川滇高山栎种群不同海拔空间格局的尺度效应及个体间空间关联

川滇高山栎灌丛(Quercus aquifolioides)是我国西南高山典型的植被类型,研究其空间格局对于研究种群的生态学过程有重要意义。为了弄清川滇高山栎种群空间格局及其个体间空间关联对海拔,尺度和大小级等因素的响应情况,研究中应用点格局分析的方法,在巴郎山沿高山栎分布海拔范围设置4个海拔梯度,并根据体积大小将高山栎分为4个大小级等级,比较不同海拔、不同尺度、不同大小级间的高山栎种群空间格局及个体间空间关联。结果表明,川滇高山栎种群空间格局及其个体间关联与空间尺度、植株形体大小和海拔梯度密切相关:在小尺度上,种群趋向于聚集分布,个体间有较强的空间关联,随着空间尺度的增大,种群逐渐趋于随机分布,个体间空间关联减弱,区域无关联;个体间形体差异越小,个体间正关联就越强,个体间形体差异越大,正关联就越弱,负关联就越强;海拔因子对聚集分布的聚集规模和个体间关联的关联程度有较大影响。     

SCtool:识别复杂性状和疾病间遗传关联的工具

识别复杂性状和疾病间遗传关联可以提供有用的病因学见解,并有助于确定可能的因果关系的优先级。尽管已有很多工具可以实现复杂性状和疾病间遗传关联,但是某些工具代码可读性差、并且不同工具基于不同的计算机语言、工具间的串联性较差。因此,本研究基于全基因组关联研究(GWAS)数据,提出了SCtool,一个开源、跨平台和用户友好的软件工具。SCtool整合了ldsc, TwosampleMR和MR-BMA三种软件,其主要功能是基于GWAS汇总水平的数据,识别复杂性状和疾病、复杂性状和复杂性状以及疾病与疾病间的遗传相关性并探究其间潜在的因果关联。最后,使用SCtool揭示了全身性铁状态(铁蛋白,血清铁,转铁蛋白,转铁蛋白饱和度)与表观遗传时钟GrimAge之间的遗传关联。     

三种类型草地植物种间关联的测定与比较

植物种间关联的研究,对于进一步确定植物种间关系、揭示群落演替过程中植物种间替代关系的机制、草场退化和人工草地产量下降的原因都有重要意义。本文之所以选取三种类型的草地进行研究主要是考虑到由于一个群落从初期阶段到顶极阶段的演替需要十几年甚至几十年的时间,这样对于演替不同阶段植物种间关联的观测是困难的。故在本文中我们采用     

紫柏山亚高山草甸群落的种间关联和相关分析

采用方差比率法、x2检验、Jaccard关联指数以及Pearson相关系数和Spearman秩相关系数研究了秦岭紫柏山亚高山草甸群落20个主要物种的种间关联与相关性.结果表明:种对间呈显著和极显著关联(相关)的种对较少,x2检验、Pearson相关系数检验和Spearman秩相关系数检验的正负关联(相关)比分别为0.85、0.61和1.02,群落总体上接近无关联,处于相对稳定状态;Spearman秩相关星座图将20个物种划分为4个生态种组,各生态种组内的物种具有相似的生态要求和资源利用方式,不同生态种组间呈现明显的演替转化趋势;种对间呈正关联或者正相关,主要是由于具有相近的生物学特性,对生境具有相似的生态适应性;种对间呈负关联或者负相关,主要由于彼此间具有不同的生物学特性,对生境具有不同的生态适应性和相互分离的生态位所致.     

古核生物基因组的关联分析

以频谱分析和信息关联为分析工具,系统地考察了古核生物（Ａｒｃｈａｅａ）Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉ的全基因组及数种真核和原核基因组的长程和短程关联特性。结果表明,古核生物的短程关联信号与真核生物的接近：即呈现１０ｂｐ和１１ｂｐ双峰周期信号;它的长程关联也存在。可见,古核生物的染色质包装过程和遗传信息的组织方式可能更象真核。此关联分析的结果为生命的三界学说提供了新的证据。     

秦岭皇冠优势灌木苦糖果的空间分布格局及种内种间关联

以秦岭皇冠暖温性落叶阔叶林25 hm²森林样地中的优势灌木苦糖果为对象,研究了苦糖果不同径级个体的空间分布格局以及种内种间关系。结果表明: 苦糖果径级结构呈现出下宽上窄的金字塔型,小径级植株数量最多,更新状态较好,处于稳定增长阶段,有利于群落更新和演替。以Ripley's K函数为基础,采用单变量和双变量成对相关函数,在3个零模型(完全空间随机模型、异质泊松模型和先决条件模型)的处理下,树种整体和不同径级以聚集分布为主,且聚集程度随研究尺度的加大而逐渐减小,逐渐趋向随机分布。受到生境异质性、扩散限制、负密度制约等影响,种内不同径级个体之间以正关联为主,但也有一定程度的无关联,未出现负关联的情况。种间关系较为复杂,既有无关联,也有正关联和负关联,但以负关联和无关联为主。     

