应用DNA条形码对植物标本的核查

DNA条形码主要目的是物种鉴定和新物种或隐存种的发现,而DNA条形码参考数据库是物种快速鉴定的重要基础。目前中国维管植物DNA条形码参考数据库正在建设之中,借助于公共数据库（NCBI）和初步建立的中国植物DNA条形码参考数据库,运用DNA条形码数据开展了植物标本鉴定的核查工作：（1）比较DNA序列信息与标本鉴定信息,从科、属、种级水平查找鉴定错误的标本;（2）基于有较好研究基础的DNA条形码参考数据库,开展未知标本的鉴定;（3）通过对标本核查的总结,提出DNA条形码参考数据库建设过程中的几点建议。     

欢迎订阅《植物研究》

《植物研究》创刊于 1959年,由东北林业大学植物研究所主办,科学出版社出版,国内外公开发行的植物学综合性学术期刊。现已成为植物科学研究发表论文的主要学术性刊物之一,为中国自然科学核心期刊;中国科学院文献情报中心《中国科学引文数据库》(CSCI)的来源期刊;《中国学术期刊光盘版》源期刊,并加入了《中国期刊网》和《万方数据库网》。《植物研究》所发表的新分类群,已被英国皇家植物园出版的《邱园索引》(Indexkewensis)收录,在植物学界享有很高声誉。　　主要刊载的内容:以植物分类学的新物种、新现象、新规律为主;同时包括植物…     

《中国野生植物资源》投稿须知

《中国野生植物资源》(月刊)是中华全国供销合作总社主管,南京野生植物综合利用研究院主办的综合性科技期刊,面向国内外公开发行。其办刊宗旨是报道野生经济植物最新科研成果,介绍野生植物资源研究与开发、综合利用、栽培技术,以普及与提高相结合的方式,加强从事野生经济植物开发利用者的相互交流,为我国经济社会建设服务。自1982年创刊起,《中国野生植物资源》先后入选中国科学引文数据库(CSCD)收录期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国期刊全文数据库来源期刊、中文科技期刊数据库来源期刊和中国核心期刊(遴选)数据库来源期刊、日本科学技术振兴机构数据库(日)(2018)等。     

《中国野生植物资源》投稿须知

《中国野生植物资源》(月刊)是中华全国供销合作总社主管,南京野生植物综合利用研究院主办的综合性科技期刊,面向国内外公开发行。其办刊宗旨是报道野生经济植物最新科研成果,介绍野生植物资源研究与开发、综合利用、栽培技术,以普及与提高相结合的方式,加强从事野生经济植物开发利用者的相互交流,为我国经济社会建设服务。自1982年创刊起,《中国野生植物资源》先后入选中国科学引文数据库(CSCD)收录期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国期刊全文数据库来源期刊、中文科技期刊数据库来源期刊和中国核心期刊(遴选)数据库来源期刊、日本科学技术振兴机构数据库(日)(2018)等。     

欢迎订阅2015年《中国野生植物资源》

《中国野生植物资源》是中华全国供销合作总社主管、南京野生植物综合利用研究院主办的国家级学术性科技期刊。其办刊宗旨是报道野生经济植物最新科研成果,介绍野生植物资源研究与开发、综合利用、栽培技术,以普及与提高相结合的方式,加强从事野生经济植物开发利用者的相互交流,为我国经济社会建设服务。先后入选RCCSE中国核心学术期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国期刊全文数据库来源期刊、中文科技期刊数据库来源期刊和中国核心期刊(遴选)数据库来源期刊。     

浅议中国高等植物多样性在世界上的排名

正《中国高等植物多样性》一文已经发表,内容更为完整的《高等植物名称和分布》一书也即将由科学出版社正式出版(王利松等,2015)。《中国高等植物多样性》一文基于名录数据对中国高等植物多样性情况进行了总结分析,并与世界上主要的生物多样性国家进行比较,指出在17个世界生物多样性大国中,按物种多样性排序,中国略低于巴西,位     

