大紫蛱蝶线粒体基因组全序列分析

通过PCR步移法对大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana线粒体基因组全序列进行了测定和分析。分析结果表明:大紫蛱蝶线粒体基因组全长15233bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及长度为381bp的非编码区。A、T、C、G碱基含量分别为39.7%、40.2%、12.2%、7.9%。9个蛋白编码基因和14个tRNA基因在J链编码,其余4个蛋白编码基因和8个tRNA基因在N链编码,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同。13个蛋白编码基因中除COⅠ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子多数为典型的TAA、TAG,只有COⅡ和ND4以单独的T作为终止密码子。在所测得的22个tRNA基因中,除tRNA Ser(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。与其它多数鳞翅目昆虫一样,大紫蛱蝶的非编码区序列中散在着一些长短不一的串联重复单元,在与其近缘物种非编码区的比较当中并未发现共同的保守序列区。     

ANALYSIS OF COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF SASAKIA CHARONDA COREANA (LEPIDOPTERA, NYMPHALIDA)

通过PCR步移法对大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana线粒体基因组全序列进行了测定和分析.分析结果表明:大紫蛱蝶线粒体基因组全长15 233 bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及长度为381bp的非编码区.A、T、C、G碱基含量分别为39.7％、40.2％、12.2％、7.9％.9个蛋白编码基因和14个tRNA基因在J链编码,其余4个蛋白编码基因和8个tRNA基因在N链编码,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同.13个蛋白编码基因中除COⅠ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子多数为典型的TAA、TAG,只有COⅡ和ND4以单独的T作为终止密码子.在所测得的22个tRNA基因中,除tRNASer (AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构.与其它多数鳞翅目昆虫一样,大紫蛱蝶的非编码区序列中散在着一些长短不一的串联重复单元,在与其近缘物种非编码区的比较当中并未发现共同的保守序列区.     

一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析

石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G、35.72%T;由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和25个长度为2-118 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和5个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为GTG以外,均为典型的起始密码子ATN。ND2和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer和TrnaAsn缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有两个类似于的tRNAGln和tRNAPhy的二级结构。     

猫蛱蝶线粒体基因组全序列分析

采用PCR步移法对猫蛱蝶Timelaea maculata线粒体基因组全序列进行了测定和分析.分析结果表明:猫蛱蝶线粒体基因组全长15 178 bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为382 bp的A+T富含区,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同.猫蛱蝶线粒体基因组中存在很高的A+T含量(81.1％).13个蛋白编码基因中除CO Ⅰ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子.COⅡ和ND4基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均以典型的TAA、TAG为终止密码子.在所测得的22个tRNA基因中,除tRNAser(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构.与其它多数鳞翅目昆虫一样,猫蛱蝶的A+T富含区中有一段由“ATAGAA”引导的保守的多聚T结构,长度为19 bp,并散在着一些长短不一的串联重复单元.     

鳙的线粒体基因组核苷酸全序列分析

对采集自我国长江的鳙的线粒体DNA全序列进行了测定.结果表明,鳙的线粒体DNA全长为166221 bp,其碱基因组成为A=31.6%;C=27.1%;G=16.0%;T=25.3%,A+T含量为56.9%.鳙线粒体基因组的排列、结构和组成与其它鲤科鱼类相似,包括37个基因,即13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因和一个非编码控制区(D-loop).在13个蛋白编码基因中,除ND6由轻链编码外,其余12个基因均由重链编码.COI基因的起始密码子为GTG,而其它12个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG.     

