比格犬雌激素β受体RNA干扰实验细胞及PCR检测引物的筛选

目的 筛选用于比格犬ERβ基因RNA干扰实验的细胞和检测所用引物.方法 根据比格犬ERβ氨基末端区域和DNA结合区设计三对引物,用阳性质粒筛选最佳引物应用于RNA干扰效果检测,并利用293T、Hela和vero细胞的cDNA验证该引物的特异性.对这三种细胞内人ERβ基因的存在情况也进行了检测.结果 经过三次重复性实验之后,结果显示引物C36684扩增效率高,且没有非特异条带,该引物对293T、Hela和vero细胞cDNA扩增时同样没有非特异性条带,但293T细胞中存在人的ERβ基因.结论 引物C36684用于检测RNA干扰效率,而Hela细胞则作为RNA干扰实验的细胞工具.     

PCR-mtDNA技术鉴别检测不同动物肌肉组织和饲料中鸭源性成分

以鸭肌肉组织DNA为模板,利用PCR-mtDNA技术成功克隆出了鸭mtDNA COIII基因(GenBank Accession No.DQ655706).对所克隆的序列分析表明.其序列包括鸭细胞色素C氧化酶III(COIII)基因全序列784 bp,通过同源性分析可知,动物的线粒体DNA COIII基因是相对保守的,利用此特性设计PCR-mtDNA方法鉴别检测鸭源性成分的特异性引物;以各种动物肌肉组织及饲料DNA为模板进行PCR扩增、经反复验证筛选出只能扩增出鸭DNA的目的片段,而不能扩增出其他动物DNA片段的特异性强、稳定性好的引物P3、P4;利用此引物PCR扩增鸭DNA的特异性片段为226 bp,对PCR产物进行测序分析可知与已克隆的鸭mtDNA COIII基因同源性达到100%,证明了所筛选引物的准确性.通过对不同含量的DNA模板溶液进行PCR扩增的方法,对筛选出的特异性引物P3、P4进行灵敏度试验,结果分析表明灵敏度约为0.001%,证明该PCR方法具有特异性强、灵敏度高的特点,完全可作为鉴别不同动物肌肉组织和饲料中鸭源性成分的方法.     

基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ基因序列的细胞种属鉴别及细胞交叉污染分析

目的建立一种快速、简便、敏感和特异的基于线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome C oxidase subunit I,CoI)基因序列的细胞基质检测方法,用于细胞种属鉴别和不同种属间的细胞交叉污染分析。方法①提取非洲绿猴肾细胞(Vero细胞)、狗肾细胞(MDCK细胞)和牛肾细胞(MDBK细胞)基因组DNA,以PCR扩增相应细胞的线粒体CoI基因保守区的基因条码序列,将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测其基因片段的大小,并与文献报道的来源于ATCC相应细胞系线粒体CoI基因保守区的基因条码序列片段大小进行对比,以确定细胞的种属类别;②用Vero细胞、MDCK细胞和MDBK细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物分别与相应细胞和其他不同种属的细胞的基因组DNA进行PCR扩增,检测方法的特异性;用不同浓度的细胞基因组DNA与相应细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物进行PCR扩增,检测方法的灵敏度;③以不同种属细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物分别与多种细胞混合液提取的细胞基因组DNA进行PCR扩增,检测细胞间的交叉污染。结果 Vero细胞、MDCK细胞及MDBK细胞线粒体CoI基因保守序列中的基因条码序列片段大小,与来源于ATCC相应细胞系线粒体CoI基因保守序列中的基因条码序列片段大小相符。该方法具备较好的特异性,检测灵敏度为1.0 ng/μL,不同种属间细胞的交叉污染可被检出。结论该方法可有效地判断细胞的种属来源,亦可用于不同种属间细胞交叉污染的分析。     

外源RNA对小鼠白蛋白基因表达及DNaseⅠ敏感性的影响

兔肝RNA诱导培养的小鼠成纤维细胞 ,大鼠肝RNA注射入小鼠前列腺 ,用免疫组织化学染色检测外源RNA对小鼠白蛋白基因表达的影响 ;不同RNA诱导培养的小鼠成纤维细胞 ,提取细胞核 ,DNaseⅠ消化 ,PCR法扩增小鼠白蛋白基因 ,检测白蛋白基因消化情况。发现外源RNA可促进小鼠白蛋白基因表达并增加该基因DNaseⅠ敏感性     