《中国野生植物资源》投稿须知

正《中国野生植物资源》(月刊)是中华全国供销合作总社主管,南京野生植物综合利用研究院主办的综合性科技期刊,面向国内外公开发行。其办刊宗旨是报道野生经济植物最新科研成果,介绍野生植物资源研究与开发、综合利用、栽培技术,以普及与提高相结合的方式,加强从事野生经济植物开发利用者的相互交流,为我国经济社会建设服务。自1982年创刊起,《中国野生植物资源》先后入选中国科学引文数据库(CSCD)收录期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国期刊全文数据库来源期刊、中文科技期刊数据库来源期刊和中国核心期刊(遴选)数据库来源期刊、日本科学技术振兴机构数据库(日)(2018)等。     

中国植物分布模拟研究现状

在过去的20年里, 物种分布模型已广泛应用于动植物地理分布的模拟研究。该文以植物物种分布模拟为例, 利用中国知网、维普网以及Web of Science文献数据库的检索与统计, 分析了2000-2018年间, 中国研究人员利用各种物种分布模型对植物物种分布模拟研究的发文量、模拟模型、物种类型、数据来源、研究目的等信息。最终共收集到366篇有效文献, 分析表明2011年以来中国的物种分布模型应用发展迅速, 且以最近5年最为迅猛, 在生态学、中草药业、农业和林业等行业部门应用广泛。在使用的33种模型中, 应用最广的为最大熵模型(MaxEnt)。有一半研究的环境数据仅包含气候数据, 另一半研究不仅包含气候数据还包括地形与土壤等数据; 环境及物种数据的来源多样, 国际及本土数据库均得到使用。模拟涉及有明确清单的562个植物种, 既有木本植物(52.7%), 也有草本植物(41.8%), 其中中草药、果树、园林植物、农作物等占比较高。研究目的主要集中在过去、现在和未来气候变化对植物种分布的影响及预测, 以及物种分布评估与生物多样性评价(包括入侵植物风险评估)两大方面。预测物种潜在分布范围与气候变化影响等基础研究, 与模拟物种适生区与推广种植等应用研究并重, 物种分布模型在生态学与农业、林业和中草药业等多学科、多行业开展多种应用, 多物种、多模型和多来源数据共同参与模拟与比较, 开发新的机理性物种分布模型, 拓展新的物种分布模拟应用领域, 是今后研究的重点发展方向。     

《植物遗传资源学报》2015年征订启事

《植物遗传资源学报》是中国农业科学院作物科学研究所和中国农学会主办的学术期刊,为中国科技核心期刊、中国农业核心期刊、中文核心期刊和全国优秀农业期刊,并为中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库来源期刊(核心期刊)、中国核心期刊(遴选)数据库收录期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊,被《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库、中文科技期刊数据库收录。据中国科学技术信息研究所2014年的统计,《植物遗传资源学报》影响因子为     

iFlora beta版移动平台软件研制

iF｜ora计划的目的之一是为提高公众对植物的认知和了解,移动设备平台软件开发是该计划的重要组成部分。因此,根据iFlora研发的总体需求,在中国植物物种信息数据库的基础上,设计和开发了iFlo—rabeta版移动平台软件。该软件在应用软件设计的基础上,针对安卓系统和iOS系统,实现对物种数据库的基本检索功能、向导式查询功能、专家互动功能及系统个性化功能,满足用户对植物数据快速检索及物种鉴定的需求。在此基础上,探讨了植物检索特征库和图片特征库的建设思路,为iFlora的总体目标实现奠定基础。     

A review of software tools for spell‐checking taxon names in vegetation databases

Correct spelling of taxon names in vegetation databases is a fundamental prerequisite for many data processing steps. However, manual detection and correction of spelling mistakes is inefficient, prone to errors and non‐reproducible, especially when scanning large databases. Here, I review six software tools that spell‐check taxon names in vegetation databases: (1) the Global Names Resolver, (2) the Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, (3) the Taxonomic Name Resolution Service and R packages (4) Plantminer, (5) Taxonstand and (6) tpl. In particular, I test their capacity to spell‐check names across the taxonomic ranks and organism groups frequently encountered in vegetation data and challenge their ability to screen names from different geographic regions. Performance by software tools differed widely in these tests. Backed up by multiple reference lists, the Global Names Resolver emerged as the most versatile software tool. All software solutions currently suffer from some minor limitations, including an inability to spell‐check names of hybrid taxa. Furthermore, some spelling mistakes, by their nature, cannot be resolved unambiguously. Given these limitations, taxon names should be spell‐checked with software tools in a semi‐automatic rather than an automatic way.     

