亚洲主要流行HIV-1 Gp120及其5个高变区多态性分析

HIV-1 Gp120及其5个高变区的多态性是HIV-1能够逃逸宿主免疫反应和耐药性的主要原因。下载了现有数据库中记载的包括B’、C、CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC 5种亚洲主要流行亚型和重组型的所有Gp120及其5个高变区序列,分析了HIV-1 Gp120及其5个高变区序列的长度多态性,糖基化位点数以及序列特征。结果显示,绝大部分的HIV-1 Gp120序列长度为496～515个氨基酸之间,这提示Gp120长度为496～515个氨基酸的HIV-1毒株可能是疫苗研究的理想毒株。比较5个高变区,V3区表现出了最低的长度多态性,几乎没有糖基化位点,表明受到较强的功能限制。不同亚型和重组型的V3区一致序列比较发现,所有的HIV-1亚型均表现为R5型。这提示阻断HIV-1病毒结合CCR5受体是治疗艾滋病的有效途径,R5型毒株可以作为艾滋病疫苗研究的理想毒株。另外,V1和V4区展现了很高的长度多态性,糖基化位点也较多;而V2和V5区的长度多态性和糖基化位点都较低。这些结果表明降低这4个高变区的多态性和糖基化位点数目可能解决HIV-1病毒对疫苗的逃逸,从而研究出真正有效的疫苗。     

HIV-1的表型及其感染的细胞嗜性

HIV-1的表型分为合胞体诱导型(syncytium-inducing,SI)和非合胞体诱导型(non-syncytium-inducing,NSI)。依据所用辅助受体和感染靶细胞的不同,HIV-1又被分为R5、X4和R5X4型。R5和X4型病毒分别利用CCR5和CXCR4作为辅助受体,而R5X4型病毒可利用这两种辅助受体。在病毒的复制力、细胞嗜性以及合胞体诱导能力上,SI型与X4型病毒一致,NSI型与R5型病毒一致。在HIV-1感染过程中,疾病的发展伴随着病毒从NSI型向SI型、及R5型向X4型的转变。HIV-1的表型影响和决定着HIV-1的感染、传播及AIDS的疾病进程。HIV-1的表型和细胞嗜性主要由病毒gp120的V3区(特别是第11和25位的氨基酸)决定。V3区的氨基酸序列信息,将为预测HIV-1的表型,以及病毒感染后的疾病进程提供生物信息学的依据。     

丙型肝炎病毒5个基因的正选择位点研究

按照时间和亚型筛选丙型肝炎病毒5个主要基因(E1、E2、NS3、NS5A和NS5B)的正选择位点,并分析其变化规律。研究结果表明这些基因在总体上均受到纯化选择压力(平均ω<1),且大小依次是E2相似文献   

一例艾滋病痴呆综合征病人HIV-1 gp120基因多样性及生物学活性位点分析

为探讨人类免疫缺陷病毒1型HIV-1 gp120基因多样性和生物学活性位点与艾滋病痴呆综合征之间的关系,从一例艾滋病痴呆综合征病例尸检标本的淋巴结和中枢神经组织(大脑5个部位:颞叶灰/白质连接处、脑室周围组织、脉络丛、枕叶白质及枕叶灰/白质连接处)提取不同组织来源的基因组DNA,经PCR法扩增HIV-1 gp120基因,经克隆后挑选阳性克隆菌株,对插入片段进行测序。用生物学软件处理并绘制系统发生树,分析糖基化位点,计算ds/dn值,分析V3顶端四肽及关键位点的氨基酸。结果显示,该病人感染的病毒是HIV-1B亚型;分离自不同组织的HIV-1 gp120基因存在差异;与标准序列相比,分离自该病人的HIV-1 gp120基因的部分生物学活性位点存在改变,且源自外周淋巴组织与中枢神经组织的HIV-1 gp120基因中部分生物学活性位点也存在差异。结果表明,HIV-1 gp120基因多样性及与脑组织相关的某些生物学活性位点的改变可能与艾滋病痴呆综合征的发病机制存在一定关系。     

