应用实时荧光定量RT-PCR检测宫颈癌及其外周血中VEGF表达的研究

目的:研究血管内皮生长因子在宫颈癌患者癌和癌旁组织及外周血循环细胞中的表达情况,分析其在肿瘤生长与转移中的作用。方法:采用基于TaqMan探针技术的实时荧光定量RT-PCR法检测了50例宫颈癌患者癌及癌旁组织和40例正常宫颈组织标本中VEGF mRNA的表达情况及其对应的外周血中的VEGF mRNA表达,分析其与临床病理参数之间的关系。结果:宫颈癌组织及癌旁组织中VEGF mRNA的表达水平无明显差异,但均与正常宫颈组织的表达水平差异有显著性;宫颈癌组织中VEGF mRNA的表达与肿瘤的组织学类型无明显的相关性;而与肿瘤的临床病理分期、病理分化程度、淋巴结转移、肿瘤直径、深肌层浸润间均呈显著的正相关。宫颈癌患者外周血中VEGF的表达明显高于对照组水平,与淋巴结是否转移密切相关,但与其他临床病理参数无关。结论:实时荧光定量RT-PCR可以敏感且特异性的检测出宫颈癌组织及外周血中VEGF mRNA的表达,且方法准确可靠,操作方便,在肿瘤的微转移的诊断监测方面有一定的应用价值。VEGF有可能成为治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。     

实时荧光定量RT-PCR对胃癌组织中hMLH1 mRNA的检测及其临床意义

目的:探讨DNA错配修复基因hMLH1在胃癌组织中的表达水平及其临床意义.方法:应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术对40例胃癌患者的癌组织、40例癌旁胃炎组织及21例慢性胃炎患者的慢性胃炎组织中hMLH1 mRNA进行定量检测,以三磷酸甘油醛脱氢酶基因(hGAPDH)为内参照.结果:胃癌组织、癌旁胃炎组织、慢性胃炎组织中hMLH1 mRNA的相对含量分别是7.23±1:11.91,3.80±5.13,2.01±1.25,三组相比差异有统计学意义(F=3.272,P=0.042),胃癌组织中hMLH1mRNA含量明显高于其他两组,癌旁胃炎组织中含量明显高于非胃癌惠者慢性胃炎组织中的含量(P＜0.05);除hMLH1 mRNA含量在有、无淋巴结转移的胃癌组织中有显著差异(P＜0.05)外,hMLH1 mRNA在胃癌组织中含量受肿瘤直径、浸润深度影响不大(P＞0.05).结论:胃癌组织和癌旁慢性胃炎组织与慢性胃炎组织相比存在hMLH1 mRNA转录差异,这种基因的转录差异可能与胃癌的发生有关,而与胃癌的发展关系不显著.     

尿路上皮癌胚抗原1（UCA1）在人膀胱癌组织及膀胱癌细胞株中特异表达

UCA1（urothelial carcinoma antigen 1）为自主研发的1个尿路上皮癌基因.应用 实时荧光定量PCR检测UCA1 mRNA在2种膀胱癌细胞系、11种非膀胱癌细胞系、18对膀胱 癌组织和配对癌旁正常膀胱组织中的表达,对表达差异进行统计学分析.结果显示, UCA1在2种膀胱癌细胞系中显著高表达,而在其他11种非膀胱癌细胞系中表达水平很低 或者不表达,二者表达差异达14~24 812倍,差异有统计学意义（P<0.001）;在18例膀 胱癌组织中,UCA1的平均表达水平是癌旁正常膀胱组织的12.4倍,表达差异有统计学意 义（P<0.001）. 实时荧光定量PCR使UCA1在膀胱癌细胞系及组织中的特异性高表达得以 量化.实验结果明确了UCA1作为潜在的肿瘤标记物在膀胱癌临床诊断中的意义,为定量 检测尿液UCA1表达并确定诊断膀胱癌的参考值打下基础.     

FGFR4 mRNA及蛋白在乳腺癌组织中的表达及临床意义

目的:研究乳腺癌组织与乳腺癌癌旁组织中FGFR4 mRNA及蛋白的表达及其临床意义。方法:分别以实时荧光定量RT-PCR、Western blot的方法检测52例乳腺癌组织和52例癌旁正常组织中FGFR4 mRNA和蛋白的表达,分析FGFR4 mRNA和蛋白的表达与临床病理特征的相关性。结果:在乳腺癌组织中,FGFR4 mRNA及蛋白的表达均高于在乳腺癌癌旁正常组织(P0.05),并且FGFR4的表达与患者淋巴结转移和Her-2相关,而与患者年龄、肿瘤大小、分化程度、ER和PR无明显相关性(P0.05)。结论:FGFR4 mRNA及蛋白在乳腺癌组织中表达升高,与淋巴结转移和Her-2有关,有望成为预测乳腺癌的转移和预后的参考指标之一。     