Review of ‘The Plant List,a working list of all plant species’

The Plant List ( http://www.theplantlist.org/ ) is an on‐line database of plant names that aims to be comprehensive for all described plant species. Version 1 of The Plant List includes 1 040 426 plant name records, of which 298 900 are accepted names. The Plant List is the product of a consortium of the Royal Botanic Gardens, Kew, and the Missouri Botanical Garden. In this review, I evaluate the use of this plant taxonomic database for plant ecologists. The web interface of The Plant List allows a quick search for species names and corresponding synonyms. Moreover, users are able to download search or browse results to compile a customized checklist of plant names. The combination of a straightforward web design and the possibility to download search results provides a valuable resource of plant nomenclature information for a wide range of plant ecologists.     

PlantGI: a database for searching gene indices in agricultural plants developed at NIAB, Korea

The Plant Gene Index (PlantGI) database is developed as a web-based search system with search capabilities for keywords to provide information on gene indices specifically for agricultural plants. The database contains specific Gene Index information for ten agricultural species, namely, rice, Chinese cabbage, wheat, maize, soybean, barley, mushroom, Arabidopsis, hot pepper and tomato. PlantGI differs from other Gene Index databases in being specific to agricultural plant species and thus complements services from similar other developments. The database includes options for interactive mining of EST CONTIGS and assembled EST data for user specific keyword queries. The current version of PlantGI contains a total of 34,000 EST CONTIGS data for rice (8488 records), wheat (8560 records), maize (4570 records), soybean (3726 records), barley (3417 records), Chinese cabbage (3602 records), tomato (1236 records), hot pepper (998 records), mushroom (130 records) and Arabidopsis (8 records). AVAILABILITY: The database is available for free at http://www.niab.go.kr/nabic/.     

关于订正＂野茉莉＂一名的商榷

“野茉莉”一名出自清代的《植物名实图考》,曾长期作Styracaceae科、Styrax属的汉名,至今仍作S.japonica的汉名使用。但经考证,“野茉莉”的原植物系明代《草花谱》中的紫茉莉(Mirabilis jalapa)．因此,将Styracaceae、Styrax的科、属汉名订正为“安息香”是正确的、合理的;但“野茉莉”既属误称,便不宜再作种或变种的汉名使用。故建议对S.japonica及其变种var.colycothrix以及该属植物S.grandiflora的汉名作相应的订正。     

我国进境检疫性菌物名录亟待修订完善

中华人民共和国现行进境检疫性菌物名录中共有130种。近年来由于菌物分类研究的快速发展,许多检疫性菌物的分类地位已经发生变化。本文对我国进境检疫性菌物名录中的名称与国际公认的分类体系和现用名进行了初步的比较和分析,进一步以茎点霉属和轮枝菌属为例说明分类系统的变化对菌物名称的影响。另外,名录中很多汉语学名的使用也不符合规范。我国进境检疫性菌物名录亟需修订。     

石松类和蕨类植物的主要分类系统的科属比较

石松类和蕨类植物在秦仁昌（1978）系统、《中国蕨类植物科属志》、《中国植物志》、Christenhusz维管植物线性排列系统中和“FloraofChina”的科属组成、数量存在很大差异。秦仁昌（1978）系统收录63科223属,《中国蕨类植物科属志》63科226属,《中国植物志》61科220属、Chnstenhusz线性排列系统38科163属和“FloraofChina”38科177属。本文通过比较石松类和蕨类植物的几个主要分类系统中科属的变动情况,拟为新一代植物志（iFlora）中石松类和蕨类植物的编研提供依据。同时,还指出了几个主要的分类系统中关于中文名、拉丁名以及命名人的不一致和错误．为进一步研究提供检索和鉴定参考。     

