鮸鱼弧菌病病原菌(哈维氏弧菌)的分离与鉴定

【目的】2009年春季,浙江省舟山地区养殖鮸鱼暴发弧菌病。症状主要表现为体表病灶部位出血、肌肉溃烂、内脏器官有白斑等。【方法】从病鱼体表溃疡部位及内脏分离出优势菌株090212,经人工感染证实该菌即为致病菌。通过API系统和菌体常规形态特征、培养特性和生理生化反应指标测定以及16S rRNA测序分析等综合鉴定,【结果】确认090212为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),该菌为革兰氏阴性,菌体呈短杆状,极生单鞭毛。该菌对氟苯尼考、四环素等5种抗生素敏感。【结论】哈维氏弧菌是海水养殖鱼类的常见致病菌,但作为养殖鮸鱼的病原菌尚属首次报道,将对鮸鱼的病害防治和健康养殖具有重要的指导意义。     

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。R RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。R RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作     

引起文蛤暴发性死亡病原菌的分离和鉴定

本文从江苏吕泗文蛤养殖区发病文蛤和养殖水体中分离到5株优势菌(病蛤中分离到3株优势菌, 养殖水体中分离到2株优势菌), 人工感染实验结果显示, 菌株WG1702能引起供试文蛤发病, 死亡率为100%, 且发病症状与原发病症状相同, 提示该菌是引起文蛤大面积死亡的主要致病菌, 对其形态、生理生化特征、分类地位及致病性进行了初步研究, 菌株WG1702为革兰氏阴性菌, 直杆状, 生理生化指标为：赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶、硝酸盐还原、甘露糖、氧化酶、甲基红阳性, 精氨酸脱羧酶、精氨酸双水解酶、水杨素、V.P阴性。为确定该致病菌的分类学地位, 进行了16S rRNA分子鉴定, PCR扩增获得了大小约1.5 kb的16S rRNA部分基因片段, 对其序列进行了测定, 并进行同源性分析和系统进化树构建。结果表明, 该菌株与哈氏弧菌(DQ146937)同源性最高, 为97.4%, 结合形态、生理生化鉴定结果, 最后鉴定菌株WG1702为哈氏弧菌(Vibrio.harveyi)。     

细菌分类与鉴定的新热点：16S—23S rDNA间区

随着分子生物学的迅速发展,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平、如（G＋C）mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。rRNA存在于所有细菌中,rRNA基因由保守区和可变区组成,在细菌中高度保守。rRNA基因包含5‘端到3‘端的若干种成分,分别是16S rDNA、间区、23S rDNA、间区和 5S rDNA。16S－23S rDNA间区近年来在细菌系统发育学,特别是相近种和菌 区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点,本文将就16S－23S rDNA间区的一些特性及其胡细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。     

黄颡鱼鲇鱼爱德华氏菌的鉴定及生物学特性研究

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco),又称黄嘎、昂刺、黄腊丁等,隶属鲶形目(Siluriformes),鲿科(Bagridae),黄颗鱼属(Pelteobagrus),是我国重要的小型底层经济鱼类,在我国各大水系均有分布,特别在长江中下游的湖泊更为集中,是一种营养价值和药用价值都较高的优质淡水鱼类,也是出口创汇的优良品种。     

哈氏弧菌EcGY020401优化培养

目的:为规模化制备弧菌疫苗提供相关数据.方法:利用摇瓶和小型发酵罐培养,通过平板计数测定培养菌液的活菌数.结果:哈氏弧菌(Vibrio harveyi)EcGY020401株最适盐度为20～25g/L,合适的pH为7.5～7.7,葡萄糖浓度最适浓度为2～5g/L,用TSB优化培养基:胰蛋白胨5g/L、蛋白胨15g/L、大豆蛋白胨3g/L、酵母膏1g/L、葡萄糖4g/L、磷酸氢二钾5g/L、氯化钠15g/L、pH 7.5,培养EcGY020401菌株,可达2.95×1010 cfu/mL;小型发酵罐培养,10h可达到生长最大值,菌液浓度为3.46×1010cfu/mL 结论:用优化TSB培养基,采用发酵罐培养弧菌,可降低成本,提搞培养效率.     