HIV-1抗体阳性血浆中HIV-1病毒基因分型研究

为了解HIV抗体阳性血浆中的HIV-1病毒基因亚型的情况,应用逆转录PCR和DNA序列测定技术,对6份获自高危人群的抗HIV-1阳性血浆进行序列分析和基因亚型分型的研究,结果表明均属HIV-1B亚型.V3环氨基酸序列分析指出这些HIV-1B亚型病毒株与泰国HIV-1B亚型病毒株核苷酸和氨基酸序列相似;同时发现HIV-1 cDNA和氨基酸序列均相同,推测这6份标本可能来自同时感染同一株HIV病毒的感染者.本研究对了解高危人群中HIV-1流行的遗传变异和HIV-1亚型病毒株的分子流行病分析具有一定的意义.     

江苏省2017年新报告HIV感染者治疗前耐药分析及基因亚型分布

基于大样本量的亚型及治疗前耐药分析,更准确地掌握江苏省HIV-1流行亚型,更真实地评估江苏省治疗前耐药水平并为抗病毒治疗的开展提供依据收集2017年全年全江苏省新报告感染者治疗前血样.逆转录PCR扩增HIV-1蛋白酶区(pol)基因并送测序.ChromasPro剪辑,拼接,合成序列.MEGA7做序列比对并构建进化树分析亚型.序列在线比对耐药位点.治疗前耐药分析,耐药率达16.3％.蛋白酶区(PR)主要耐药位点是L33F,占44.4％.核苷酸逆转录酶区(NRTI)主要耐药位点是M184位点变异,占35％.非核苷酸逆转录酶区(NNRTI)耐药位点主要是V179位点变异,占59.2％.CRF01_AE亚型(456,37.7％)和CRF07_BC亚型(381,31.6％)仍为江苏省主要流行亚型;不同的是复杂重组体(CPXs)和独特重组体(URFs)数量极速上升至第三位(241,19.9％).江苏省HIV-1复杂重组体大量出现,提示新人病毒或病毒交叉重组频繁,艾滋病的防制依然任重道远.在治疗前耐药比例大幅上升的情况下,治疗前耐药检测成为个体选择抗病毒治疗方案的关键.     

南宁市HIV-1/AIDS人群治疗前pol区遗传特性及蛋白结构分析

为探讨南宁市某县艾滋病病毒1型(HIV-1)感染人群中治疗前pol区遗传特性及蛋白结构变化情况,本研究通过RT-PCR扩增pol区部分序列并进行测序,将序列同源比对构建系统进化树;分型确定毒株亚型和斯坦福大学HIV耐药性数据库比对,分析耐药相关位点;SWISS-MODEL蛋白质同源数据库进行建模分析氨基酸的突变对蛋白质结构和功能的影响。本研究在90份HIV-1标本中获得46个pol区有效序列,共发现4种亚型,其中CRF01_AE占76.08%(35/46)、CRF08_BC占15.22%(7/46)、CRF07_BC占(3/46)6.52%、CRF59_01B1占2.17%(1/46);46个序列中有4例(8.69%)出现耐药突变位点,没有针对核苷酸反转录酶抑制剂(NRTI)的耐药突变;针对蛋白酶类抑制剂(PIs)1例,PR蛋白酶的柔性部位I47V位点发生突变,β折叠结构的I84V位点发生突变,都是异亮氨酸突变为缬氨酸;针对非核苷酸反转录酶抑制剂(NNRTI)有3例,2例位于活性中心的Y181C位点由酪氨酸突变为半胱氨酸,1例位于转角处的E138G位点由谷氨酸突变为甘氨酸。研究表明,南宁市某县HIV-1病毒CRF01_AE重组亚型比例最大,未经抗病毒治疗HIV1感染者中已经出现pol区耐药突变株,突变位点主要位于活性中心及柔性部位,传播水平已经处于中等流行状态。深入分析蛋白质与抑制剂相互作用机制,有助于为艾滋病抗病毒及耐药性监测方案提供科学依据。     