NDRG2 基因六种可变剪接体的分型鉴定

目的:抑癌基因N-myc下游调节基因2(N-myc down stream regulated gene 2,NDRG 2)在抑制肿瘤的发生及进展过程中具有重要作用,本研究旨在区分并鉴定NDRG2基因mRNA的6种可变剪接体。方法:针对NDRG2基因mRNA6种剪接体外显子的差别设计6对特异性引物。分别从正常人脑组织和胶质瘤细胞U251中提取总RNA,反转录为cDNA,利用高保真酶扩增目的剪接体DNA,并根据PCR扩增产物电泳条带的有无和大小初步判断剪接体的型别,最后将PCR产物胶回收进行测序鉴定。结果:利用本实验中设计的引物可以将人脑组织和U251胶质瘤细胞中的NDRG 2基因mRNA剪接体经行分型鉴定,确定了分型引物的可行性。人脑组织和U251细胞中均含有A、B、D和E四种剪接体。结论:利用本研究设计的特异性引物进行PCR扩增,可以判断某种细胞或组织中表达的NDRG2mRNA分子剪接体的型别。有助于未来深入研究抑癌基因NDRG2在肿瘤发生发展中的抑制作用与不同剪接体的表达相关性。     

逆转录-聚合酶链反应检测鼠肝炎病毒方法的建立

建立特异、灵敏的逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术,结合碱性磷酸酶标记的探针杂交检测鼠肝炎病毒（MHV）,采用MHV－3,MHV－A59病毒株感染DBT细胞,37℃培养,待细胞出现病变时收集提取病毒RNA。依据MHV基因序列设计一对高度保守区特异性引物,进行RT－PCR扩增,结果可见147bp的鼠肝炎病毒产物特异扩增带。敏感性实验检测到10pg的鼠肝炎病毒RNA,同时用ELISA方法对照。结果提示应用RT—PCR技术结合探针杂交检测鼠肝炎病毒。具有简便、快速、灵敏等优势。本研究在国内尚未见报道。     

内参基因加标法定量土壤微生物目标基因绝对拷贝数

【目的】通过荧光定量PCR技术对土壤微生物目标基因进行绝对定量,其定量结果的准确性容易受到DNA提取得率以及腐殖酸抑制性的影响。【方法】采用内参基因加标法,利用构建的突变质粒DNA,对供试水稻土壤样品中的微生物16S r RNA目标基因的绝对拷贝数进行荧光定量PCR检测,用来表征该样品中细菌群落总体丰度。在定量前通过双向引物扩增方法验证突变质粒中的内参基因对供试土壤的特异性。【结果】不同水稻土壤样品的DNA提取量在样品间差异较大。通过内参基因加标法对DNA提取量进行校正,显著提高了16S r RNA基因绝对定量的精确度。不同水稻土壤样品间的变异系数为17.8,与未加标处理相比降低了66.7%。在此基础上,进一步通过内参基因加标法对土壤有机质和含水率均呈现典型空间特征差异的6处亚热带湿地土壤样品中的16S r RNA基因进行绝对定量。16S r RNA基因绝对拷贝数与土壤微生物生物量碳具有显著的线性相关性(R2=0.694,P0.001),表明内参校正后的16S r RNA基因绝对拷贝数可以准确反映单位质量土壤中微生物的丰度。【结论】内参基因加标法可以对DNA提取得率以及腐殖酸对PCR扩增的抑制性进行校正,从而提高绝对定量的准确性。基于内参基因加标法的目标基因绝对定量PCR检测,可作为土壤微生物生物量测量,以及微生物功能基因绝对丰度定量的一种核酸检测方法。     