哈维氏弧菌铁超氧化物歧化酶基因表达及免疫作用研究

哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是鱼虾等海水动物的重要病原菌。超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase)通过催化超氧阴离子自由基(O2-)形成O2 和H2O2, 以保持细胞自由基产生和清除之间的平衡, 在病原菌适应环境及细菌致病性方面发挥重要作用。用PCR 从哈维氏弧菌基因组扩增得到600 bp 的目的片段, 序列分析表明与弧菌Fe-SOD 的序列相似性为91%—99%。将目的基因片段克隆到原核表达载体进行表达。SDS-PAGE电泳分析显示纯化的蛋白为单一条带, 分子量为27 kD。具有典型的Fe-SOD 吸收光谱, 对氯仿-乙醇和H2O2敏感, 表明纯化的蛋白属于Fe-SOD。用邻苯三酚自氧化法测得酶的最适pH 7, 最适温度20℃。该酶在pH6—8 的范围内稳定, 当温度超过40℃时酶的活力迅速丧失。纯化的重组蛋白免疫大菱鲆, 4 周后用致病性哈维氏弧菌进行人工感染试验, 对大菱鲆的免疫保护率为80.00%。Western blot 可以检测到免疫大菱鲆的血清中的特异抗体。     

两株对虾幼体弧菌病病原的分离和鉴定

从患弧菌病的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）幼体中分离到两株病原菌zouA和zouB,常规形态和生理生化试验表明均为弧菌属菌种,弧菌编码鉴定系统分别鉴定为溶藻弧菌（Vibrioatginolyticus）和副溶血弧菌（V.parahaemolyticus）。副溶血弧菌R72H序列检测结果进一步证实菌株zouB为副溶血弧菌。对菌株zouA的16S rRNA基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌、副溶血弧菌等弧菌的相似性均高于98％,相互间不能区分;HSP60基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌相似性达98％以上,而与所有其它弧菌的相似性不到92％。结合表型和分子特征的鉴定结果,菌株zouA和zouB分别被鉴定为溶藻弧菌和副溶血弧菌。     

近江牡蛎HSP70基因对溶藻弧菌感染的反应

采用实时荧光定量RT-PCR方法,检测了注射溶藻弧菌(Vibiro alginolyticus)后近江牡蛎鳃,闭壳肌,消化腺,外套膜,心脏以及血细胞中HSP70基因的表达变化。结果显示近江牡蛎这五种器官组织中的HSP70基因表达量均出现显著性高表达,且在鳃、外套膜和血细胞中的HSP70基因表达变化规律表现为典型的时间依赖性。血细胞中,显著高表达的峰值出现在24h,至72h恢复到对照水平,高表达持续时间最长:鳃中表达峰值出现时间较早,在第3h,随后在第12h便恢复到对照水平;外套膜,消化腺以及心脏中的峰值分别出现在6h,6h和3h,而在闭壳肌组织中,没出现显著性高表达。由此可见,近江牡蛎HSP70s可能在机体抗菌免疫过程中起了重要作用。     

深圳近岸养殖牡蛎体内污染物研究

2002年4月25日至8月22日对深圳近岸养殖牡蛎体内的污染物(Cu、Pb、Cd、Zn、Ni、总Cr、总Hg、无机As、石油烃)进行了调查,分析了上述污染物的含量和牡蛎对养殖水体中污染物的浓缩能力,并对其食用质量和养殖海域水体的使用功能进行了评价。结果表明:大亚湾牡蛎体内污染物水平较深圳湾和珠江口低,前者海域养殖牡蛎基本符合要求,只要采用相应的技术进行养殖后的净化处理,该海域养殖的牡蛎可安全食用,后者海域养殖牡蛎体内多项指标超过评价标准,食用质量较差。大亚湾海域可作Ⅰ、Ⅱ类功能使用,深圳湾和珠江口近岸海域作为Ⅲ类功能使用更为合理。牡蛎对污染物浓缩系数依次为Zu>Cu>Cd>Pb>总Cr>Ni>总Hg,其中Zn、Cu、Cd的浓缩系数远大于1000。     

Effect of single-species and mixed-species leaf leachate on bacterial communities in biofilms