表现神经症状的SIVmac251感染猴大脑基底节病毒gp120序列变异分析

目的 研究猴免疫缺陷病毒SIVmac251在中国恒河猴感染传代过程中产生的可能的神经侵袭性和神经嗜性及其分子机制.方法 从静脉感染SIVmac251-155p6N的8只实验猴中出现严重神经症状的1只猴中,监测病毒及免疫指标变化,观察临床症状、猴脑组织病变,单拷贝PCR扩增病毒gp120序列并分析变异及糖基化位点变化情况.结果 感染猴晚期出现明显艾滋病脑病症状,病理切片显示脑组织出现多核巨细胞及神经元变性、坏死.脑基底节分离出单一序列病毒,其氨基酸序列与血浆病毒及感染毒株SlVmac251-155p6序列差异主要位于Gp120的V1和V4区,并且在C1区66位出现一个糖基化位点缺失.结论 SIVmac251在猴体长期传代过程中表现出神经嗜性毒株的特征,对AIDS脑病研究具有重要意义.     

山东省归国劳务人员中HIV-1感染毒株的序列特征和亚型分析

为了解自1992年以来,山东省归国劳务人员HIV-1感染毒株的分子流行病学特征。我们采集了11份确认为HIV-1感染者的全血分离单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,用套式PCR扩增HIV-1膜蛋白(env)基因,并对其env C2-V3区进行序列测定和分析。结果表明10名归国劳工人员及1名归国劳工配偶的样本经序列测定和基因分析发现了HIV-1的4种基因亚型A、B、C、E亚型。其中C亚型7名,B亚型2名,A和E亚型各1名。由此可见;山东省归国劳务人员中HIV-1毒株的感染情况较复杂,通过计算发现这些毒株间的基因离散率相差较大。提示应加强归国劳务人员的教育、检测和控制以防其它国家毒株传入。     

HIV-1附属蛋白特异性细胞毒性T细胞应答研究

人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus, HIV)附属蛋白Nef、Vpu、Vpr和Vif 在病毒复制中起着关键作用,并能被细胞毒性T细胞(Cytotoxic T Lymphocyte, CTL)识别.然而,对我国HIV感染者体内附属蛋白特异性的CTL应答研究比较少.本研究应用覆盖HIV-1B、C亚型附属蛋白(Nef、Vpu、Vpr和Vif)的142个肽段作为抗原,通过酶联免疫斑点实验(Enzyme-Linked Immunospot,ELISPOT)检测61例中国HIV/AIDS患者和10例HIV-1血清阴性对照的HIV-1附属蛋白特异性CTL应答.无论对HIV-1B 亚型还是HIV-1C亚型附属蛋白都能产生特异性CTL 应答,特别是Nef区蛋白的反应频率和累积应答强度都较高(P＜0.001),B、C亚型间的应答频率和累积应答强度都无显著差别(P＞0.05),其免疫优势区也大致相同.附属蛋白特异性的累积CTL应答强度将近达到总应答的21%.这些结果表明尽管HIV-1附属蛋白的体积小,但它们在诱导特异性的CTL应答中发挥了重要作用,对评价HIV-1免疫应答的幅度和特异性以及研发针对中国人群的HIV疫苗有重要的意义.     

限制性显示技术制备HIV-1B亚型基因片段的研究

目前已知引起人类艾滋病(AIDS)的人类免疫缺陷病毒(HIV)有HIV-1和HIV-2两个型,其中在世界范围内流行的是HIV-1.该型已确定至少有A～J 11个亚型,而在我国则以B、C、E亚型为主[1].     

