瓜类枯萎病菌遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

尖孢镰刀菌可造成不同瓜类的枯萎病.为明确不同寄主、不同地区的瓜类枯萎病菌菌株间的遗传多样性及亲缘关系,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对来源于不同地区、不同寄主的95株尖孢镰刀菌的基因组DNA进行多态性扩增.以筛选出的19对引物共扩增出238条带,多态性比率为100%,平均每对引物扩增出12.5个位点和12.5个多态性位点;尖孢镰刀菌苦瓜专化型共扩增出166条带,其中145条为多态性条带,多态性比率为87.4%,平均每对引物扩增出8.7个位点和7.7个多态性位点,说明尖孢镰刀菌的遗传变异较为广泛.瓜类枯萎病菌株间的遗传相似系数范围为0.68～0.99,样品间的平均Nei遗传多样性指数和Shannon指数分别为0.2390和0.3718.在遗传相似系数为0.74时,可将供试的95株尖孢镰刀菌划分为苦瓜、黄瓜、西瓜、甜瓜4个专化群.在SRAP聚类树中,同一寄主的尖孢镰刀菌聚在一个分支上,其中尖孢镰刀菌苦瓜专化型菌株间的遗传相似系数范围为0.78～0.99,Nei遗传多样性指数为0.1811,平均Shannon指数为0.2750,表明尖孢镰刀菌苦瓜专化型的遗传变异较大,且菌株的聚群与地理来源存在相关性.     

21株马特组镰刀菌遗传多样性的ISSR分析

为明确马特组镰刀菌种间和种内的遗传差异与亲缘关系,本文利用ISSR分子标记技术对21个马特组菌株进行了遗传多样性分析.结果表明:利用筛选出的15条引物对3种供试菌株进行扩增,共扩增出239条条带,其中多态性条带230条,多态性位点比例为96.2％,平均每条引物产生条带数为15.3条.21个菌株间的遗传相似系数范围为0.494～0.933,平均为0.640.在遗传相似系数为0.593时,供试的21株马特组镰刀菌可明显分成2个ISSR类群(IG),IG-Ⅰ包括1～17号菌株,为Fusarium solani和F solani var.coeruleum;IG-Ⅱ包括18 ～21号菌株,全部为F.ventricosum.在遗传相似系数为0.933时,供试的21个菌株可被全部区分开.供试的镰刀菌基因组在SSR区域具有丰富的多态性;ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性,但与菌株的地理来源没有相关性;而同一类群中,不同菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来源存在一定的相关性.同一地区同种寄主的相同菌种,其菌株间也存在一定的遗传差异.     

瓜类保护地土壤镰孢菌种群及UP-PCR多样性分析

对采自辽宁省部分地区瓜类保护地的36份土壤样品进行镰孢菌（Fusarium）分离培养,共获得112株镰孢菌,采用传统形态学分类和现代分子生物学方法,确定属于11个种.对其中25株镰孢菌及3株对照镰孢菌进行了通用引物PCR（UP-PCR）多样性分析.结果表明：6条引物扩增出73条带,其中多态性条带66条,占总条带数的90.4%.对供试菌株进行UP-PCR聚类图谱分析,当相似系数为0.736时,可将其划分为8个类群,其中14株尖孢镰孢菌聚为一类.UP-PCR分析体现了镰孢菌菌株间的亲缘关系及差异性,可以作为镰孢菌分类的辅助方法.     

辽宁省白头翁叶斑病菌的遗传多样性

白头翁叶斑病是近年来我国新报道发生的一种白头翁叶部病害,在辽宁省保护地白头翁生产中病害尤为严重.对采自辽宁省5个白头翁主产区的25株白头翁叶斑病菌(Ascochyta anemones)菌株及中国农业科学院惠赠的5个壳二孢属(Ascochyta spp.)菌株进行RAPD分析.结果表明:11条随机引物共扩增得到条带清晰并呈多态性的108条谱带,单个引物扩增DNA片段集中分布在200～ 2000 bp.采用NTSYS软件进行病原菌的聚类分析,发现供试的30株壳二孢菌的遗传相似系数为0.56～0.98,当相似系数为0.62时,30个菌株被划分为4个类群,说明辽宁省白头翁叶斑病菌具有丰富的遗传多样性.RAPD遗传聚类组群与白头翁叶斑病菌菌株的地理来源有一定的相关性,不同寄主来源的菌株之间存在明显的遗传差异.     

绿豆种质资源的ISSR遗传多样性分析

利用ISSR标记对33份绿豆种质进行了遗传差异和亲缘关系分析。 结果表明,从46条ISSR引物中筛选出10条扩增条带清晰、多态性高的引物,利用这10条引物从33份绿豆种质中共扩增出118条条带,其中多态性条带115条,多态性位点比例98.18%。遗传相似性与聚类分析结果表明,供试绿豆种质间的遗传相似系数范围为0.50～0.98之间,平均0.68。当遗传相似性系数为0.682时,供试33份绿豆种质资源分为4个ISSR类群( ISSR Groups,IGs),第Ⅰ类群包括产地为黑龙江、吉林共9份和河北的1份绿豆种质资源,第二类群包括河南、山西和陕西的所有和河北的4份绿豆种质资源,第三类群为来自泰国的5份绿豆抗虫资源,第四类群包括山东和内蒙各2份绿豆资源;当遗传相似系数为0.98时,供试的33份绿豆种质资源可被全部区分开。 ISSR分析结果表明, ISSR类群划分与绿豆的地理来源存在一定相关性;而同一类群中,地理来源相同的绿豆种质间也存在一定的遗传差异。     