不同结构类蛋白质序列中的关联特性

采用功率谱的方法对不同结构类蛋白质序列进行了研究。结论为：从统计平均的角度看,蛋白质序列并不同一种毫无规律的随机序列,它们存在着明显的关联,而且不同结构类蛋白质序列具有与它们的结构类相对应的不同的关联特性。     

基于高密度SNP标记估计群体间遗传关联

联合育种的准确性受到群体间遗传关联程度的影响。本研究通过比较基于系谱数据和基因组数据计算的群体遗传关联,探究高密度SNP标记在遗传关联估计中的应用前景。本研究同时使用了模拟数据和真实数据,采用6种不同的遗传关联计算方法,包括PEVD(prediction error variance of differences)、PEVD(x)、VED(variance of estimated difference)、CD(generalized coefficient of determination)、r(prediction error correlation)和CR(connectedness rating),比较基于构建不同的关系矩阵(A、G、G_s、G_0.5和H矩阵)的群体间遗传关联。模拟数据和实际数据结果表明,除PEVD(x)和VED方法外,PEVD、CD、r和CR基于基因组信息的G、G_s和G_0.5阵计算的遗传关联程度均高于基于系谱信息的A阵,基于同时利用系谱和基因组信息的H阵遗传关联结果一般介于A阵与G阵之间。当CR和r为0时,CD都较高,高估了群体遗传关联。用r度量3个遗传分化程度不同的猪场间遗传关联时,基于G阵的r值均为0.01,不能准确反映群体真实遗传关联。随着遗传力的提高,所有群体遗传关联评估方法都有所改善,但遗传力为0.1时,PEVD基于A阵结果优于G阵,中高遗传力性状用于估计遗传关联优于低遗传力性状。本研究证明高密度SNP标记比系谱信息估计群体间遗传关联更有优势,CR是衡量遗传关联稳健而可靠的评价指标,计算简单,受性状遗传力影响较小。PEVD可以作为补充,量化具体群体遗传关联下的育种值预测误差情况。G矩阵比G_s、G_0.5阵能更好反映群体遗传关联。     

雅鲁藏布江中游河岸带几种主要沙生植物种群点格局分析

以雅鲁藏布江中游河岸带几种主要沙生植物为研究对象, 采用相邻格子法分别在不同生境条件下的藏沙蒿(Artemisia wellbyi)、藏白蒿(Artemisia younghusbandii)和砂生槐(Sophora moorcroftiana)种群设立4个20 m × 30 m的样方, 运用点格局分析方法, 研究了这几种沙生植物的种群结构、空间分布、空间关联及其影响因素, 以期为西藏高寒河谷风沙化土地植被恢复提供依据。结果表明: 1)藏沙蒿种群结构呈增长型, 藏白蒿和砂生槐种群结构呈衰退型。藏沙蒿和藏白蒿种群在所有尺度上均呈集群分布, 砂生槐种群随着尺度增大表现为集群→随机→集群→随机分布。沙生植物种群分布格局主要是由较小的大小级决定的, 而较大的大小级是造成种群分布格局波动的主要因素。2)这几种沙生植物种间正关联往往存在于一定的尺度范围内, 种间关联时常出现不同关联方式交替出现和摆动的现象。半裸露砂砾地和半固定沙地藏沙蒿-砂生槐种间关联均表现为无关联→正关联→无关联→正关联, 半裸露砂砾地藏沙蒿-毛瓣棘豆( Oxytropis sericopetala)种间关联表现为正关联→无关联→正关联→无关联→负关联, 藏白蒿-砂生槐种间关联表现为正关联→无关联。3)这几种沙生植物种群均随植株形体增大, 聚集强度减弱, 大小级较小时表现为集群分布, 随着大小级增大, 表现为随机分布或随机与集群分布交错出现。不同大小级的空间正关联随着植株形体大小差异的增大而减弱, 甚至会转变为负关联, 各大小级在较小的空间尺度上易表现为正或无空间关联。     

亚热带-温带气候过渡区落叶阔叶林物种-生境关联分析

物种-生境关联分析有利于更好地理解物种共存理论和群落构建机制。根据秦岭落叶阔叶林25 hm²固定监测样地的调查数据,将树种分为幼苗、幼树和成树3个生活阶段,利用Torus-translation检验方法分析物种与不同生境类型之间的关联性。结果表明: 生境对各物种的影响不同。与高坡显著关联的物种数最多,其中95.7%为负关联;与低坡呈负相关的物种占89.5%;与山脊呈显著负关联的物种占90.9%;物种与高谷生境多存在显著正关联,呈负相关的只有1种,占0.03%。物种在幼苗、幼树和成树阶段与生境分别存在80、44和23个关联,表明幼苗阶段对生境的依赖程度更大。幼苗阶段的物种中有38个(占总物种数的90.5%)至少与一类生境存在显著的关联性;幼树阶段有25个(占总物种数的58.1%)至少与一类生境存在显著关联;成树阶段只有17个(占总物种数的39.5%)至少与一类生境存在显著关联。同一生境对不同生活史阶段物种的影响存在差异,到生活史阶段后期,生境的影响逐渐减弱。由于特定的环境需求,多数物种在不同生活史阶段表现出不同的生境偏好。