中科院上海植物逆境生物学研究中心招聘蛋白质组学研究人员

正中科院上海植物逆境生物学研究中心蛋白质组学平台应用现代色谱-质谱技术对植物蛋白质翻译后修饰及其相互作用进行分析鉴定,以揭示蛋白质在生命过程中结构和功能的相互关系。在中科院的大力支持下,蛋白质组学实验室装备了高分辨的组合轨道阱质谱仪(Orbitrap Fusion)、四极杆轨道阱质谱仪(Q Exactive),三重四极杆飞行时间质谱仪(TripleTOF 5600)、基质辅助解吸电离串联飞行时间质谱仪(MALDI TOF/TOF)、四极杆气质联用仪(GCMS)和电感耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)等先进仪器设备。平台隶属于中组部"千人计划"顶尖人才与创新团队,现承担支持多项国家重大科研项目,包括优秀青年     

AB SCIEX发布Triple TOF 5600

AB SCIEX TripleTOFTM5600系统的问世,它是一项开创性的质谱分析技术,是史上最快速且最灵敏的高分辨定性、定量分析质谱仪。此系统代表着质谱领域一个重要的革命,即它是世界上第一台将三重四级杆定量分析能力以及高分辨定性能力整合在一个平台上的精准质谱系统。     

高分辨质谱技术视野下的细胞代谢组学研究策略

高分辨质谱技术的卓然发展,分析化学、化学计量学与生物学的深度融合,使得秉承系统性思维、依托大数据信息表征能力的诸多组学技术在当今大行其道,让生命科学研究具备了愈加宏大开阔的视野。以Q Exactive为代表的高分辨率/准确质谱同时定性与定量能力的坚实提升为细胞代谢组学研究提供了系统完备的解决策略,从科学发现到假说验证,从非靶向全组分代谢信息表征到基于高分辨定量的靶标代谢分析,高分辨质谱技术视野下的代谢组学思维将深切地改变着细胞研究的科研形态,为生命科学打开一扇崭新的开启宝藏之门。     

多组学技术及其在生命科学研究中应用概述

随着新一代测序技术、高分辨质谱技术、多组学整合分析方法及数据库的发展,组学技术正从传统的单一组学向多组学技术发展。以多组学驱动的系统生物学研究将带来生命科学研究的新范式。本文简要概述了基因组学、表观基因组学、转录组学,蛋白质组学及代谢组学的进展,重点介绍多组学技术平台的组成和功能,多组学技术的应用现状及在合成生物学及生物医学等领域的应用前景。     

超高效液相色谱与串联四级杆飞行时间质谱仪联用技术结合质谱裂解规律快速分析Alternaria panax中二酮哌嗪类化学成分

【目的】利用超高效液相色谱与串联四级杆飞行时间质谱仪联用技术(ultra-high-performance liquid chromatography-quadrupole time-of-flight tandem mass spectrometry,UPLC-Q-TOF-MS/MS)结合质谱裂解规律分析,靶向分离Alternaria panax发酵液粗提物中次生代谢产物。【方法】用马铃薯葡萄糖(potato dextrose broth,PDB)培养基液体发酵A.panax 14 d,将滤液用乙酸乙酯萃取后减压浓缩得粗提物;基于UPLC-Q-TOF-MS/MS方法(高分辨质谱、分子式与碎片峰等)分析粗提物化学成分及质谱裂解规律;采用半制备高效液相色谱(high-performance liquid chromatography,HPLC)方法进一步分离纯化;结合核磁共振波谱(nuclear magnetic resonance,NMR)和质谱(mass spectrometry,MS)等谱学技术以及与文献数据对照确定化合物结构。【结果】利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析出...     

液质联用在多肽及蛋白质定性方面的研究进展

随着液质联用技术的不断发展,液相色谱—质谱联用系统广泛应用于药物分析、食品分析、环境分析等多方面,该技术将液相色谱的高分离能力与质谱强大的结构鉴定功能相结合,具备了高分离度、高灵敏度、高选择性以及提供丰富结构信息等一系列优点。这些优点决定了液相色谱—质谱联用系统将在越来越多地相关领域得到应用,尤其是近年来在生物大分子方面开展了大量研究,结合这些研究对液质联用技术在多肽及蛋白质定性方面进行了系统归纳。     

基于GC-MS的植物代谢组学研究

代谢组学是系统生物学的重要组成部分。在众多代谢组学分析技术中,气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术较为成熟,分辨率高、灵敏度高、重现性好,拥有大量标准质谱图数据库且成本相对低廉,很早就应用到植物代谢组学研究领域,迄今仍然是主要分析平台之一。现从GC-MS技术的核心原理、衍生化方法以及数据采集、分析和数据库等方面介绍了GC-MS植物代谢组学分析技术。同时,综述了该技术在基因功能研究、植物代谢遗传机理、植物抗逆、生物技术和生物育种中的应用。     

