B''亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

目的研究沈阳市人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B'亚型毒株抗原表位的变异特征.方法从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增、产物纯化和测序分析后,将所得病毒核苷酸序列翻译成蛋白质的氨基酸序列,比较和分析我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况.结果在HIV-1 gag蛋白P24编码区,有4个抗原表位相当保守,且P17部分的抗原表位的变异率高于P24部分.结论 HIV-1 B'亚型毒株P24部分的4个抗原表位适合于抗原表位疫苗的研制.     

沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序。将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析。同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较。结果表明,10份HIV-1病毒株分属B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种基因亚型。本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守。提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制。     

我国中部HIV-1B′亚型分离株基因组结构特征及系统发育分析

为了分析河南省Humanimmunodeficiencyvirus-1(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株。提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列。与HIV-1RL42和HIV-1HXB2株比较,分析基因特征。用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构。用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和V3环基因分别进行了系统发育分析。结果发现,CNHN24株为HIV-1B′亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%。与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大。与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异。系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的HIV-1B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从V3序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1CR206及RL42遗传距离最近。认为HIV-1CNHN24株可能由云南传入。     

HIV-1抗体阳性血浆中HIV-1病毒基因分型研究

为了解HIV抗体阳性血浆中的HIV-1病毒基因亚型的情况,应用逆转录PCR和DNA序列测定技术,对6份获自高危人群的抗HIV-1阳性血浆进行序列分析和基因亚型分型的研究,结果表明均属HIV-1B亚型.V3环氨基酸序列分析指出这些HIV-1B亚型病毒株与泰国HIV-1B亚型病毒株核苷酸和氨基酸序列相似;同时发现HIV-1 cDNA和氨基酸序列均相同,推测这6份标本可能来自同时感染同一株HIV病毒的感染者.本研究对了解高危人群中HIV-1流行的遗传变异和HIV-1亚型病毒株的分子流行病分析具有一定的意义.     

亚洲主要流行HIV-1 Gp120及其5个高变区多态性分析

HIV-1 Gp120及其5个高变区的多态性是HIV-1能够逃逸宿主免疫反应和耐药性的主要原因。下载了现有数据库中记载的包括B’、C、CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC 5种亚洲主要流行亚型和重组型的所有Gp120及其5个高变区序列,分析了HIV-1 Gp120及其5个高变区序列的长度多态性,糖基化位点数以及序列特征。结果显示,绝大部分的HIV-1 Gp120序列长度为496～515个氨基酸之间,这提示Gp120长度为496～515个氨基酸的HIV-1毒株可能是疫苗研究的理想毒株。比较5个高变区,V3区表现出了最低的长度多态性,几乎没有糖基化位点,表明受到较强的功能限制。不同亚型和重组型的V3区一致序列比较发现,所有的HIV-1亚型均表现为R5型。这提示阻断HIV-1病毒结合CCR5受体是治疗艾滋病的有效途径,R5型毒株可以作为艾滋病疫苗研究的理想毒株。另外,V1和V4区展现了很高的长度多态性,糖基化位点也较多;而V2和V5区的长度多态性和糖基化位点都较低。这些结果表明降低这4个高变区的多态性和糖基化位点数目可能解决HIV-1病毒对疫苗的逃逸,从而研究出真正有效的疫苗。     

应用ELISPOT方法筛选确定HIV-1B'/C亚型疫苗六种抗原的H-2d限制的T细胞表位

为了筛选和确定用于检测表达HIV-1 B’/C亚型病毒6种抗原(gp160、gag、polr、evt、at和nef)的艾滋病疫苗免疫小鼠后H-2d限制的特异性T细胞表位,本研究使用表达上述6种抗原的复制型DNA疫苗和非复制型重组痘苗病毒疫苗联合免疫BALB/c小鼠,通过矩阵设计将HIV-1 B(C)亚型6种相应抗原全序列肽库分别混合成肽池,使用肽池对免疫小鼠进行IFN-γELISPOT检测,根据检测结果确定肽库中特异反应的优势表位肽。结果显示:筛选到七条针对Gag的特异表位肽,其中有5条与文献报道相同,另2条为新表位肽;筛选到3条针对Pol蛋白特异表位肽,其中一条为新表位肽;筛选到2条针对gp160特异表位肽,其中一条为新表位肽;在Nef肽库中筛选到一条新的表位肽;从Tat肽库中筛选到3条表位肽,这三条肽在肽库中是连续的序列,都包含(或部分包含)网上公布的表位序列;在Rev肽库中没有筛选到能够产生阳性反应的特异性表位肽。本研究使用IFN-γELISPOT方法筛选和确定了可用于检测表达HIV-1 B’/C亚型病毒6种抗原(gp160、gag、pol、revt、at和nef)的艾滋病疫苗免疫小鼠后H-2d限制的特异性T细胞表位。     

沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序.将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析.同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较.结果表明,10份HIV-1病毒株分属B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种基因亚型.本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1 B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守.提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制.     

我国中部HIV-1B’亚型分离株基因组结构特征及系统发育分析

为了分析河南省Human immunodeficiency virus—I(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株。提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列。与HIV-1RL42和HIV-1HXB2株比较,分析基因特征。用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构。用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和订环基因分别进行了系统发育分析。结果发现,CNHN24株为HIV-1B’亚型,富含嘌呤,含量达到60．26％。与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大。与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异。系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的H1V-1B／C及AE／BC重组毒株的遗传距离较远;从份序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1CR206及RL42遗传距离最近。认为HIV-1CNHN24株可能由云南传入。     

山东省归国劳务人员中HIV-1感染毒株的序列特征和亚型分析

为了解自1992年以来,山东省归国劳务人员HIV-1感染毒株的分子流行病学特征。我们采集了11份确认为HIV-1感染者的全血分离单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,用套式PCR扩增HIV-1膜蛋白(env)基因,并对其env C2-V3区进行序列测定和分析。结果表明10名归国劳工人员及1名归国劳工配偶的样本经序列测定和基因分析发现了HIV-1的4种基因亚型A、B、C、E亚型。其中C亚型7名,B亚型2名,A和E亚型各1名。由此可见;山东省归国劳务人员中HIV-1毒株的感染情况较复杂,通过计算发现这些毒株间的基因离散率相差较大。提示应加强归国劳务人员的教育、检测和控制以防其它国家毒株传入。