大肠杆菌MG1655菌株ERIC-PCR图谱主带序列组成分析

ERIC-PCR已经在细菌分类,鉴定及混合菌群分析中得到广泛应用,但对其产物形成规律的认识仍存在分歧,以大肠杆菌MG1655为对象,对其ERIC-PCR指纹图谱中1.1kb主带中的DNA片段进行了克隆,测序,基因组定位以及引物匹配分析。结果表明,这条1.1kb主带由分布在基因组中不同位置的3种序列不同的片段组成,各片段的丰度差异较大,最高为97.89%;3种片段中的2种所在的基因组区域仅一端含有ERIC序列,推测对含有ERIC序列的基因组DNA进行扩增时,ERIC-PCR是一种非随机扩增。     

ERIC-PCR及其指纹图谱技术的研究

肠杆菌基因间重复共有序列（Enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC）是主要存在于肠道细菌中的一类基因间重复序列,长度为127 bp,该序列在肠道细菌染色体上的分布和拷贝数有种间的特异性。根据ERIC序列建立的ERIC-PCR实际上是一种半随机性质的PCR,广泛应用于细菌分型、流行病学调查和分子微生态学研究。本文简介了ERIC-PCR反应的特点及其应用的原理,详细阐述目前广泛应用的ERIC-PCR琼脂糖凝胶电泳（PCR-PCR-AGE）技术的不足,指出该方法所获电泳图谱中相同位置的DNA条带可能包括不同的DNA序列,指纹图谱分析时可能夸大模板DNA的相似性。强调ERIC-PCR变性梯度凝胶电泳（PCR-PCR-DGGE）技术是其应用的一个新方向,所得的指纹图谱能够更加敏感、准确、有效地展示底物序列的差异,其中的DNA条带不需测序就可直接用于科研和生产实践中。     

新疆土著大豆根瘤菌种群遗传结构的初步分析

应用重复序列REP（repetitive extragenic palindromic,重复基因外回）和ERIC（ente-robaterial repetitive intergenic consensus,肠细菌重复基因间共有序列）结合聚合酶链式反应（ERP－PCR和ERIC－PCR）对从新疆有集的27株土大豆根瘤菌染色体进行指纹分析,发现在相似水平0.5时可基本分为两大聚类群,一个类群主要包括慢生型根瘤菌,另一类群为快生型根瘤菌,来自同一地区的根瘤菌具有较高的遗传相似性,以上结果表明该技术中对大豆根瘤菌进行种群结构和遗传多样性分析的有效手段。     

大肠杆菌MG1655菌株ERIC-PCR图谱主带序列组成分析*

ERIC PCR已经在细菌分类、鉴定及混合菌群分析中得到广泛应用 ,但对其产物形成规律的认识仍存在分歧。以大肠杆菌MG1 655为对象 ,对其ERIC PCR指纹图谱中 1 1kb主带中的DNA片段进行了克隆、测序、基因组定位以及引物匹配分析。结果表明 ,这条1 1kb主带由分布在基因组中不同位置的 3种序列不同的片段组成 ,各片段的丰度差异较大 ,最高为 97 89% ;3种片段中的 2种所在的基因组区域仅一端含有ERIC序列。推测对含有ERIC序列的基因组DNA进行扩增时 ,ERIC PCR是一种非随     

重复序列ERIC(IRU)研究进展

重复序列几乎存在于所有生物的基因组中。"肠道细菌基因间重复序列"(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列,也称为"基因间重复单位"(Intergenic Repetitive Unit,IRU)。ERIC(IRU)首先在大肠杆菌(Escherichia coli)中发现,后来又在多种其他细菌中发现。ERIC(IRU)长127bp,有的还有插入序列。绝大多数ERIC(IRU)都可以转录,mRNA形成茎环结构。ERIC(IRU)局限于基因组可转录区,即多顺反子操纵子基因间区域,或开放阅读框架上、下游非翻译区。ERIC(IRU)很可能调节侧翼基因(flanking gene)的表达。ERIC(IRU)高度保守,可能其变异受到自然选择压力的限制或它本身就可能是"自私的DNA"(selfish DNA)。Versalovic等建立起ERIC-PCR,它可以有效地同时平行分析不同生态系统的结构差异以及动态监测同一生态系统微生物群落结构的变化。近年来这一技术逐渐运用到对动物肠道菌群的研究上。     

