基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用

利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息。     

基于Perl语言的序列同源性分析过程自动化的实现

Perl语言已经成为用于生物信息学应用程序开发最流行的语言。为了简化本地的序列同源性分析过程,作者基于Perl语言设计开发了序列同源性分析的自动化程序,该程序具有无需编译、可移植性好、简单易用等优点,大大提高了工作效率,充分体现了Perl语言在生物信息学研究中所具备的优势。     

基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。     

利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列

采用VBA编写了查找核酸数据库保守序列的四个相关程序,“导入DNA序列”程序可以将Fasta格式的DNA序列文本文件存放到Excel Sheetl的A列中,保留每个序列的Gi号,删除多余的注释部分;“整理DNA序列”程序可以将DNA序列Gi号存放到A列中,B列为对应Gi号的完整序列;“DNA随机序列”程序可以产生DNA随机序列;“发现DNA保守序列”程序可以将随机序列与下载的DNA序列比对,查找每一种随机序列的出现频率.以大豆基因组序列为实例,说明了这些程序的应用方法.该程序弥补了流行序列比对软件的不足,为PCR设计引物、分析基因功能以及种质资源鉴定等方面提供新的工具.     

肠道菌群核酸提取自动化流程的优化

目的:优化肠道菌群核酸提取自动化流程。方法:收集粪便样本,分别采用手工方法、核酸提取工作站提取核酸,然后利用液体工作站制备PCR反应液进行PCR扩增,最后采用文库工作站建库测序。结果:400μl样品用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒裂解液裂解后,用MagMAX~(TM) Express 96机器提取核酸的方法与用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒手工提取核酸的方法相比,测序得到的序列数基本一致,分析结果也没有明显区别;而单独采用MagMAX~(TM)Viral RNA Isolation Kit试剂盒提取核酸由于样品投入体积受限(50μl)、核酸浓度低、测序得到的序列数太少,不能满足后续的分析要求。结论:通过结合使用两种不同的试剂盒,可以实现核酸提取、PCR反应液配制及文库制备的全流程自动化操作,从而大大提高工作效率和结果的稳定性。     

一个基于Blast程序的多重序列对齐程序——Mblast

核酸序列和蛋白质序列的相似性分析日益成为生物信息学研究的核心内容.NCBI的Blast程序是进行此类分析的最有力工具.虽然它提供了初步的将多条序列进行综合对齐的分析方案,但是实际效果却很不理想.在对Blast程序的输出结果进行仔细分析的基础上,基于“求同存异”的思想,我们编制了一个多重序列对齐程序Mblast.该程序与目前流行的序列多重对齐程序相比,更容易检出序列的同源区.     

分子信标核酸检测技术研究进展

介绍了分子信标设计和分子信标核酸检测原理、技术特性和在基因突变大规模自动化检测中的应用. 分子信标是一种基于荧光共振能量转移现象设计的发卡型寡核苷酸探针,空间结构上呈茎环结构, 环序列是与靶核酸互补的探针,茎序列由与靶序列无关的互补序列构成,茎的一端连上荧光分子,另一端连上淬灭分子.通过空间结构改变决定分子信标发射荧光特性,从而对核酸进行定量检测. 分子信标技术具有操作简单、敏感、特异、可对核酸进行液相实时检测和对活体内核酸动态进行检测等特点,已应用于HIV辅助受体基因等基因突变的大规模自动化检测,是一种新型核酸定量检测技术.     

在AppleⅡ型微机上实现核酸数据处理的工作程序

本文报道了在AppleⅡ型微机上实现核酸数据处理的一系列工作程序。应用这些程序,可进行核酸数据的贮存、对指定的核酸数据结构的改造、限制性内切酶识别位点的检索、核酸序列至蛋白序列的翻译、相关核酸序列及蛋白序列的同源性比较、氨基酸密码使用频率的统计和基因的启动子结构的初步探索等方面的工作。     

从新冠病毒起源到BLAST工具的正确实践

基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)是核酸或蛋白质序列相似性分析最常用的工具之一.因为程序涉及参数较多,一些学生和研究者有时不根据实际情况也不阅读说明书就直接选择默认参数,可能会得出错误结论.BLAST可以进行核酸、蛋白质序列及其相互间的比对,一些低年级...     

用微型机TRS-80(Ⅰ)实现核酸序列资料管理系统

本文报道了能实现对核酸序列资料进行分析处理及其管理的TRS-80(Ⅰ)微型计算机的应用程序。该程序系统是由一组相互独立的、具有多种功能的程序文件通过主程序文件的相互关联而组成,并以文件的形式存贮于软磁盘中。整个管理系统是用磁盘BASICⅡ语言设计编制的。在TRS-80微型机的New DOS操作系统下,通过文件操作和文件存取的方式而实现对核酸序列资料的管理。该管理系统能提供12种功能,并能方便地加以扩充。它基本上能满足用户对于核酸序列一级结构的分析、处理的需要。另外该系统中的大多数程序文件也能用于氨基酸序列的分析处理。     

Swissknife - 'lazy parsing' of SWISS-PROT entries.

SUMMARY: We present Swissknife, a set of Perl modules which provides a fast and reliable object-oriented interface to parsing and modifying files in SWISS-PROT format. AVAILABILITY: The Swissknife modules are available at ftp://ftp.ebi.ac. uk/pub/software/swissprot/. CONTACT: hhe@ebi.ac.uk     

Genome-tools: a flexible package for genome sequence analysis

Genome-tools is a Perl module, a set of programs, and a user interface that facilitates access to genome sequence information. The package is flexible, extensible, and designed to be accessible and useful to both nonprogrammers and programmers. Any relatively well-annotated genome available with standard GenBank genome files may be used with genome-tools. A simple Web-based front end permits searching any available genome with an intuitive interface. Flexible design choices also make it simple to handle revised versions of genome annotation files as they change. In addition, programmers can develop cross-genomic tools and analyses with minimal additional overhead by combining genome-tools modules with newly written modules. Genome-tools runs on any computer platform for which Perl is available, including Unix, Microsoft Windows, and Mac OS. By simplifying the access to large amounts of genomic data, genome-tools may be especially useful for molecular biologists looking at newly sequenced genomes, for which few informatics tools are available. The genome-tools Web interface is accessible at http://genome-tools.sourceforge.net, and the source code is available at http://sourceforge.net/projects/genome-tools.     

充分利用Bioperl加速生物信息学的研究

Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。     

A suite of Perl modules for handling microarray data

We describe PerlMAT, a Perl microarray toolkit providing easy to use object-oriented methods for the simplified manipulation, management and analysis of microarray data. The toolkit provides objects for the encapsulation of microarray spots and reporters, several common microarray data file formats and GAL files. In addition, an analysis object provides methods for data processing, and an image object enables the visualisation of microarray data. This important addition to the Perl developer's library will facilitate more widespread use of Perl for microarray application development within the bioinformatics community. The coherent interface and well-documented code enables rapid analysis by even inexperienced Perl developers. AVAILABILITY: Software is available at http://sourceforge.net/projects/perlmat