甲基化特异性PCR检测FMR1 和XIST基因甲基化实验方法的建立

建立一种快速、灵敏的检测脆性X智障基因（Fragile X mental retardation, FMR1）和X染色体失活基因（X chromosome inactivation,XIST）甲基化的方法,用亚硫酸氢钠和对苯二酚对基因组DNA进行脱氨基修饰。以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对：1对甲基化特异性引物和1对非甲基化特异性引物扩增FMR1基因（CGG）n重复序列区、FMR1 和XIST 基因的启动子区。PCR产物进一步克隆、测序。以亚硫酸氢钠和对苯二酚脱氨基修饰后的DNA为模板,进行PCR扩增后的产物与预期基因目的基因片段大小相符合,无非特异性扩增产物。测序结果表明,FMR1、XIST基因中的非甲基化的C碱基转变为U碱基,而CpG岛被甲基化的C碱基不改变。成功地建立了检测FMR1、XIST甲基化的方法,为实验室诊断脆性X综合征提供了新的方法。     

RNA促进小鼠重组染色质白蛋白基因DNaseⅠ消化敏感性

同样的基因在不同的分化细胞中表达不同,基因的选择性表达问题涉及分化和衰老的本质。转录基因对DNaseⅠ(DNA酶Ⅰ)消化敏感,本文研究了RNA对小鼠重组染色质白蛋白基因DNaseⅠ消化敏感性的影响。分离BALB/c小鼠脑细胞核,加入终浓度为2mol/L的NaCl破坏核小体结构,加入不同量、不同来源的RNA,装透析袋,逐渐降低离子强度进行染色质重组。重组染色质中加入DNaseⅠ消化DNA,PCR扩增白蛋白基因的外显子1到外显子2约1200bp区段,PAGE电泳后,用银染色观察不同来源RNA促进DNaseⅠ对白蛋白基因的消化作用。不同组织来源（肝、肺、肾、脑）RNA对小鼠重组染色质中白蛋白基因DNaseⅠ消化敏感性均有促进作用,其中肝和肺RNA促进消化作用较强;酵母tRNA无显著促进消化作用;消化促进作用与RNA剂量有关。RNA能增加DNaseⅠ对白蛋白基因的消化敏感性且有组织（细胞）来源特异性。又委托丹麦Chemical R D 实验室合成2条与白蛋白基因互补的各23核苷酸的RNA,用其进行重组试验。结果表明,重组混合物中含有低至0.2μg/mL的RNA,即可以发挥显著的DNase I消化促进作用。     

人单个中性粒细胞IL-8RβmRNA丰度的相对半定量研究

目的：探讨单个中性粒细胞中白介素-8β型受体（IL-8Rβ）mRNA的表达丰度。方法：采用倍比稀释相对定量单细胞RT-PCR方法分离纯化人外周血中性粒细胞并提取总RNA,针对IL-8RβmRNA设计引物,进行RT—PCR确认IL-8Rβ在中性粒细胞中的基因表达并优化反应条件。收集单个中性粒细胞胞内容物或完整细胞,以相同引物进行RT反应,再将后者所得的cDNA倍比稀释后,与前者共同经过两轮PCR扩增,并将最终产物以BamHI内切酶酶切鉴定产物的特异性。结果：IL-8RβmRNA在人中性粒细胞中有大量表达,单个中性粒细胞中亦能扩增出特异性的IL-8Rβ目的条带,并且将单个细胞内mRNA稀释100倍后仍可扩增出目的条带,BamHI内切酶酶切反应证实为目的产物。结论：人中性粒细胞表达IL-8RβmRNA,mRNA倍比稀释单细胞RT—PCR方法确认其丰度远高于一般mRNA含量,且此方法可在单细胞水平比较细胞内mRNA的丰度。     