用pLNCX2携带人MCPH1基因shRNA重组逆转录病毒载体的构建及鉴定

目的建立逆转录病毒介导的MCPH1基因RNA干扰表达体系并观察其在宫颈癌Caski细胞中对MCPH1表达的影响。方法将人MCPH1基因RNA干扰双链DNA片段重组到逆转录病毒质粒pLNCX2中,构建携带人MCPHI基因RNA干扰的逆转录病毒载体pLNCX2-shRNA—MCPH1,经PT67细胞包装后,产生的重组逆转录病毒感染宫颈癌细胞株Caski细胞,并用G418筛选产生稳定的细胞克隆,用RT—PCR和Western印迹检测细胞中MCPH1mRNA和蛋白表达的变化。结果重组逆转录病毒质粒经测序鉴定正确,逆转录病毒感染Caski细胞后用G418筛选出稳定的细胞克隆,RT—PCR和Western印迹检测人MCPH1mRNA和蛋白表达水平明显低于阴性对照组和未干扰组。结论携带人MCPHI基因RNA干扰双链DNA片段的逆转录病毒感染Caski细胞后能明显抑制MCPHImRNA和蛋白表达,为进一步研究MCPH1在宫颈癌中的作用奠定了基础。     

草鱼MYH mRNA表达量分析中采用的内参基因稳定性比较

本研究分别以β-actin、18S rRNA和GAPDH为内参基因,采用实时荧光定量PCR对草鱼早期发育时期肌球蛋白重链(myosin heavy light,MYH)基因的mRNA表达量进行分析,并比较不同内参基因对MYH基因mRNA表达水平检测结果的准确性.研究结果表明,以β-actin和GAPDH作为内参,MYH基因mRNA表达水平完全一致,其表达量从原肠到仔鱼阶段逐次递增,仔鱼与原肠期阶段相比表达量差异显著;当采用18S rRNA作为内参时,MYH基因mRNA在发育阶段的表达量呈不稳定状态.因此,β-actin和GAPDH均可作为内参基因,用于草鱼早期发育中MYH基因mRNA的相对定量研究:而18S rRNA作为内参时,可能会对检测结果造成偏差.本研究不仅准确的揭示了草鱼MYH基因mRNA的表达特征,并且为荧光定量PCR技术在鱼类基因表达研究方面提供了有价值的参考.     

应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测BMSCs诱导大鼠肝星状细胞中DR5mRNA表达

目的应用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测骨髓间充质干细胞（BMSCs）对大鼠肝星状细胞（HSCs）的死亡受体5（DR5）mRNA表达的影响,探讨BMSCs诱导HSCs凋亡及其机制。方法采用贴壁筛选法培养、纯化SD大鼠BMSCs,传至第4代使用;大鼠原代HSCs细胞及肝纤维原细胞系冻融后传代使用。应用6孔塑料培养板,建立上下双层细胞共培养体系,常规培养。实验分为3组：（1）实验组：BMSCs与HSCs共培养;（2）空白对照组：HSCs单独培养;（3）阴性对照组：大鼠肝纤维原细胞与HSCs共培养。以上培养体系动态观察24、48、72h,应用流式细胞仪检测HSCs细胞凋亡率,采用SYBRGreenI荧光实时定量RT-PCR法检测,以β-actin基因作为内参,计算各组DR5mRNA的相对表达量。结果在共培养组中,BMSCs促进了HSCs凋亡,与其他两组比较差异有显著统计学意义（P〈O．01）,空白对照组与阴性对照组比较无统计学意义（P〉0．05）。实验组BMSCs能明显上调HSCs中DR5mRNA的表达,与空白对照组和阴性对照组比较差异有显著统计学意义（P〈O．01）;空白对照组与阴性对照组DR5mRNA的表达比较无统计学意义（P〉O．05）。结论利用SYBR荧光实时定量RT-PCR法检测BMSCs诱导大鼠肝星状细胞中DR5mRNA表达,为进一步研究BMSCs通过死亡受体途径调控HSCs凋亡以及为BMSCs用于治疗肝纤维化的机制研究提供了理论基础。     

