系统发生分析发现牛病毒性腹泻病病毒新基因亚型

本研究对我国首次分离获得的牛源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株Changchun 184(CC-184)和猪源牛病毒 性腹泻病毒ZM-95进行了遗传衍化关系研究。选择主要抗原E2基因为研究对象,首先应用RT-PCR及套式PCR 克隆得到CC-184和ZM-95的E2片段,通过序列测定发现CC-184和ZM-95 E2基因长度分别为1,122bp和1, 125bp,各自编码374和375个氨基酸残基。核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒均属于BVDV-1, CC-184与Osloss亲缘关系最近,都属于已有的b基因亚型,其E2基因同源性达91．8％。而ZM-95的E2基因有 一个特征性的变异区,包含一个密码子序列插入,这一变异区编码了一段有别于其他瘟病毒的五肽氨基酸序列 HYKKK。结果还表明ZM-95与BVDV-1现有的5个基因亚型的亲缘关系均较远,E2基因同源性最高(与Oregon c24v)只有72．4％。而BVDV-1亚型内毒株间的同源性大于85％,亚型间的同源性在69％～75％之间,充分说明 ZM-95是BVDV-1中一个新发现的基因亚型。通常认为猪源BVDV来源于牛,应该与牛源BVDV有十分近的遗 传关系,但是本研究发现ZM-95与其他已知牛源BVDV较低的基因同源性说明猪源BVDV还具有独立的遗传衍 化与传播来源的可能性。     

牛病毒性腹泻病毒基因组快速进化表现出来的遗传多样性

牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus, BVDV）基因组的高突变性和同源/异源重组性导致其成为一种较难防控的家畜病原体。目前普遍接受的两种基因型是BVDV-1和BVDV-2，其中基因1型含有21个亚型而基因2型含有4个亚型。在流行态势上，BVDV-1无论在遗传多样性还是分离毒株的数量上均高于BVDV-2。虽然BVDV-1和BVDV-2在基因组遗传特征上存在明显的遗传差异，但是其基因组内部特定区域在遗传进化上存在着密切关联。除了病毒基因组自身高变异的特性外，同源/异源RNA重组在BVDV遗传变异进程中也发挥着重要的作用。借助这些遗传进化的途径，BVDV在世界各地的流行传播可以用“随心所欲”来形容。BVDV的流行特征总体表现为基因1型的毒株为主要流行毒株，各基因亚型之间交替更迭并呈现遗传多样性。鉴于BVDV遗传进化的多变性和复杂性，紧密追踪主要流行基因亚型的更迭以及收集不同基因亚型的特征性遗传信息对于制定切实有效的BVDV防控措施具有实际意义。     

Asia1型口蹄疫病毒第V群猪源和牛源毒株全基因组比较分析

为了查明Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 采用RT-PCR方法, 对Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源分离毒株Asia1/HN/06的基因组全序列进行了扩增和测序, 并与第Ⅴ群牛源和猪源参考毒株基因组进行比较分析。结果表明, Asia1/HN/06毒株全基因组序列长约8236 nt [含38个A的poly(A)尾], 其中5'NCR长1116 nt, 前导蛋白(L)编码区长603 nt, 结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6990 nt, 3'NCR长93 nt, 3￠端是至少含有38个A的poly(A)尾巴。猪源毒株和牛源毒株的全基因比较分析表明, 属于第Ⅴ群, 全基因编码区核苷酸和氨基酸的同源性均为98.0%, 主要差别是猪源毒株Asia1/HN/06在细胞受体结合位点变为RDD和155位置的N变为S或D, 该群毒株3A更具有猪源毒株特征, 有4个特异性氨基酸变异。明确了Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 为进一步利用反向遗传技术研究猪源和牛源毒株差异位点或基因在病毒表型变异中的作用奠定基础。     

梅花鹿源BVDV基因E0克隆与序列分析

对梅花鹿源BVDV基因E0进行了克隆和序列分析。结果表明,梅花鹿源BVDV基因E0的大小为681bp,与报道9株BVDV（VEDEVAC、Bega、C24V、ILLC、NADL、OSLOSS、R1935、SD-1、Y546）和7株猪瘟病毒（ALD、Bres-cia、c、GPE、JL、LN9912、SM）及3株羊边界病毒（BD31、C413、BDVX818）相比,核苷酸序列的同源性依次为98.6%～84.8%、76.1%～74.7%、77.0%～76.7%。梅花鹿源BVDV为Ιb基因亚型。     