LXR-alpha/SREBP-1c通路参与HCV NS5A诱导的肝细胞脂质代谢紊乱

肝细胞脂肪变性是丙型肝炎患者的突出病理特征,但丙肝病毒（HCV）诱导脂肪变性的分子机制尚不清楚.为探究HCV非结构蛋白5A（NS5A）参与诱导脂肪变性的可能分子机制,本研究以HCV NS5A转基因小鼠为研究对象,采集3～16月龄NS5A转基因小鼠和同窝非转基因小鼠的肝组织,进行病理学检测,并用气相色谱 质谱（GC-MS）法分析脂质主要成分胆固醇酯的含量.采用RT-PCR法检测肝细胞中与脂质代谢密切相关基因肝X受体（LXR-alpha）、固醇调节元件结合蛋白（SREBP-1c）、脂肪酸合成酶（FAS）、硬脂酰辅酶A去饱和酶1（SCD1）、过氧化物酶体增殖物受体alpha（PPAR-alpha）的mRNA表达水平.结果表明,与同窝非转基因对照小鼠相比,3～5月龄NS5A转基因小鼠的肝组织没有发生显著的病理性变化,但6～16月龄的NS5A转基因小鼠的肝脏发生了显著的脂肪变性（47.1% vs 130%;P=0.003）.与此相一致,胆固醇酯的含量在NS5A转基因小鼠的肝脏中显著升高（P < 0.01）.RT PCR检测结果表明,与对照小鼠相比,14月龄NS5A转基因小鼠肝组织中与脂质代谢相关的基因LXR.alpha、SREBP.1c、FAS、SCD1的mRNA表达水平显著增高（P < 0.05）,而PPAR alpha的表达则没有显著变化（P > 0.05）. 以上结果提示,NS5A在小鼠肝细胞中可能通过调高LXR.alpha/SREBP.1c信号通路相关基因的表达,进而促进脂质重新合成,诱导脂肪变性.     

microRNAs参与韧带成纤维细胞成骨分化相关分子表达的调节

韧带成纤维细胞成骨分化与强直性脊柱炎等多种异位骨化相关性疾病有关,但其机制尚不清楚.本研究目的在于观察韧带成纤维细胞在成骨分化过程中microRNA和mRNA的表达谱变化,以期为揭示成纤维细胞成骨分化机制提供研究基础.原代培养韧带成纤维细胞、地塞米松、抗坏血酸和β 磷酸甘油体外诱导其成骨分化, RT-PCR检测成骨标志物骨钙素和Runx2的表达.采用表达谱基因芯片分析诱导0、7、14 d后韧带成纤维细胞的microRNAs和mRNAs表达,并用实时定量PCR（RT-qPCR）和Western印迹方法验证生物信息学分析结果.结果显示,与未诱导前相比,成骨分化第7 d有66个microRNAs和640个mRNA表达上调,94个microRNAs和744个mRNA表达下调;成骨分化第14 d有58个microRNAs和781个mRNA表达上调,96个microRNAs和603个mRNA表达下调.实时定量PCR和Western印迹验证结果显示,miR-29b在成骨分化过程中表达上调,TGFβ3表达水平降低,与芯片结果一致,miR-29b通过抑制TGFβ3蛋白的翻译来促进Runx2的表达,从而促进韧带成纤维细胞向成骨细胞分化.韧带成纤维细胞成骨分化过程中,microRNA调控基因及mRNA差异表达基因除涉及BMPs、Wnt和Ihh等信号通路外,在成纤维细胞成骨分化过程中可能还存在其它的新机制.     

Molecular Nature of Spontaneous Mutations in Mouse Lactate Dehydrogenase-a Processed Pseudogenes

The presence of at least ten mouse LDH-A pseudogenes was demonstrated in the genomic blot analysis, and four different processed pseudogenes have thus far been isolated and characterized. In this report, the nucleotide sequences to two different mouse lactate dehydrogenase-A processed pseudogenes, M11 and M14, were determined and compared with the protein-coding sequences of the mouse and rat LDH-A functional genes. In the pseudogene M11, the sequence of 64 nucleotides from codon no. 257 to 278 was tandemly duplicated. In the pseudogene M14, the sequence of 22 nucleotides from codon no. 68 to 75 was replaced by an inserted repetitive sequence of 242 nucleotides homologous to a mouse truncated R element. The pattern of nucleotide substitutions accumulated in mouse LDH-A pseudogenes M11 and M14, as well as that of pseudogene M10 identified previously, was analyzed, and the substitution frequencies of the C or G at the CG dinucleotide were found to be high.     