食管癌LAPTM4B mRNA表达及其启动子区甲基化

研究溶酶体相关4次跨膜蛋白B（lysosome associated protein transmembrane 4 beta,LAPTM4B）基因在食管癌中的表达,及其启动子区甲基化状态,为进一步揭示LAPTM4B在不同肿瘤中表达高低机理提供参考.采用半定量RT-PCR法,确定42对食管癌中LAPTM4B mRNA表达.采用5对肝癌中LAPTM4B mRNA表达做内对照（利用灰度值比较）,分析该基因在食管癌中的表达强度.选取其中3对食管癌组织样品（癌组织和癌旁正常组织）,提取基因组DNA,采用亚硫酸氢钠修饰法,联合基因测序法分析LAPTM4B启动子区是否有甲基化修饰位点存在.结果发现,在42对食管癌组织中,癌组织和癌旁正常组织LAPTM4B mRNA表达存在差异：癌组织中LAPTM4B mRNA表达阳性为37/42（88.1%）,癌旁正常组织中LAPTM4B mRNA表达阳性为26/42（61.9%）.经基因测序法分析3对食管癌组织经通用引物PCR扩增的片段,发现1例癌旁正常组织样品中有3个CpG位点.以上结果表明,LAPTM4B基因与肝癌比较在食管癌中低表达,其启动子区1例癌旁正常组织在靠近转录起始点上游-418、-416和-398位置,存在3个CpG位点,而其他2例癌旁正常组织和3例癌组织中,没有发现CpG位点.这提示,LAPTM4B基因启动子区甲基化是其表达调节的重要方式.     

抑癌候选基因NDRG2在甲状腺癌组织中的表达及其意义

目的:研究抑癌候选基因NDRG2在人类甲状腺癌组织及其癌旁组织中的表达情况.方法:收集30例甲状腺癌组织及其癌旁组织,提取总RNA,应用半定量RT-PCR方法检测NDRG2 mRNA的表达水平.分别提取30例组织的总蛋白,应用蛋白印迹技术检测其NDRG2的蛋白表达水平.结果:RT-PCR结果显示,30例甲状腺癌组织中,有25例NDRG2的mRNA水平明显降低,蛋白印迹结果显示,30例甲状腺癌组织中发现25例NDRG2的蛋白水平明显下降,与RT-PCR检测结果一致.结论:NDRG2在甲状腺癌组织中呈低表达,提示其可能对甲状腺癌的发生或发展有重要作用影响.     

原癌基因pokemon mRNA及其蛋白在非小细胞肺癌中的表达和意义

目的探讨原癌基因PokemonmRNA及其编码蛋白在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC发生的关系。方法应用RT-PCR和原位杂交技术检测pokemon mRNA在NSCLC组织和癌旁正常组织中的相对表达量及细胞定位;利用免疫组织化学染色分析NSCLC组织和癌旁正常组织标本中Pokemon蛋白的表达。结果半定量RT-PCR显示,pokemon mRNA在NSCLC组织中高表达(0.916±0.424),在对应的癌旁正常组织中低表达(0.408±0.307),两组之间具有显著的统计学差异(P<0.05);原位杂交结果显示,pokemon转录本在NSCLC细胞胞质中呈阳性表达,而癌旁正常组织不表达或低表达;免疫组织化学染色分析结果显示,NSCLC组织和对应的癌旁正常组织中Pokemon蛋白阳性表达率分别为87.5%(35/40)和15%(6/40),两组之间具有显著的统计学差异(X2=42.076,P<0.005)。Pokemon蛋白主要定位在癌细胞胞质内,少量定位在胞核中,呈颗粒状分布。结论原癌基因poke-mon mRNA及其编码蛋白在N...     

实时荧光定量PCR 检测人肿瘤细胞NKG2D 配体基因表达

目的:建立人肿瘤细胞NKG2D配体基因(MICA、MICB、ULBP1、ULBP2、ULBP3)表达的实时荧光定量PCR(real-timefluorescence quantitative PCR)检测方法。方法:根据NCBI基因库中NKG2D配体基因序列,设计合成引物。用Trizol法从培养的肿瘤细胞(BEC-7402、HeLa、MDA-MB-435、XWLC-05)中提取总RNA,逆转录成cDNA,建立实时荧光定量PCR检测NKG2D配体基因表达的方法,并检测NKG2D配体在肿瘤细胞株中的表达。结果:经过琼脂糖凝胶电泳、熔解曲线和标准曲线分析,用所设计的引物和SYBR Green I能够特异扩增和定量检测NKG2D配体基因的表达。该方法成功检测4种肿瘤细胞NKG2D配体基因的表达。结论:建立了人NKG2D配体基因表达的实时荧光定量PCR检测方法,为进一步研究人NKG2D配体在肿瘤免疫中的作用提供了有效手段。     

