核仁小RNA源性小RNA

最新研究结果表明,一些与RNA介导基因沉默相关的小RNA由核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)加工产生,这种小RNA被称为核仁小RNA源性小RNA(snoRNA derived small RNA,sdRNA)。sdRNA现象分布物种广;涉及的snoRNA种类全,数量多;产生的小RNA分子大小不一、数量、种类多。表明这种小RNA在生物中存在着广泛的普遍性。sdRNA的发现拓展了snoRNA的功能,揭示了snoRNA与RNA介导的基因沉默之间的紧密关系,增强了snoRNA在RNA调控网络中的重要性,并为进一步研究RNA调控网络开启了一扇门。     

核仁小RNA 在肿瘤发生中的作用

核仁小RNA（small nucleolar RNA,snoRNA）是一类真核细胞核仁中的60～300个核苷酸长度的非编码RNA,主要参与rRNA和其它小RNA转录后的成熟加工过程. 它们与肿瘤的关系曾一度被人们所忽视,然而,近年来有关snoRNA新功能的研究证明,它们与肿瘤的发生、发展密切相关. snoRNA以多种方式参与肿瘤的发生：一些snoRNA（如：U50、SNORD12、SNORD12b、SNORD12c、SNORD44和h5sn2等）具有抑癌活性,而另一些snoRNA（如：SNORD33、SNORD66、SNORD76、SNORD112、SNORD113、SNORD114、SNORA42、U70C和ACA59B等）具有促癌活性. 另外,编码snoRNA基因的异常也被发现与肿瘤的发生有关. 因此,开展snoRNA与肿瘤关系的研究将有可能为肿瘤诊治提供新线索.     

肝细胞肝癌组织GPSM2、GFPT2、SNORA51 mRNA表达与临床病理特征的关系及对预后的影响研究

摘要 目的：探讨肝细胞肝癌（HCC）组织G蛋白信号调节蛋白2（GPSM2）、谷氨酰胺果糖-6-磷酸转氨酶2（GFPT2）、核仁小RNA 51（SNORA51） mRNA表达与临床病理特征的关系及对预后的影响。方法：选择2017年1月～2018年12月于内蒙古医科大学附属医院诊断并经手术切除治疗的HCC患者60例。采用实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）检测HCC组织、癌旁组织中GPSM2 、GFPT2 、SNORA51 mRNA表达情况,分析GPSM2、GFPT2 、SNORA51的mRNA表达与HCC患者临床病理特征的关系。随访3年,应用Kaplan-Meier生存曲线分析不同分组HCC患者预后情况,并应用单因素和多因素Logistic回归分析HCC患者预后的影响因素。结果：HCC组织中GPSM2、GFPT2 、SNORA51 mRNA表达水平显著高于癌旁组织（P<0.05）。HCC组织中GPSM2 mRNA高表达组、GFPT2 mRNA高表达组、SNORA51mRNA高表达组血管侵犯、TNM分期Ⅲ期比例显著高于GPSM2 mRNA低表达组、GFPT2 mRNA低表达组、SNORA51mRNA低表达组（P<0.05）。Kaplan-Meier法分析显示GPSM2 mRNA低表达组、GFPT2 mRNA低表达组、SNORA51mRNA低表达组3年生存率显著高于GPSM2 mRNA高表达组、GFPT2 mRNA高表达组、SNORA51mRNA高表达组（P<0.05）。多因素Logistic回归分析模型结果显示,血管侵犯、TNM分期Ⅲ期、GPSM2 mRNA高表达、GFPT2 mRNA高表达、SNORA51 mRNA高表达是HCC患者死亡的危险因素（P＜0.05）。结论：GPSM2 、GFPT2、SNORA51在HCC组织中异常高表达,且与血管侵犯、TNM分期等临床病理特征有关,GPSM2 、GFPT2 、SNORA51高表达是HCC患者死亡的危险因素。     

植物核仁小分子RNA的研究进展

20世纪60年代末Weinberg等在哺乳动物中发现了第一个核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)U3,在这一领域的研究特别是在20世纪90年代以来,陆续发现许多新的核仁小分子RNA。近几年对动物、酵母和植物方面snoRNA的研究进展,使人们大大地加深了对于rRNA加工和转录以及一系列生物调控过程和机制的认识,正如Smith和Steitz所说的那样：“核仁中sno风暴”引起生物界极大的震动。本文重点介绍植物snoRNA的研究。     