一株H3N2亚型猪流感病毒广东分离株的基因组序列分析

从广东省疑似流感发病猪分离到1株H3N2亚型猪流感病毒(A/Swine/Guangdong/01/2005(H3N2)),对其各个基因进行克隆与测序,并与GenBank中收录的其它猪流感、禽流感和人流感的相关基因进行比较,结果表明,HA全基因与广东2003~2004年分离的H3N2猪流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上,与纽约90年代末分离的H3N2人流感毒株同源性在98.5%以上;NA基因与纽约1998~2000年分离的H3N2人流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上;NS基因、M基因的核苷酸序列与H1N1亚型猪流感毒株A/swine/HongKong/273/1994(H1N1)的核苷酸序列同源性较高,分别为97.9%、98.4%,与美洲A/swine/Iowa/17672/1988(H1N1)的核苷酸序列同源性分别为96.7%、97.1%;其他基因的核苷酸序列与H3N2人流感毒株具有很高的同源性。因此,推测其M和NS基因来源于H1N1亚型猪流感病毒,HA、NA及其他基因均来源于H3N2亚型人流感病毒。表明此H3N2亚型猪流感病毒为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型猪流感病毒经基因重排而得到的重组病毒。     

中国牛病毒性腹泻病毒JZ05-1分离株全基因测序及分析

牛病毒性腹泻病毒为瘟病毒属成员,呈世界性分布并在乳/肉牛业中造成严重经济损失。本研究利用MD-BK细胞增殖一株分离于我国吉林地区的牛源牛病毒性腹泻病毒JZ05-1毒株,观察发现其具有典型的致细胞病变效应。使用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分别扩增覆盖基因组全长的八个片段并测序,拼接获得该病毒的全基因组序列长12285核苷酸(nt),GenBank登录号:GQ888686。该病毒基因组具有编码多聚蛋白的一个11694nt可读框,5'非翻译区(UTR)长387nt,3'非翻译区长204nt。分别分析BVDVJZ05-1的5'-UTR序列和全基因组序列,发现该病毒属于BVDV-2a亚型。BVDV-2型多数毒株之间的相似性约为96%,与JZ05-1全基因组序列相似性最高的加拿大p11Q毒株和中国XJ-04毒株的相似性为90%和91%。因此,JZ05-1全基因组序列与BVDV-2型其他毒株的全基因组序列具有较大差异。     

我国新分离森林脑炎病毒E基因特征分析

为了解分离自黑龙江省大兴安岭林区全沟硬蜱中的DXAL-5、12、13、16、18,21共6株森林脑炎(TBE)病毒E蛋白基因特征并确定病毒基因型,应用RT-PCR技术对6株病毒E蛋白基因进行体外扩增、克隆、测序.结果发现,6株病毒E蛋白基因的核苷酸序列长均为1 488 bp,推导的氨基酸序列长均为496 aa.与TBE参考毒株E蛋白基因进行比较,这6株病毒与远东亚型同源性最高,其次是西伯利亚亚型,与欧洲亚型同源性最差;在决定亚型特征的氨基酸位点多数属于TBE病毒远东亚型.E蛋白基因推导的氨基酸种系发生树分析表明,6株病毒均在远东亚型分枝内.因此就E蛋白基因而言,DXAL-5、12、13、16、18、21株均属于TBE病毒的远东亚型.新分离毒株与Senzhang株同源性较高,种系发生关系也比较接近,推测疫苗株对新分离毒株仍具有很好的保护作用.但是在E蛋白的A、B和C抗原决定区内,6株病毒均有不同程度的氨基酸改变,这些突变有可能影响E蛋白的功能.     

湖南湖北两省H6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析

2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析.14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株.序列测定和进化分析结果显示:DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显.这些数据表明:不同毒株呈现一定的地域性差异.与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性.     

某猪场猪瘟典型病例综合诊断及病毒E2基因分析

2018年7月,山东省某育肥猪场猪群突然发病并出现大量死亡,病猪临床表现高热、皮肤潮红并布满点状出血。为查明发病原因,对病猪进行病理剖检并采样,经实验室综合检测,初步诊断为猪瘟病毒感染。对检测到的CSFV E2基因进行了分子测序及核酸序列同源性对比,最终确诊为2.1d亚型猪瘟病毒感染。结果显示,本实验室分离到的CSFV(命名为SDXT2018)与21株参考毒株的E2基因核苷酸序列同源性为81.3%～96.2%。与21株参考毒株中同源性最高的是2.1d亚型的JQ001834,同源性达96.2%;与2.3亚型的经典毒株HQ148061的同源性最低,为81.3%。结果说明,我国猪瘟病毒流行毒株的变异趋势越发严峻,以致于常规疫苗免疫的猪场有可能爆发典型猪瘟疫情,这对养猪业构成了严重威胁。因此,亟待人们开展病毒遗传变异趋势的研究,并针对病毒抗原特性研制、生产高效疫苗。     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒(分别命名为F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列.结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633 bp,编码211个氨基酸.3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82.8% ～99.1%之间,推导氨基酸序列同源性在89.1% ～99.1%之间.从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99.5%,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群.