几种尖孢镰刀菌专化型中SIX1、SIX4、SIX6、SIX8同源基因分析

尖孢镰刀菌在与寄主的相互作用中分泌几个特定的富含半胱氨酸的小分子量蛋白进入木质部中启动致病力,被称为SIX(secreted in xylem)蛋白,为明确其在不同寄主中的作用,本研究比较分析了几种尖孢镰刀菌专化型中SIX1、SIX4、SIX6、SIX8同源基因序列。根据已完成的尖孢镰刀菌古巴专化型1号(Foc1)与4号生理小种(Foc4)全基因组测序序列信息及相关SIX基因序列设计引物,应用PCR方法扩增分析56株尖孢镰刀菌古巴专化型与18株其它专化型及非致病型尖孢镰刀菌菌与其它种或属共21株菌株中的SIX1、SIX4、SIX6、SIX8基因。结果表明:设计的SIX1、SIX4、SIX6、SIX8基因引物均不能从非致病性尖孢镰刀菌与其它镰刀属种或其它属的菌株DNA中扩增出目的条带;SIX1基因的2个引物均能从供试的Foc菌株DNA中扩增出目的条带,同时可从部分其它专化型菌株DNA中扩增出目的条带;SIX4基因引物仅能从供试的尖孢镰刀菌番茄专化型与部分甘蓝专化型菌株DNA中扩增出目的条带;SIX6引物仅能从供试Foc1、Foc2、Foc4菌株DNA中扩增出目的条带;SIX8基因引物能从所有供试的致病尖孢镰刀菌中DNA扩增出目的条带。研究发现的SIX6基因序列提供了快速鉴定尖孢镰刀菌古巴专化型的检测方法,同时为深入研究尖孢镰刀菌各个专化型中SIX基因的功能奠定基础。     

一种银耳段木栽培杂菌的形态学鉴定与分子生物学分析

从四个不同银耳段木栽培场地采集杂菌样本,经初步鉴定后纯化得到48个菌株。通过对子实体、孢子及菌丝等的形态观察确认从银耳栽培段木上分离的48株杂菌隶属于炭团菌属,在形态上与截头炭团菌Annulohypoxylon annulatum最为相似。为了进一步确认从银耳栽培段木上分离的48株杂菌的分类地位,对其中14个供试菌株进行了ITS系统发育分析,结果表明:14个供试菌株之间的遗传距离为0.036时可以形成两个明显分枝,且分枝与地理来源之间并无明显相关性;供试菌株在分类地位上属于炭团菌属,与形态学鉴定结果一致,并与截头炭团菌的关系最为接近,遗传距离在0.2左右;与银耳伴生菌香灰菌的遗传距离为0.29左右。从75条引物中筛选出13条引物对所有48个供试菌株进行ISSR扩增,扩增共获得103条带,其中多态性条带72条,占条带总数的69.9%。聚类分析结果表明:在相似水平为75%时,48个菌株可以划分为5个类群,且类群的划分与地理来源之间并无明显相关性;多数供试菌株之间的遗传相似性较低,这表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。     

引起蜘蛛流行病的紫色野村菌种群异质性

应用ISSR分子标记对安徽琅琊山自然保护区和牯牛降自然风景区引起蜘蛛流行病的紫色野村菌Nomuraea atypicola遗传多样性进行了研究。筛出的9个ISSR引物共扩增出117条带,多态性比率高达94%。ISSR扩增结果显示:22株紫色野村菌之间的遗传分化较大,Jaccard遗传相似系数为0.48-0.88,平均为0.71。UPGMA方法构建的系统树表明,在遗传相似系数0.60处,22株紫色野村菌按照两个自然保护区明显分为2大类群。第一大类是分离自琅琊山不同蜘蛛的10株菌株,其种群内平均遗传相似系数为0.74。第二大类是采自牯牛降不同蜘蛛的12株菌株,其种群内平均遗传相似系数为0.76。种群内的遗传相似性虽高于种群间的遗传相似性,但未见两株菌株的ISSR指纹图谱相同或高度相似。这表明,不管是在琅琊山还是在牯牛降,紫色野村菌的两个种群均无优势的流行菌株。两地的蜘蛛流行病都是由高度异质的紫色野村菌种群造成的。紫色野村菌的菌株遗传相似性和地理来源相关而和寄主无关。     

辽宁省辣椒疫病菌多态性及致病力分化研究初探

【目的】明确辽宁省辣椒疫病菌多态性及致病力分化与区域性关系。【方法】利用SRAP技术对辽宁省25个辣椒疫病菌菌株进行了PCR扩增及NTSYS-PC聚类分析,用灌根法进行致病力分化试验并对试验结果进行SPSS 11.5分层聚类分析。【结果】利用筛选出的27组引物对25个菌株进行扩增,得到578条条带,每对引物多态性比率在84%?100%之间,多态性丰富;供试菌株间遗传相似性较高,相似系数0.56?0.91,以相似系数0.68为阈值划分,25个菌株可聚为4组。试验菌株80%为中等致病力,聚类结果较为分散。【结论】供试菌株没有表现出明显的区域性特征,菌株致病力强弱分化区域特征性规律不明显。     

节瓜自交系遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对36份节瓜自交系进行遗传多样性分析。从100条ISSR引物中筛选出14条多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对36份节瓜材料基因组DNA进行扩增,共扩增出76条清晰稳定的条带,其中多态性条带45条,多态性比例为59.21%。36份材料间遗传相似系数在0.57~0.96之间,表明材料间遗传多样性较为狭窄。聚类分析结果显示,以遗传相似系数0.76为阈值时,可将36份节瓜自交系材料聚为3类,分类结果与供试材料的地理来源较为吻合。基于聚类分析结果,可为今后节瓜的新品种选育、遗传改良以及分子遗传连锁图谱构建的杂交亲本选择提供科学依据。