非编码RNA与哺乳动物基因组印记的起源

基因组印记是由亲本来源不同而导致等位基因表达差异的一种遗传现象,主要发生在胎盘哺乳动物（真哺乳类）和显花植物中.大部分印记基因都分布在印记基因簇内,其中包含大量的非编码RNA基因.印记基因的表达受印记控制区（ICRs）的顺式调控.基因组印记产生的原因及过程是现代遗传学研究的一个热点问题,分析印记同源区从非印记物种到印记物种的过渡,为解决这一问题提供了重要启示.最近,原始哺乳动物（有袋类和单孔类）模式物种全基因组测序的完成,极大地促进了印记同源区的比较分析研究.本文对这些研究进行了回顾和分析,发现非编码RNA与哺乳动物基因组印记获得关系密切.主要依据为：（1）伴随着基因组印记的获得,印记区有大量的非编码RNA新基因出现;（2）与基因组印记相关的一些保守非编码RNA的表达发生了显著变化.此外,对15种脊椎动物中印记snoRNA基因系统分析的结果表明：印记snoRNA起源于真哺乳类与有袋类动物分化之后,并且在真哺乳类辐射进化之前发生了迅速的扩张,主要的基因家族在这一时期已经形成.这些结果进一步证明了非编码RNA与基因组印记获得的密切联系.非编码RNA可能主要通过调控印记表达和诱导染色体表观遗传修饰两种机制,参与哺乳动物基因组印记的获得.     

核仁小RNA与肺癌

核仁小RNA（small nucleolar RNA, snoRNA）是一类定位于核仁内的短链非编码RNA,在多种RNA的加工修饰过程中发挥重要作用。随着人们对基因组认识的深入,snoRNA等非编码RNA的结构及功能已成为研究的热点。近年来有研究表明,snoRNA与肺癌的发生发展有密切关系。本文结合国内外snoRNA与肺癌相关的最新研究结果,在总结snoRNA的基本结构和功能的基础上,对snoRNA在肺癌发生发展中的特点以及在肺癌的诊断和治疗中潜在应用价值进行综述,以期为后续相关的研究提供参考。     

snoRNA的结构与功能

核仁小分子RNA（snoRNA）是一类广泛分布于真核生物细胞核仁的小分子非编码RNA,具有保守的结构元件,并以此划分为3大类：boxC／DsnoRNA、boxH／ACAsnoRNA和MRPRNA。其中boxC／D和boxH／ACA是已知snoRNA的主要类型,以碱基配对的方式分别指导着核糖体RNA的甲基化和假尿嘧啶化修饰。研究发现,snoRNA除了在核糖体RNA的生物合成中发挥作用之外,还能够指导snRNA、tRNA和mRNA的转录后修饰。此外,还有相当数量的snoRNA功能不明,被称为孤儿sn0RNA（orphansnoRNA）。在哺乳动物的孤儿snoRNA中,印迹snoRNA（imprintedsnoRNA）是最为特殊的一群,由基因组印迹区编码,具有明显的组织表达特异性。原核生物古细菌中类snoRNA的鉴定表明这些非编码RNA家族成员的古老起源;而哺乳动物中大量的snoRNA反转座子的存在更为人们探索snoRNA在基因组中扩增和功能进化提供了新的思路。     

环状RNA在肿瘤中的表达与功能

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类闭合环状的内源RNA分子,广泛存在于不同物种及多种人体细胞中,具有丰富性、稳定性和组织特异性等特点。人体细胞中的circRNA主要可分为外显子circRNA、环状内含子RNA和外显子-内含子circRNA等。与正常组织相比,circRNA在多种肿瘤组织中异常表达,并具有作为微小RNA(microRNA,miRNA)海绵调控miRNA、结合蛋白质、参与翻译等功能。虽然circRNA在肿瘤中异常表达的具体机制尚不明确,但其在食管鳞状细胞癌、胃癌、结直肠癌、肝细胞癌、神经胶质瘤等多种肿瘤发生、发展的分子通路中具有重要作用,并有望成为全新的肿瘤标志物和治疗靶点。circRNA领域的发展日新月异,本文根据最新研究报道,就circRNA的基本特征、异常表达机制、调控肿瘤的机制及其在多种肿瘤中发挥的作用作一综述。     