Plant names in vegetation databases – a neglected source of bias

Problem: The increasing availability of large vegetation databases holds great potential in ecological research and biodiversity informatics, However, inconsistent application of plant names compromises the usefulness of these databases. This problem has been acknowledged in recent years, and solutions have been proposed, such as the concept of “potential taxa” or “taxon views”. Unfortunately, awareness of the problem remains low among vegetation scientists. Methods: We demonstrate how misleading interpretations caused by inconsistent use of plant names might occur through the course of vegetation analysis, from relevés upward through databases, and then to the final analyses. We discuss how these problems might be minimized. Results: We highlight the importance of taxonomic reference lists for standardizing plant names and outline standards they should fulfill to be useful for vegetation databases. Additionally, we present the R package vegdata, which is designed to solve name‐related problems that arise when analysing vegetation databases. Conclusions: We conclude that by giving more consideration to the appropriate application of plant names, vegetation scientists might enhance the reliability of analyses obtained from large vegetation databases.     

中国植物分类学者姓名拼写的讨论与建议

在汉语拼音方案未正式推行前, 近代较早的文献书籍里对中国植物分类学者姓名的记载以威妥玛拼音为主, 同时混杂其他拼音形式, 另外存在诸多以缩写方式记录人名的情况。在进行近当代中国植物学的文献阅读、资料查询以及文献引证时, 多样化的人名拼写与缩写方式在一定程度上造成了困扰与混乱。本文简述了中国植物分类学发展初期主要用于人名地名的拼写系统, 以近当代中国植物学相关研究者的姓名索引为基础数据, 结合国内外的植物学相关网站及数据库, 整理出了较完整的早期中国植物分类学家姓名拼写的信息对照表。基于历史数据和当下应用实例, 归纳了中国植物分类学者姓名拼写多样现象的类型及其原因。过去及当代国内外在拼写中国人名上存在的问题有: (1)历史记载中写法不规范现象; (2)不同拼音形式的识别与使用混乱现象; (3)现代拼写在姓与名的顺序、拼音大小写、双名连接以及缩写上不统一现象。最后, 我们提出了关于中国植物分类学者姓名拼写与引用的建议。     

化石植物中文名的现状、问题与建议

化石植物的中文名, 即化石植物学名的中文译名, 在古植物学、植物演化生物学专业领域和科学普及等方面起着重要的作用。然而, 长期以来对化石植物中文名重视程度不够且拟订时缺乏统一的标准, 导致各种文本中化石植物的中文名比较混乱, 不利于古植物学知识的传播及科学普及。本文通过统计中文古植物学综合性文献和教材中的化石植物中文名, 梳理出化石植物中文名拟订方面出现的一些包括同物异中文名、中文名重名、音译拗口和存在生僻字的使用等常见问题。针对这些问题, 本文提出应尽快制定出一套规范统一的化石植物中文名拟定方案, 编写和出版化石植物拉汉词典及相应网络查询系统等, 从而统一和规范化石植物的中文名, 同时也可为化石动物中文名的拟订方案提供相关参考。     

Plant Ontology (PO): a Controlled Vocabulary of Plant Structures and Growth Stages

The Plant Ontology Consortium (POC) (www.plantontology.org) is a collaborative effort among several plant databases and experts in plant systematics, botany and genomics. A primary goal of the POC is to develop simple yet robust and extensible controlled vocabularies that accurately reflect the biology of plant structures and developmental stages. These provide a network of vocabularies linked by relationships (ontology) to facilitate queries that cut across datasets within a database or between multiple databases. The current version of the ontology integrates diverse vocabularies used to describe Arabidopsis, maize and rice (Oryza sp.) anatomy, morphology and growth stages. Using the ontology browser, over 3500 gene annotations from three species-specific databases, The Arabidopsis Information Resource (TAIR) for Arabidopsis, Gramene for rice and MaizeGDB for maize, can now be queried and retrieved.