SELDI-TOF-MS技术在实验诊断中的应用

表面增强激光解析电离飞行时间质谱(surface-enhanced laserdesorption/inionation-time of flight-mass spectra,SELDI-TOF-MS)为蛋白质组学研究提供了最为有效的技术平台。它将芯片技术和飞行时间质谱技术相结合,整合样品分离、纯化及检测分析为一体,实现了快速、高效、高通量检测,是在分子水平上诊断疾病的非常重要的工具。     

蓝莓提取物中花青素和黄酮类活性成分的UPLC-TOF MS联用分析

使用超高效液相色谱/飞行时间质谱,分别在TOF/MS全扫描和Q-TOF/MS碎片扫描两种模式下分析不同厂家生产的蓝莓提取物中的的花青素和黄酮类活性成分。首先依据高分辨精确质量在"待筛查化合物数据表"中查出可能的化合物,再结合二级质谱的子离子碎裂特征对化合物进行定性分析,结合参考文献,从蓝莓提取物中共鉴定出19个花青素类化合物、8个黄酮类化合物。同时,本文还对蓝莓提取物中的花青素苷和黄酮苷的质谱裂解规律进行了探讨。这一分析方法方便快捷、灵敏度高、准确性好,可将其推广至其它天然活性成分的无对照品筛查研究之中。     

现代代谢组学平台建设及相关技术应用

代谢组作为生命科学研究的5个层面(基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和表型组)之一越来越受到科研工作者的关注。色谱–质谱联用技术由于其高分离能力、高灵敏度等优点在代谢组学(定性和定量)领域发挥重要的作用,基于色谱–质谱联用技术的代谢组学已成功应用于代谢表型差异研究、基因功能鉴定和转基因生物安全性评价等多个研究方向。本文以中国科学院遗传与发育生物学研究所代谢组学平台为例,详细介绍了现代代谢组学平台色谱–质谱联用仪器的硬件组成,以及不同技术平台在现在系统生物学研究中的具体应用。     

蛋白质水解酶和样品预处理优化技术在蛋白质组学研究中的应用

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱信息,前期的样品处理和质谱数据采集同样重要。本文对蛋白组学中常用的Trypsin、Lys-C、Glu-C等位点特异性蛋白酶的酶切特点进行了总结,并综述了目前常用的几种酶切组合策略和样本预处理技术在提高蛋白质组学研究效率中的作用。     

基于巫藿苷为主要代谢产物的生源途径推导及淫羊藿新化合物鉴定分析研究

结合淫羊藿黄酮醇成分次生代谢规律及高分辨质谱,构建以巫藿苷为特征产物的生源合成途径,推导验证淫羊藿新化合物的化学结构。高分辨质谱采集15个品种的54批次淫羊藿样品数据,利用PeakView软件的Formula Finder、Mass Calculators、XIC manager等功能、在线数据库(SciFinder、Reaxys、ChemSpider等)及二级质谱碎裂规律,解析验证所推导代谢产物的化学结构。本实验在不同品种批次淫羊藿样品中分析鉴定出了12个新化合物。该研究方法可以简化繁琐的植化分离步骤,为具有药效活性次生代谢产物分析鉴定提供了一种新的思路。     

链霉菌产胞外黑色素结构的初步研究

从一株链霉菌的发酵液中提取黑色素,并进行纯化后,通过红外吸收IR光谱和ESI-MS质谱对其结构进行分析.初步确定其主要由11个成分组成,并根据高分辨质谱数据,结合文献得到它们的分子式,推测出其可能的结构式.同时分析了分离纯化方法对黑色素结构的可能影响.     

UPLC/Q-TOF-MS联用技术在药物分析中的应用进展

超高效液相色谱与四级杆飞行时间质谱(UPLC/Q-TOF-MS)联用,将超高效液相色谱的高效分离能力和高灵敏度的特性与四级杆飞行时间质谱的高分辨特性有机结合起来,在药物分析领域得到越来越广泛的应用。本文对近年来UPLC/Q-TOF-MS在天然药物成分分析、药效成分代谢动力学研究、中药指纹图谱建立、目标成分快速发现和表征等领域中的应用进行了概述,并指出其在药物分析领域中的优势和未来的发展方向。     