ERIC技术在紫木耳亲缘关系鉴定上的应用研究

为了研究紫木耳与黑木耳和毛木耳之间的亲缘关系,利用ERIC分子标记、Southern杂交技术和形态学分类法,对紫木耳、黑木耳和毛木耳三者进行了详细的研究。在相似性系数为75%的水平上,由ERIC所得的聚类图将7个菌株分为2组,即黑木耳自成一组,毛木耳和紫木耳为一组,两者相似性系数为77%。Southern杂交实验证明毛木耳和紫木耳之间存在较高的同源性。子实体的形态学特征表明紫木耳与毛木耳的亲缘关系较之黑木耳更为密切,同时进一步说明ERIC分子标记是准确可信的。本研究探讨了紫木耳的分类地位,认为在基因组进化上,紫木耳与毛木耳的关系较之黑木耳更为密切。     

基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的DNA指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性的研究

目的应用PCR-DGGE和rep-PCR技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性进行研究,探讨肠道菌群多样性的变化,并比较这两种方法在菌群分析中的作用。方法首先建立CCL4诱导肝硬化大鼠的肝移植模型,收取对照组、肝硬化成模时、肝移植后7 d和肝移植后30 d的大鼠粪便,提取细菌基因组DNA,采用PCR-DGGE和rep-PCR[BOX-PCR,ERIC-PCR,ERIC2-PCR,(GTG)5-PCR,REP-PCR]进行DNA指纹图谱分析。结果PCR-DGGE可明确将正常大鼠、肝硬化大鼠、肝移植大鼠分为3个簇,并显示出肝硬化、肝移植大鼠肠道菌群多样性明显增多。rep-PCR技术也可将各组分开,其中ERIC-PCR、ERIC2-PCR及REP-PCR三者扩增条带各组差异有显著性,鉴别效果更好。结论应用基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道微生态的研究具有重要价值,可对临床肝硬化、肝移植患者肠道微生态制剂的使用起到指导作用。     

新疆土著大豆根瘤菌种群遗传结构的初步分析*

应用重复序列REP (repetitiveextragenicpalindromic ,重复基因外回文 )和ERIC (ente robaterialrepetitiveintergenicconsensus,肠细菌重复基因间共有序列 )结合聚合酶链式反应(ERP PCR和ERIC PCR)对从新疆采集的 2 7株土著大豆根瘤菌染色体进行指纹分析 ,发现在相似水平 0 5时可基本分为两大聚类群 ,一个类群主要包括慢生型根瘤菌 ,另一类群为快生型根瘤菌 ,来自同一地区的根瘤菌株具有较高的遗传相似性。以上结果     

用ERIC—PCR法研究番茄根际细菌群落结构变化

采用单一碳源回收菌群的方法和ERIC—PCR方法相结合,检测番茄(Lycopersicon escu-lentum Mill．)根际接种转基因微生物E4(Enterobacteria cloacae)后的根际微生物的群落结构和多样性的变化。结果表明：采用单一碳源回收菌群和ERIC—PCR相结合的方法,可以准确、直观和清楚地检测到E4释放到环境中后对根际微生物的群落结构和种群数量的影响。这种单一碳源培养法与ERIC—PCR相结合的方法,将有可能成为一种研究环境微生物群落结构变化的常用方法。     

细菌基因组重复序列PCR技术及其应用

细菌中散在分布的DNA重复序列近年来不断被报道,基因外重复回文序列和肠细菌基因间共有重复序列是两个典型的原核细胞基因组散在重复序列。重复序列在染色体上的分布和拷贝数具种间特异性,用它们的互补序列作为引物,以细菌基因组DNA为模板进行PCR扩增反应,反应产物的琼脂糖电泳可以提供非常清晰的DNA指纹图谱,使用此图谱既可对各种微生物进行快速分型及鉴定,又可对它们进行DNA水平上的遗传多样性分析。细菌基因组重复序列PCR技术具有简捷、快速、结果稳定等特点,可对细菌进行分子标记,用于菌株分型、分类鉴定和亲缘关系等方面的研究。