北京市高等植物种质资源信息查询系统的构建与特点

生物多样性信息学是生物多样性研究的重要内容,信息平台是生物多样性保护、生态教育和普及有效模式.目前,北京开展了大量的生物多样性资源的调查,但还缺少针对该区域系统而全面的物种资源信息化平台.针对北京地区生物多样性保护和生态教育的需要,基于2007～2009年开展的北京市高等植物种质资源全面系统的调查以及以往的研究数据,以物种多样性编目的数据库为框架,以计算机网络技术为支撑,构建北京市种质资源信息查询网络平台.该平台实现了高等植物种质资源信息的共享,用户可以准确查询到149科,61属,256种及变种的详细文字信息和图片信息,包括植物物种的分类、生态学特征、分布特点、濒危与保护状况、利用与人为干扰等.该平台的研建不仅为北京市植物物种资源的保护规划、外来物种的管理、资源利用等提供了重要信息支持,对科学研究和生态教育等也具有重要意义.     

农作物种质资源调查数据标准制定与共享

系统提取并分析了农作物种质资源普查数据、调查数据、评价数据和保存数据等数据信息,采用基于数据元技术方法制定了农作物种质资源调查数据标准和数据元目录;定义了种质资源调查数据集以及对象和属性的映射关系;给出了基于XML数据标准存储及交换策略。标准的制定使农作物种质资源调查在"数据层"上达到统一,规范了数据库构建,促进了农作物种质资源调查数据的整合和共享。     

上海农作物种质资源数据库的设计和构建

随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。     

国家农作物种质资源平台的建立和应用

农作物种质资源是生物多样性的重要组成部分, 是作物育种和农业生产的物质基础。长期以来, 我国农作物种质资源标准不统一、资源保存相对分散、信息网络设施薄弱, 制约了农作物种质资源的共享利用。本文提出了国家农作物种质资源平台的概念和架构, 它是一个虚拟式的农作物种质资源机构, 由国家长期种质库、国家复份种质库、国家中期种质库、国家种质圃和国家种质信息中心组成。阐述了农作物种质资源技术规范体系构建的原则和方法, 建立了由110种作物的描述规范、数据规范和数据质量控制规范组成的技术规范体系。提出了以信息共享带动实物共享的思路、方法和途径, 建成了拥有39万份种质信息的国家农作物种质资源数据库和中国作物种质资源信息网(http://www.cgris.net/)。创建了日常性服务、展示性服务、针对性服务、需求性服务和引导性服务等5种农作物种质资源服务模式, 有效解决了农作物种质资源共享利用的难题。     

药用植物资源的整合信息数据标准规范探讨

从药用植物资源可持续利用对科学数据的需求出发,分析了药用植物资源信息数据的现状,阐明了在科研信息化环境下建立具有参考型数据库性质的药用植物资源整合信息数据库的必要性,探索了药用植物资源数据的规范与框架,开发了面向药用植物资源可持续利用的信息需求和共享交换的数据元标准,为建设共享、集成的药用植物信息系统提供了统一的数据接口,以期促进药用植物资源共享集成信息平台的建设.     

数字植物园

数字化植物园是对内实现物种高效管理支撑、对外实现资源高效共享对接的重要手段,也是数字化时代背景下植物园日常基础工作之一。如今,数字化植物园项目已经逐渐成为各大植物园优先发展的方向性项目。植物园引种驯化基础数据库管理系统构建科研人员对中国科学院植物     

植物DNA条形码与生物多样性数据共享平台构建

DNA条形码基于较短的DNA序列实现物种的快速、准确鉴定, 不仅加快了全球生物物种的鉴定和分类步伐, 也为生物多样性的管理、保护和可持续利用提供了新思路和研究方法。植物DNA条形码标准数据库的不断完善, 将使植物多样性信息的快速获取成为可能; 将不同类型数据资源整合、共享和利用, 构建植物DNA条形码数据共享平台, 是满足公众对物种准确鉴定和快速认知的重要支撑。本文介绍了近年来植物DNA条形码的研究进展; 植物DNA条形码参考数据库的研发现状和存在的问题。结合上述问题, 围绕“大数据”时代背景, 对如何管理和使用好海量的植物信息, 如何构建数据共享平台提出了一些设想: (1)数据共享平台的元数据应尽可能翔实、丰富、准确和多关联; (2)数据标准应统一规范; (3)查询入口方便、迅速、多样, 易于管理, 便于实现更大程度的数据共享和全球化的合作交流。     

芒属植物资源研究、利用现状和开发前景北大核心CSCD

对芒属17种植物的自然资源状况,从分类学、遗传育种学和生理学等方面研究的进行了综述,梳理了芒属植物资源利用现状,并展望了芒属植物的应用前景和产业价值。同时指出,对芒属类群的研究深度和应用程度极不均衡,对适应于极端环境的地区特有类群开发利用不够。为全面促进芒属植物资源开发利用,助力芒属新品种的研发和推广,倡议加强极端环境下芒属种质资源研发,实现更广阔的应用前景。     

基于WebGIS的植物园植物物种管理信息系统

鉴于植物园现代化管理和国内外植物资源信息交流的迫切需要,利用WebGIS系统集成技术在Internet上建立了中国科学院武汉植物园植物物种管理信息系统。系统实现了基于网络的图形属性数据的双向查询,并具有新增、编辑、缩放、漫游、定位等功能,为植物迁地保育的动态管理提供了管理工具,为科研、科普等应用部门和科技人员提供了获取植物物种信息的工作平台。文中详细介绍了该系统的设计要求、数据来源、开发运行环境、数据库构成、系统功能等。     

《芒属种质资源描述规范和数据标准》的制定

目前芒属植物被视为最有前景的木质纤维素能源作物,在中国、美国、日本和欧洲国家得到了广泛研究和利用。但截至目前依然没有统一的芒属植物种质资源描述规范,一定程度上阻碍了其信息的共享与交流。鉴于此,本研究通过开展芒属植物种质资源描述和数据制定技术标准研究,旨在为芒属能源作物品种的选育、审定与推广提供科学规范的依据。本文论述了芒属种质资源描述规范、数据标准与数据质量控制规范的制定原则、方法与内容,对于促进整合全国芒属种质资源,规范芒属种质资源的收集、保存、评价具有指导作用。