=2.0 s;C1,?=5 ms)。(2)植物体上所储存的电压越大,其释放负离子的能力越强。(3)脉冲电场作用时,植物释放负离子的能力与光照度呈正相关;无电场刺激时两者差异不显著(P0.05)。(4)植物释放负离子的能力与叶片气孔特征关系密切,脉冲电场作用下叶片气孔的开合度和气孔密度越大,其释放能力越强。     

从酵母表达时间序列估计基因调控网络

基因调控网络是生命功能在基因表达层面上的展现。用组合线性调控模型、调控元件识别和基因聚类等方法 ,从基因组表达谱解读酵母在细胞周期与环境胁迫中的基因调控网络。结果表明 ,细胞在不同环境条件下会调整基因调控网络。在适应的环境下 ,起主要作用的是细胞生长和增殖有关的基因调控网络 ;而在响应环境胁迫时 ,细胞会再规划调控网络 ,抑制细胞生长和增殖相关的基因 ,诱导跟适应性糖类代谢与结构修复相关的基因 ,还可能启动减数分裂产生孢子。分别从细胞周期和环境胁迫响应相关基因中 ,搜索到转录因子Mcm1结合位点TT CC T GGAAA ,和Dal82在尿囊素代谢途径相关基因上的结合位点TGAAAAWTTT。从而 ,从酵母表达时间序列估计基因调控网络是可行的 ,与至今已知的实验观察相当吻合     

繁昌人字洞旧石器遗址1998年发现的人工制品

对1998年发现于安徽省繁昌县人字洞旧石器遗址的非灰岩石质标本进行了初步整理,从中选出59件石制品做了分类记述,其主要结果将载于本文中。对目前性质难定的非灰岩石质标本亦作了必要的记述,以备考。这些石制品打片用锤击法,无论从石片或石核上均可见转向打法,石器的主要类型是刮削器,加工粗糙,方式多样,以向背面修理为主,单层修疤,以深宽型的居多。同时被记述的还有几件骨制品。该遗址的地质时代,依同层出土的哺乳动物化石,应归早更新世早期,可能在距今200万年前。     

串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 (tandemmassspectrometry ,MS/MS)可以进行多肽的从头测序 (denovosequencing) ,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱 理论谱联配 (alignment)的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析 ,得到了可靠的多肽序列 ,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时 ,还用统计的方法对SwissProt以及TrEMBL蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明 ,3个四肽或者 2个五肽或者 1个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质     

集胞藻PCC 6803高产精氨酸藻株的紫外诱变选育

精氨酸在医药和食品工业上具有广泛用途。集胞藻PCC 6803是单细胞蓝藻, 能利用工业废气(主要成分是氮氧化物NO_x)与水反应生成的硝酸盐和亚硝酸盐合成氨基酸等化合物, 因而选育高产精氨酸藻株, 不仅能提高精氨酸产量, 而且能去除工业废气中的NO_x, 具有潜在的应用前景。研究在集胞藻PCC 6803中利用紫外诱变, 筛选抗0.8 g/L D-精氨酸和抗0.2 g/L 6-氮尿嘧啶的突变株, 选育到了一株精氨酸产量显著提高的突变株#13807-111-55, 它每OD₇₃₀值细胞的胞外精氨酸产量相比出发株提高了62.3倍, 达到(0.76±0.1) mg/(L·OD₇₃₀), 总精氨酸产量相比出发株提高了6.0倍, 达到(0.82±0.08) mg/(L·OD₇₃₀)。该突变株每OD₇₃₀值细胞的胞外精氨酸产量明显高于胞内, 表明该突变藻株是精氨酸分泌型, 因而具有潜在的应用前景。     

海藻酸铝固定化酵母生产高浓度酒精的研究

以海藻酸铝凝胶代替海藻酸钙,可使固定化酵母使用寿命显著延长,其海藻酸铝凝胶耐磷酸盐能力比海藻酸钙凝胶提高六倍以上。用海藻酸铝固定化增殖酵母进行分批发酵酒精,成熟醪中酒精含量由３．５％－９．０％（Ｖ／Ｖ）提高到１１．０％（Ｖ／Ｖ）左右。在１．１Ｌ的两个多层生物反应器中,装入海藻酸铝固定化增殖酵母,采用逐步提高糖浓度方法,进行连续发酵,成熟醪接收器中酒精浓度平均为１０．３％（Ｖ／Ｖ）,总糖利用率为９２．４％。