Bacterial communities in two shallow eutrophic aquatic ecosystems (eastern China) were studied using culture-dependent methods, and their correlations with the other water parameters were analyzed. Although the values of the comprehensive trophic state index in Xizi Lake and Hangzhou Canal were almost identical, the abundances of cultivable bacterial communities, such as protein-hydrolyzing bacteria (PHB), fecal coliforms (FC), nitrogen-utilizing bacteria, phosphate-mineralizing bacteria, and cellulose-decomposing bacteria (CDB), differed significantly. They were much less in Xizi Lake than in Hangzhou Canal. Correlation analyses indicated that the abundances of physiological groups of bacteria were determined mainly by the biomasses of phytoplankton and zooplankton, rather than by the utilized substrates. Xizi Lake was an algae-dominated aquatic ecosystem, a situation that mainly arose from the influx of inorganic nutrients, and the Hangzhou Canal was bacteria-dominated due to the influx of organic sewage. Molecular characterization and phylogenetic analysis of isolates showed that there were 6 phylogenetic lineages out of 15 isolates screened from Xizi Lake, including γ-proteobacteria (5), β-proteobacteria (3), α-proteobacteria (2), actinobacteria (1), firmicutes (4), and bacteroidetes (1). While in Hangzhou Canal there were only 4 bacterial groups among 22 isolates, γ-proteobacteria comprised about 82%, α-proteobacteria made up 9%, firmicutes and bacteroidetes made up only 4.5%, respectively, and no β-proteobacteria were found. Enterobacteriaceae were the principal bacteria components in the two aquatic ecosystems, especially in the sewage-polluted Hangzhou Canal. It can be concluded preliminarily that the bacterial diversity in Xizi Lake is richer than that in Hangzhou Canal. Handling editor: J. Padisak     

内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳中乳酸菌的多样性分析

【目的】对内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳制品中乳酸菌资源的生物多样性进行研究。【方法】采用纯培养和16S rRNA基因序列分析法对内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳中的乳酸菌进行多样性分析。【结果】从8份传统发酵乳制品(6份酸牛奶和2份酸马奶)样品中分离到24株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系分析将24株乳酸菌鉴定为2株Lactobacillus kefiranofaciens、2株Lactobacillus kefiri、5株Lactobacillus paracasei、3株Lactobacillus plantarum、1株Lactobacillus rhamnosus、6株Lactococcus lactis subsp.lactis、2株Leuconostoc mesenteroides subsp.dextranicum、2株Streptococcus thermophilus和1株Enterococcus faecium。【结论】Lactococcus lactis subsp.lactis为内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳制品的优势菌种,占总分离株的25%,其次为Lactobacillus paracasei,占总分离株的20.83%。     

嗜盐碱古生菌新种的系统分类学研究

从内蒙古乌都淖咸性盐湖分离到嗜盐碱菌菌株Y21。其形态为杆状,能运动,红色菌落,通过生理生化、极性脂成分、基于16SrRNA序列的系统发育学分析和DNADNA杂交同源性比较,发现菌株Y21是Natrilba属中一个与其它成员不同的新种,命名为Natrilbawudunaoensissp.nov.。     

一株高毒力致病杆菌CB6的鉴定

从北京郊区果园采集的小卷蛾斯氏线虫（Steinernema carpocapsae）肠道内分离到一株具有较强杀虫和抑菌活性的致病杆菌菌株CB6。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB6菌株与致病杆菌属（Xenorhabdus）中的嗜线虫致病杆菌（X. nematophila）种的特征基本一致。测定了该菌株的16S rRNA序列并根据16S rRNA序列构建了系统发育树;在系统发育树中,CB6菌株与嗜线虫致病杆菌其他4个菌株形成一个类群,序列同源性大于99%。但CB6菌株的酪氨酸酶、脂酶（蛋黄）的产生、核糖产酸等生化特征与嗜线虫致病杆菌种内的其他菌株存在一定的差异,且具有更强的杀虫和抑菌活性。因此认为CB6菌株是嗜线虫致病杆菌的一个变种,命名为嗜线虫致病杆菌北京变种（X. nematophila var. pekingensis）。     

拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析

为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相似性分别为87.7%、87.3%和94.1%,而16S rRNA基因的平均相似性则达到96.65%,3个看家基因均比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现,由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA得到的结构在亚群上基本一致。因此,gyrB基因在拟诺卡氏菌属的系统分类上比16S rRNA基因更具优越性。     