阿胶多肽的高分辨质谱鉴定及活性研究

建立了液相色谱-高分辨质谱分析阿胶中功能肽的方法,并进行了体外活性验证研究。阿胶经炖化、胰蛋白酶酶解,C_(18) SPE柱净化,以UPLC-Q-Exactive四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱联用仪检测,MaxQuant软件分析质谱结果,所得肽段在UniProt上进行BLAST序列对比鉴定。结果表明,3次重复分析得到的63条共有肽中,具有明确蛋白及种属来源的肽19条。根据多肽活性构效关系,选择9条可能具有活性的阿胶多肽进行抗氧化活性、抗凝血活性测定,结果显示9条多肽均具有不同程度的抗氧化活性,其中5条具有抗凝血活性。本文所建立的方法快速有效,为揭示阿胶多肽结构与活性的关系提供技术支持。     

基于UPLC-Q-Exactive技术结合OTCML数据库快速分析沙棘的功效成分

为探讨沙棘果茎叶功效成分的整体差异。实验应用超高效液相色谱-四极杆静电场轨道阱高分辨质谱联用技术(UPLC-Q-Exactive)结合中药成分高分辨质谱数据库(OTCML),对沙棘果茎叶的化学成分进行了快速鉴定与比较分析。色谱柱为HypersilGOLDaQ色谱柱(2.1mm×100mm,1.9μm),流动相为0.1%甲酸乙腈(A)-0.1%甲酸水(B)梯度洗脱,流速为0.3mL/min,高分辨质谱采用电喷雾离子源(ESI)正、负离子同时扫描模式。基于OTCML中所包含的1200余种中药化合物对照品的保留时间,分子离子、二级碎片离子谱图信息和文献数据进行结构鉴定。结果共鉴定出沙棘中102个功效成分,包括苷类18个,黄酮类21个,萜类18个,苯丙素类13个,生物碱类6个,挥发成分14个,多酚12个;其中有17个化合物是在沙棘中首次发现,对沙棘果茎叶比较表明这些功效成分在不同部位分布有明显差异。该方法为今后充分开发利用沙棘资源提供了基础数据,也为沙棘相关产品的质量控制和药效物质基础研究奠定了基础。     

蛋白质组学研究中的分离分析技术及其研究进展

在后基因组时代,蛋白质组学成为新的研究热点。蛋白质组学的研究目标是为复杂蛋白质样品建立一个高通量、大规模、自动化的分离分析技术平台,从而实现准确、快速地筛选功能蛋白质。蛋白质的分离分析在蛋白组学研究中起着非常重要的作用。本文主要综述在蛋白质组学研究中二维凝胶电泳、毛细管电泳及其与质谱联用、多维液相分离技术及其与质谱联用和蛋白质芯片等高效分离分析技术的应用研究进展。     

质谱技术表征糖药物结构的前沿进展

目前,小分子药物研究已经进入平台期,而大分子生物药物迅速发展起来。糖药物作为生物药中尤为重要的一类,被广泛应用于肿瘤、心脑血管疾病等的预防和治疗。然而无论骨架糖链还是修饰性糖链,都具有结构复杂且微不均一性的特点,这对现代分析技术提出了较高的要求。随着软电离技术、多级质谱技术的发展以及分辨率和灵敏度的提高,质谱技术已被广泛应用于糖类药物的分析和表征。对糖药物、质谱技术进行了简要的介绍,并以多糖药物和糖缀合物类药物为例阐述了质谱在糖药物结构表征方面的技术进展,此外还就质谱在糖药物新药及仿制药物研发和注册方面的应用进行了讨论。     

招聘启事

正中科院上海植物逆境生物学研究中心蛋白质和代谢组学平台招聘ICP-MS工作人员中国科学院上海植物逆境生物学研究中心蛋白质和代谢组学平台利用超高效液相色谱和高分辨的质谱仪器,对植物中的痕量无机元素组分、有机代谢产物和蛋白质进行全面系统的分离、定性和定量分析研究。该平台配备了电感耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)、飞行时间质谱仪(Triple TOF 5600,TOF/TOF 5800)、气质联用仪(GCMS)、轨道阱质谱仪(Orbitrap Fusin,Q Exactive)和超高效液相色谱等植物蛋白质和代     

对氨基苯甲酸乙酯衍生法测定IgM中的糖链结构

糖蛋白中痕量的完整寡糖链结构可用现代质谱方法测定。对寡糖的对氨基苯甲酸乙酯衍生物的液态二次离子质谱进行了研究,测定了基质效应,比较了正、负离子谱,使得麦芽七糖衍生物的最小检测量达到4p mol。应用氘标记类似物及高分辨质谱数据解释了IgM中N-连接的寡糖链分子结构。