上海地区HIV毒株基因亚型分布及原发基因耐药的分子流行病学研究

本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测,了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与斯坦福耐药数据库比对,了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型,获得118例患者的HIV基因序列,基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%),亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118）,其中2例（1.7%）发生PI耐药,基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药,其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F;NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示,上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主,且发现新的重组体,可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高,且存在高度原发耐药毒株,应加强HIV-1耐药基因变异监测,科学、合理地给予抗病毒治疗。     

SHIV-1157i及衍生病毒的研究进展

C亚型是世界上流行的HIV-1主要亚型,带有HIV-1 C亚型env区的SHIV和相应的非人灵长类模型是研究人类艾滋病的有效工具。SHIV-1157i及其衍生病毒能够成功地通过黏膜途径感染恒河猴和猪尾猴,并诱发艾滋病类似症状,而且恒河猴缓慢的发病进程与人类感染HIV-1相似。因此,掌握SHIV-1157i及其衍生病毒感染恒河猴的发病规律并探索其机制,将对研究人类HIV-1感染和发病机制,以及评价HIV-1 C亚型env区为靶点的艾滋病候选疫苗具有重要意义。     

HIV-1附属蛋白特异性细胞毒性T细胞应答研究

人类免疫缺陷病毒(Humanimmunodeficiencyvirus,HIV)附属蛋白Nef、Vpu、Vpr和Vif在病毒复制中起着关键作用,并能被细胞毒性T细胞(CytotoxicTLymphocyte,CTL)识别。然而,对我国HIV感染者体内附属蛋白特异性的CTL应答研究比较少。本研究应用覆盖HIV-1B、C亚型附属蛋白(Nef、Vpu、Vpr和Vif)的142个肽段作为抗原,通过酶联免疫斑点实验(Enzyme-LinkedImmunospot,ELISPOT)检测61例中国HIV/AIDS患者和10例HIV-1血清阴性对照的HIV-1附属蛋白特异性CTL应答。无论对HIV-1B亚型还是HIV-1C亚型附属蛋白都能产生特异性CTL应答,特别是Nef区蛋白的反应频率和累积应答强度都较高(P<0.001),B、C亚型间的应答频率和累积应答强度都无显著差别(P>0.05),其免疫优势区也大致相同。附属蛋白特异性的累积CTL应答强度将近达到总应答的21%。这些结果表明尽管HIV-1附属蛋白的体积小,但它们在诱导特异性的CTL应答中发挥了重要作用,对评价HIV-1免疫应答的幅度和特异性以及研发针对中国人群的HIV疫苗有重要的意义。     

Unc5基因家族多样性进化的研究

Uncoordinated-5(Unc5)基因家族属于经典的轴突导向基因家族。为了探讨Unc5的进化和分化规律,首先通过序列比对和蛋白质结构预测鉴定了Unc5基因家族成员的起源和分布,再利用PAML和DIVERGE软件分析了各基因亚型的进化选择压力和功能歧化。结果表明,Unc5基因家族在脊椎动物中受到了不同程度的选择压力,其中Unc5C基因型受到了纯化选择作用,而Unc5A、Unc5B和Unc5D基因型受到了正选择作用,并且在这3个基因型中分别检测到了8个、1个和6个正选择位点。此外,DIVERGE软件检测出38个I型功能歧化位点和97个Ⅱ型功能歧化位点。这些正选择位点和功能分歧位点为进一步研究Unc5蛋白的结构和功能提供了参考和依据。     