半滑舌鳎病原菌轮虫弧菌(Vibrio rotiferianus)的分离与鉴定

从患有严重皮肤溃疡病的半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevisGünther)病灶处分离出4株优势菌,经人工感染证实其中一株菌株BV1为养殖半滑舌鳎皮肤溃疡病的病原菌。通过Biolog系统、细菌常规形态特征和生理生化反应指标测定以及16S rRNA和gyrB序列分析对菌株BV1进行了综合鉴定,结果表明该致病菌为轮虫弧菌(Vibrio rotiferianus),其半致死量LD50为6.7×103CFU/mL。进一步的药敏试验表明其对链霉素、四环素等敏感,而对其他用于试验的抗生素敏感度低或具有一定的抗性。     

从线粒体16S rDNA序列探讨绒螯蟹类的系统发生关系

测定了绒螯蟹类各物种的线粒体16SrDNA部分片段的序列,构建了NJ树、ML树和MP树。序列歧异数据比较和各系统发生树都支持新绒螯蟹属(Neoeriocheir)为一个独立的属。在3种系统发生树中,直额绒螯蟹(Eriocheir recta)都是绒螯蟹属(Eriocheir)所有其它成员的姐妹群,并且广东珠江1只直额绒螯蟹标本的16SrDNA部分序列与台湾产台湾绒螯蟹(Eriocheir formasa)的相应序列相同。这些结果不支持平绒螯蟹属(Platyeriocheir)是一个有效的属,并表明E．formosa是E．recta的同物异名。绒螯蟹属(Eriocheir)所有其它成员聚为一个单系的分支,支持中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹与日本绒螯蟹属于同一个物种Eriocheir japonica。16SrDNA部分序列的比对表明,产于台湾的日本绒螯蟹的此段序列与合浦绒螯蟹的相同,产于崇明岛的和产于美国旧金山海湾的中华绒螯蟹的此段序列与中华绒螯蟹单元型B的序列相同。     

Impact of flooding on soil bacterial communities associated with poplar (Populus sp.) trees

Soil bacterial communities were analyzed in different habitats (bulk soil, rhizosphere, rhizoplane) of poplar tree microcosms (Populus tremulaxP. alba) using cultivation-independent methods. The roots of poplar trees regularly experience flooded and anoxic conditions. Therefore, we also determined the effect of flooding on microbial communities in microcosm experiments. Total community DNA was extracted and bacterial 16S rRNA genes were amplified by PCR and analyzed by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis, cloning and sequencing. Clone libraries were created from all three habitats under both unflooded and flooded conditions resulting in a total of 281 sequences. Numbers of different sequences (<97% similarity) in the different habitats represented 16-55% of total bacterial species richness determined from the nonparametric richness estimator Chao1. According to the number of different terminal restriction fragments (T-RFs), all of the different habitats contained approximately 20 different operational taxonomic units (OTUs), except the flooded rhizoplane habitat whose community contained less OTUs. Results of cloning and T-RFLP analysis generally supported each other. Correspondence analysis of T-RFLP patterns showed that the bacterial communities were different in bulk soil, rhizosphere and rhizoplane and changed upon flooding. For example OTUs representing Bacillus sp. were highest in the unflooded bulk soil and rhizosphere. Sequences related to Aquaspirillum, in contrast, were predominant on the poplar roots and in the rhizosphere of flooded microcosms but were rarely found in the other habitats.     

基于线粒体12S和16S rRNA基因部分序列的角蟾亚科部分属种的系统发育关系

测定了角蟾亚科2属8种(亚种)和外群3种的线粒体12S和16S rRNA基因部分DNA序列,比对后序列长共949bp,其中变异位点数320,简约位点数206。邻接法和最大简约法分析的系统关系树一致表明内群为一单系群,其中腺角蟾首先与其他物种分开;沙坪角蟾与宽头短腿蟾聚为一支;余下的5种(亚种)角蟾组成一支,其中小角蟾短肢亚种的广西种群和香港种群聚为一亚支,另一亚支包括峨眉角蟾、小角蟾指名亚种、尾凸角蟾和重庆武隆的角蟾种,后两种角蟾进化关系最近。本结果支持短肢角蟾为有效种,同时提示腺角蟾、沙坪角蟾与宽头短腿蟾可能隶属3个不同的亚属或属。