麦穗鱼线粒体基因组序列测定及分析

利用麦穗鱼Pseudorasbora parva和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出2对长批引物和30对短批引物,采用基于长PCR的2次PCR扩增法测定并注释麦穗鱼线粒体基因组全序列。结果表明,麦穗鱼线粒体基因组长16600bp,A+T含量为58.9%,37个基因位置及组成与其它硬骨鱼一致,均由13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成。其中L链仅含8个tRNA(Pro、T yr、Ser、Ala、Asn、Cys、Glu、Gln)及ND6基因,其余基因皆由H链编码。基因排列紧密,间隔序列共计13处64bp,长度从1～32bp不等;基因重叠区7处23bp,重叠碱基数在1～7bp之间。13个蛋白编码基因中,除COI起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;有8个基因(ND1、ND2、COI、ATP6、ATP8、ND4L、ND5、ND6)3’端有完全的TAA或TAG终止密码子,其它5个基因终止密码子为不完整的TA(ND3和ND4)或T(COⅡ,COⅢ,Cyt b)。除tRNASer(AGY)外,其余21个tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构。预测的lrRNA二级结构共有6个结构域,53个茎环结构,srRNA二级结构包含43个茎环结构。控制区(D-loop)存在3个结构区:终止序列区(TAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS与DNA复制终止相关,出现茎环结构。     

斐豹蛱蝶线粒体基因组全序列的测定和分析(英文)

该研究对斐豹蛱蝶(Argyreus hyperbius)(鳞翅目:蛱蝶科)线粒体基因组全序列进行了测定和初步分析。结果表明:斐豹蛱蝶线粒体基因全序列全长为15156bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA基因以及1个非编码的A+T富集区,基因排列顺序与其它鳞翅目种类一致;线粒体全序列核苷酸组成和密码子使用显示出明显的A+T偏好(80.8%)和轻微的AT偏移(AT skew,?0.019)。基因组中共存在11个2～52bp不等的基因间隔区,总长96bp;以及14个1～8bp不等的基因重叠区,总长34bp。除COI以CGA作为起始密码子外,13个蛋白质编码基因中的其余12个基因是以ATN作为起始密码子。除COI和COII基因是以单独的一个T为终止密码子,其余11个蛋白质编码基因都是以TAA结尾的。除了缺少DHU臂的tRNASer(AGN),其余的tRNA基因都显示典型的三叶草结构。tRNA(AGN)和ND1之间的基因间隔区包含一个ATACTAA结构域,这个结构域在鳞翅目中是保守的。A+T富集区没有较大的多拷贝重复序列,但是包含一些微小重复结构:ATAGA结构域下游的20bp poly-T结构,ATTTA结构域后的(AT)9重复,以及位于tRNAMet上游的5bp poly-A结构等。这项研究所揭示的斐豹蛱蝶的线粒体基因组特征,不仅为认识蛱蝶科的遗传多样性贡献数据,而且对于该物种的保护生物学、群体遗传学、谱系地理及演化研究等具有重要意义。     

SEQUENCE AND ANALYSIS OF COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF PSEUDORASBORA PARVA

利用麦穗鱼Pseudorasbora parva和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出2对长批引物和30对短批引物,采用基于长PCR的2次PCR扩增法测定并注释麦穗鱼线粒体基因组全序列.结果表明,麦穗鱼线粒体基因组长16600 bp,A+T含量为58.9％,37个基因位置及组成与其它硬骨鱼一致,均由13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成.其中L链仅含8个tRNA(Pro、Tyr、Ser、Ala、Asn、Cys、Glu、Gln)及ND6基因,其余基因皆由H链编码.基因排列紧密,间隔序列共计13处64 bp,长度从1～32 bp不等;基因重叠区7处23 bp,重叠碱基数在1～7bp之间.13个蛋白编码基因中,除COI起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;有8个基因(ND1、ND2、COI、ATP6、ATP8、ND4L、ND5、ND6)3端有完全的TAA或TAG终止密码子,其它5个基因终止密码子为不完整的TA (ND3和ND4)或T(COⅡ,COⅢ,Cyt b).除tRNAser(AGY)外,其余21个tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构.预测的lrRNA二级结构共有6个结构域,53个茎环结构,srRNA二级结构包含43个茎环结构.控制区(D-loop)存在3个结构区:终止序列区(TAS)、中央保守区( CSB-F、CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS与DNA复制终止相关,出现茎环结构.     