核仁小RNA与肺癌北大核心CSCD

核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)是一类定位于核仁内的短链非编码RNA,在多种RNA的加工修饰过程中发挥重要作用。随着人们对基因组认识的深入,snoRNA等非编码RNA的结构及功能已成为研究的热点。近年来有研究表明,snoRNA与肺癌的发生发展有密切关系。本文结合国内外snoRNA与肺癌相关的最新研究结果,在总结snoRNA的基本结构和功能的基础上,对snoRNA在肺癌发生发展中的特点以及在肺癌的诊断和治疗中潜在应用价值进行综述,以期为后续相关的研究提供参考。     

恒河猴主要组织相容性复合体（MHC）的多态性研究概述

恒河猴是应用最广泛的非人灵长类实验动物,其MHC基因是一个庞大的与免疫功能密切相关的基因群（也称为Mamu基因）,在进化过程形成了Mamu基因不同的存在状态,使得不同个体的Mamu基因在数量和功能上有所差异,同时有些个体还产生了特异性的MHC基因,它的多态性和免疫反应的复杂性相对应。因此,恒河猴MHC多态性的研究,有助于生物科学的发展及指导以恒河猴为动物模型的各种实验。本文主要阐述了恒河猴Mamu基因的结构和功能,以及部分MHC等位基因与疾病的关系,并简要描述了中国恒河猴特异性的MHC基因。     

RNomics: an experimental approach that identifies 201 candidates for novel, small, non-messenger RNAs in mouse

In mouse brain cDNA libraries generated from small RNA molecules we have identified a total of 201 different expressed RNA sequences potentially encoding novel small non-messenger RNA species (snmRNAs). Based on sequence and structural motifs, 113 of these RNAs can be assigned to the C/D box or H/ACA box subclass of small nucleolar RNAs (snoRNAs), known as guide RNAs for rRNA. While 30 RNAs represent mouse homologues of previously identified human C/D or H/ACA snoRNAs, 83 correspond to entirely novel snoRNAS: Among these, for the first time, we identified four C/D box snoRNAs and four H/ACA box snoRNAs predicted to direct modifications within U2, U4 or U6 small nuclear RNAs (snRNAs). Furthermore, 25 snoRNAs from either class lacked antisense elements for rRNAs or snRNAS: Therefore, additional snoRNA targets have to be considered. Surprisingly, six C/D box snoRNAs and one H/ACA box snoRNA were expressed exclusively in brain. Of the 88 RNAs not belonging to either snoRNA subclass, at least 26 are probably derived from truncated heterogeneous nuclear RNAs (hnRNAs) or mRNAS: Short interspersed repetitive elements (SINEs) are located on five RNA sequences and may represent rare examples of transcribed SINES: The remaining RNA species could not as yet be assigned either to any snmRNA class or to a part of a larger hnRNA/mRNA. It is likely that at least some of the latter will represent novel, unclassified snmRNAS:     

A small nucleolar guide RNA functions both in 2'-O-ribose methylation and pseudouridylation of the U5 spliceosomal RNA

In eukaryotes, two distinct classes of small nucleolar RNAs (snoRNAs), namely the fibrillarin-associated box C/D snoRNAs and the Gar1p-associated box H/ACA snoRNAs, direct the site-specific 2'-O-ribose methylation and pseudouridylation of ribosomal RNAs (rRNAs), respectively. We have identified a novel evolutionarily conserved snoRNA, called U85, which possesses the box elements of both classes of snoRNAs and associates with both fibrillarin and Gar1p. In vitro and in vivo pseudouridylation and 2'-O-methylation experiments provide evidence that the U85 snoRNA directs 2'-O-methylation of the C45 and pseudouridylation of the U46 residues in the invariant loop 1 of the human U5 spliceosomal RNA. The U85 is the first example of a snoRNA that directs modification of an RNA polymerase II-transcribed spliceosomal RNA and that functions both in RNA pseudouridylation and 2'-O-methylation.