上海地区人类免疫缺陷病毒1型感染/艾滋病患者病毒耐药基因突变及亚型分布

目的 研究上海地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染／艾滋病(AIDS)患者中HIV-1耐药株出现的情况及亚型分布。方法 对33例HIV-1感染／AIDS患者的血浆HIV-1分离株,进行抗HIV-1药物(核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂)的基因型耐药检测和亚型分析。结果 33例的HIV-1均未检出对PI的耐药突变;10例高效抗反转录病毒疗法(HAART)治疗失败或抑制病毒复制不完全者中,检出的耐药突变为70％,过渡型耐药突变为20％;23例未经抗HIV-1治疗者中,耐药突变为4．3％,过渡型耐药突变为13％。所有过渡型耐药突变均为T215S。15例经血制品传播的HIV- 1均为B亚型;18例经吸毒和性传播的HIV-1中,B和CRF01-AE亚型分别为39％,和33％,此外,还有C、D、G、K和CRF02-AG亚型。结论 上海地区HIV-1感染／AIDS患者中,HAART治疗失败或复制抑制不完全者HIV-1的NRTI和NNRTI耐药突变率高;吸毒和性传播者的HIV-1中,除主要为B和CRF01-AE亚型外,尚有其他少见的亚型。     

表达HIV-1 CRF01＿AE亚型结构基因小鼠模型的建立和鉴定

目的:构建并鉴定表达HIV-1 CRF01_AE亚型结构基因的小鼠模型。方法:使用哺乳动物密码子优化的HIV-1 CRF01_AE gp160基因,通过慢病毒包装系统构建重组慢病毒LV-GFP-AE gp160,将上述重组慢病毒感染小鼠肺上皮细胞TC-1,经嘌呤霉素抗性筛选获得稳定表达gp160基因的TC-1细胞。采用RT-PCR、流式细胞术检测gp160基因在细胞内的表达稳定性,将稳定表达Gp160蛋白的TC-1-HIV AE gp160细胞接种小鼠,用免疫组化方法检测小鼠体内细胞团块中HIV Gp160蛋白的表达。结果:菌落PCR、酶切鉴定和测序表明重组质粒pLVX-AE gp160构建正确,RT-PCR、GFP荧光及流式细胞术结果均显示gp160基因能在细胞TC-1中稳定表达,免疫组化结果也表明小鼠体内接种的细胞可以稳定表达HIV Gp160蛋白。结论:建立了稳定表达HIV-1 CRF01_AE亚型Gp160蛋白的TC-1细胞及小鼠模型,为HIV-1 CRF01_AE亚型HIV疫苗的临床前研究提供了可靠的体外、体内免疫原性评价工具,为该疫苗的进一步开发奠定了坚实的实验基础。     

我国中部HIV-1 B''''亚型分离株基因组结构特征及系统发育分析

为了分析河南省Human immunodeficiency virus-1(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株.提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列.与HIV-1 RL42和HIV-1 HXB2株比较,分析基因特征.用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构.用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和V3环基因分别进行了系统发育分析.结果发现,CNHN24株为HIV-1 B'亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%.与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大.与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异.系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的HIV-1 B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从V3序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1 CR206及RL42遗传距离最近.认为HIV-1 CNHN24株可能由云南传入.     

B′亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

目的 研究沈阳市人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）B′亚型毒株抗原表位的变异特征。方法 从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应（PCR）扩增、产物纯化和测序分析后,将所得病毒核苷酸序列翻译成蛋白质的氨基酸序列,比较和分析我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况。结果 在HIV-1 gag蛋白P24编码区,有4个抗原表位相当保守,且P17部分的抗原表位的变异率高于P24部分。结论 HIV-1 B′亚型毒株P24部分的4个抗原表位适合于抗原表位疫苗的研制。     

猴/人嵌合免疫缺陷病毒应用的研究进展

猴/人类免疫缺陷病毒(SHIV)自20世纪80年代末开始构建,并被广泛应用于人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)疫苗的攻毒实验和抗HIV中和抗体的活性评价.随着研究的深入,SHIV构建涉及的HIV-1病毒亚型也越来越多,如HIV-1 B、HIV-1 C、HIV-1 E等;同时,对SHIV致病性、细胞嗜性和应用的研究也有长足的进步,促进了HIV疫苗研究,并为HIV致病性研究提供了宝贵经验.