MicroRNA-449a/b抑制人结肠癌细胞内Fra-1的表达

MicroRNAs (miRNAs) 是一类长度约为22 nt的非编码的调控性小RNA,它们在诸多的生命活动中发挥重要作用,如参与调控细胞的增殖、分化、凋亡以及肿瘤的发生发展. MicroRNA-449a/b (miR 449a/b) 是脊椎动物中进化保守的miRNA,作为抑癌基因,参与了许多癌症的发生过程,但其在结肠癌中的作用尚不清楚. 本文利用实时荧光定量技术研究了miR-449a/b在结肠癌组织中的表达. 利用双荧光素酶报告基因检测系统及Western印迹鉴定miR-449a/b的靶基因. 应用MTS法和Transwell分别检测miR-449a/b对结肠癌细胞增殖和迁移的影响. 检测组蛋白乙酰化酶抑制剂曲古菌素A (trichostatin A, TSA) 对结肠癌细胞中miR-449a/b表达的影响. 研究结果表明：与正常结肠组织相比,miR-449a/b在结肠癌组织中低表达;miR 449a/b能够结合到FRA-1 mRNA 3′-非翻译区 (3′-untranslated region, 3′-UTR),从而抑制结肠癌细胞HCT116内源Fra 1的表达;外源转染miR-449a/b明显抑制结肠癌细胞HCT116的增殖和迁移;并且TSA处理能够诱导结肠癌细胞HCT116中miR-449a/b的表达. 以上结果提示: miR-449a/b可能通过抑制靶基因Fra-1的表达,进而抑制结肠癌细胞的增殖和迁移．     

Genes and pseudogenes for human U2 RNA: Implications for the mechanism of pseudogene formation

Three loci, designated U2/4, U2/6 and U2/7, which contain sequences related to human U2 RNA, have been studied. The U2/6 locus contains a tandem array of bona fide U2 genes. U2/4 and U2/7, in contrast, contain pseudogenes whose sequences deviate significantly from that of mammalian U2 RNA. The two pseudogenes appear to have been created by different mechanisms. The sequences that flank the pseudogene in the U2/4 locus lack homology to the corresponding sequences in functional human U2 genes, except for 10 base-pairs immediately following the 3′ end. The conserved 3′-flanking segment is homologous to those nucleotides that are present in a U2 RNA precursor. No direct repeats flank the pseudogene in the U2/4 locus. The observations thus suggest that a complementary DNA copy of the U2 RNA precursor was inserted into a blunt-ended chromosomal break to generate the U2/4 locus.The U2/7 locus, in contrast, revealed flanking sequence homology when compared to functional U2 genes, both on the 5′ and 3′ sides of the pseudogene. The homology was interrupted on both sides by repetitive sequences belonging to the Alu family. On the 5′ side the homology continues beyond the Alu repeats whereas on the 3′ side it ends precisely at the Alu repeat. This Alu repeat is inserted in a region where a homocopolymeric region of alternating C and T residues is located in functional U2 loci. The observed organization of the U2/7 locus suggests that a previously functional U2 locus was invaded by Alu repeats and subsequently accumulated base substitutions to become a pseudogene.     

小麦抗赤霉病品种NBS同源序列克隆与分析

根据二穗短柄草NBS-LRR类基因的保守序列设计同源引物,以小麦抗赤霉病品种苏麦3号、宁7840和望水白基因组DNA为模板,通过PCR扩增,得到43条序列,其中4条为非编码序列或结构域不完整;39条与植物抗病基因同源,其中的7条内部存在终止密码子,可能是假基因,经过比对分析,其余32条具有连续的开放阅读框和保守结构域,推导的氨基酸序列均具有Kinase-1a、Kinase-2和Kinase-3a及GLPL区等几个保守区,在GenBank中均能找到与之高度同源的其他物种的核酸序列,并且Kinase-2的最后一个氨基酸均为色氨酸(W),属于non-TIR类NBS基因。32条序列可分为4大类,它们之间核苷酸同源性为64%-98%,编码氨基酸同源性为22%-98%。根据序列分析随机设计5对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,7-1、s-3、s-4和w-2均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;7-13不表达,再次证明属于假基因。32条序列在之前未被报道过,这些RGA可以作为筛选赤霉病功能性抗病基因的候选序列。