实时荧光定量PCR检测人肿瘤细胞NKG2D配体基因表达

目的：建立人肿瘤细胞NKG2D配体基因（MICA、MICB、ULBP1、ULBP2、ULBP3）表达的实时荧光定量PCR（real-time fluorescence quantitativePCR）检测方法。方法：根据NCBI基因库中NKG2D配体基因序列,设计合成引物。用Trizo1法从培养的肿瘤细胞（BEC-7402、HeLa、MDA-MB-435、XWLC-05）中提取总RNA,逆转录成eDNA,建立实时荧光定量PCR检测NKG2D配体基因表达的方法,并检测NKG2D配体在肿瘤细胞株中的表达。结果：经过琼脂糖凝胶电泳、熔解曲线和标准曲线分析,用所设计的引物和SYBR GreenI能够特异扩增和定量检测NKG2D配体基因的表达。该方法成功检测4种肿瘤细胞NKG2D配体基因的表达。结论：建立了人NKG2D配体基因表达的实时荧光定量PCR检测方法,为进一步研究人NKG2D配体在肿瘤免疫中的作用提供了有效手段。     

Quantitative PCR for glucose transporter and tristetraprolin family gene expression in cultured mouse adipocytes and macrophages

Quantitative real-time PCR (qPCR) such as TaqMan and SYBR Green qPCR are widely used for gene expression analysis. The drawbacks of SYBR Green assay are that the dye binds to any double-stranded DNA which can generate false-positive signals and that the length of the amplicon affects the intensity of the amplification. Previous results demonstrate that TaqMan assay is more sensitive but generates lower calculated expression levels than SYBR Green assay in quantifying seven mRNAs in tung tree tissues. The objective of this study is to expand the analysis using animal cells. We compared both qPCR assays for quantifying 24 mRNAs including those coding for glucose transporter (Glut) and mRNA-binding protein tristetraprolin (TTP) in mouse 3T3-L1 adipocytes and RAW264.7 macrophages. The results showed that SYBR Green and TaqMan qPCR were reliable for quantitative gene expression in animal cells. This result was supported by validation analysis of Glut and TTP family gene expression. However, SYBR Green qPCR overestimated the expression levels in most of the genes tested. Finally, both qPCR instruments (Bio-Rad’s CFX96 real-time system and Applied Biosystems’ Prism 7700 real-time PCR instrument) generated similar gene expression profiles in the mouse cells. These results support the conclusion that both qPCR assays (TaqMan and SYBR Green qPCR) and both qPCR instruments (Bio-Rad’s CFX96 real-time system and Applied Biosystems’ Prism 7700 real-time PCR instrument) are reliable for quantitative gene expression analyses in animal cells but SYBR Green qPCR generally overestimates gene expression levels than TaqMan qPCR.     

Quantitative monitoring of the mRNA expression pattern of the TGF-beta-isoforms (beta 1, beta 2, beta 3) during transdifferentiation of hepatic stellate cells using a newly developed real-time SYBR Green PCR

Current methods to determine the mRNA of the TGF-beta-isoforms, beta 1, beta 2, and beta 3, are not sensitive enough to detect small alterations in the expression levels. Therefore, we established a SYBR Green I-based real-time quantitative PCR procedure with fragment-specific standards. The advantage of gene-specific quantification is the possibility to be abstain from the need to compare results with a house-keeping gene having a different sequence and PCR efficiency. Reproducibility of the results and analytical variances of the real-time PCR assays were tested. In transdifferentiating rat hepatic stellate cells (HSC) the TGF-beta 1-mRNA was found to be the predominant isoform expressed followed by TGF-beta 3 and low amounts of TGF-beta 2-mRNA. An alteration of the TGF-beta 1,-beta 2, and -beta 3 ratio during HSC transdifferentiation could not be detected. Furthermore, the GAPDH mRNA expression varied during HSC activation, and thus is not recommended as a standard in real-time PCR quantifications.     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型（EV71）RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA。方法运用EV71VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%。结论 SYBRGreenⅠ荧光染料实时定量PCR法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定。     

Quantitative detection for low levels of Helicobacter pylori infection in experimentally infected mice by real-time PCR

Accurate diagnosis of Helicobacter pylori infection is important in both clinical practice and clinical research. Molecular methods are highly specific and sensitive, and various PCR-based tests have been developed to detect H. pylori in gastric biopsy specimens. We optimized a sensitive and specific quantitative SYBR Green I real-time PCR assay for detection of H. pylori based on amplification of the fragment of a 26-kDa Helicobacter species-specific antigen gene that allows for detection of 5 bacterial cells per PCR sample. Under the assay conditions, SYBR Green I real-time PCR is highly reproducible with a precise log-linear relation in the range of six orders of magnitude of bacterial DNA concentrations. For accurate comparison of H. pylori infection in different tissue samples, the amount of total host DNA in each sample is normalized by TaqMan real-time PCR of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) pseudogenes. The developed method was validated in prophilactically immunized and experimentally infected mice and revealed a level of H. pylori gastric colonisation that was below the limit of detection for a rapid urease test. This new method established for a quantitative analysis of H. pylori in the host's stomach may be useful in experimental studies evaluating new anti-H. pylori drugs and vaccines.