圆臀大黾蝽(昆虫纲,半翅目,黾蝽科)线粒体全基因组注释(英文)

昆虫纲半翅目异翅亚目黾蝽科圆臀大黾蝽 Aquarius paludum ( Fabricius,1794) 已成为生物学研究的理想生物材料之一,为更全面了解其分子生物学特征,本研究测定了圆臀大黾蝽 Aquarius paludum线粒体基因组全序列。该基因组全长15 380 bp,为双链环状 D N A 分子,包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个 rRNA 基因及一个控制区。其基因排序与已报道的其它大部分异翅亚目类群排列方式相同。该基因组基因排列紧密,共观察到 64 bp 基因间隔 ( 除控制区 781 bp 外) 与 33 bp 基因重叠。全基因组 AT 含量为75. 7 % ,而控制区 AT 含量仅为 66. 2 % ,密码子使用也显示出 AT 使用偏好。13 个蛋白编码基因中,除 COⅠ、ND5 使用 TTG 作为起始密码子外,其余使用 ATV。此外,7 个蛋白编码基因使用常规三联终止密码子 TAA,TAG 作为终止密码子,其余以 T 作为终止密码子,下游为同链编码的tRN A 基因。在 tRN A-Ser ( G C T ) 二级结构中,D HU 臂缺失,未形成典型的三叶草结构。     

扬眉线蛱蝶线粒体基因组全序列测定和分析

【目的】了解扬眉线蛱蝶Limenitis helmanni线粒体基因组结构及其分子系统发育。【方法】采用PCR步移法对扬眉线蛱蝶线粒体基因组全序列进行测定和分析。基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个rRNA基因的核苷酸序列构建了66种鳞翅目昆虫的系统发育树。【结果】扬眉线蛱蝶线粒体基因组全长15 178 bp(Gen Bank登录号:KY290566),包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为346 bp的A+T富含区,基因排列顺序与其他已知近缘种昆虫相同。扬眉线蛱蝶线粒体基因组中存在很高的A+T含量(81.1%)。13个蛋白质编码基因中,COI以CGA作为起始密码子,ND5以GTT作为起始密码子,其余均以昆虫典型的ATN为起始密码子。COII和ND4基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均以典型的TAA为终止密码子。在所测得的22个tRNA基因中,除tRNASer(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。与其他多数鳞翅目昆虫一样,扬眉线蛱蝶的A+T富含区中有一段由ATAGA引导的保守的多聚T结构,长度为20 bp,并散布着一些长短不一的串联重复单元。系统发育树结果显示,蛱蝶科亚科级别的系统发育关系为:(绢蛱蝶亚科+眼蝶亚科)+((蛱蝶亚科+闪蛱蝶亚科)+(釉蛱蝶亚科+线蛱蝶亚科))。【结论】线蛱蝶族与翠蛱蝶族的亲缘关系较近,丽蛱蝶族是该亚科较早分化出来的一支。基于线粒体基因组构建的线蛱蝶亚科物种系统发育关系与传统形态分类学研究结论不一致。     

The complete mitochondrial genome of the damsel bug Alloeorhynchus bakeri (Hemiptera: Nabidae)

The complete sequence of the mitochondrial DNA (mtDNA) of the damsel bug, Alloeorhynchus bakeri, has been completed and annotated in this study. It represents the first sequenced mitochondrial genome of heteropteran family Nabidae. The circular genome is 15, 851 bp in length with an A+T content of 73.5%, contains the typical 37 genes that are arranged in the same order as that of the putative ancestor of hexapods. Nucleotide composition and codon usage are similar to other known heteropteran mitochondrial genomes. All protein-coding genes (PCGs) use standard initiation codons (methionine and isoleucine), except COI, which started with TTG. Canonical TAA and TAG termination codons are found in eight protein-coding genes, the remaining five (COI, COII, COIII, ND5, ND1) have incomplete termination codons (T or TA). PCGs of two strands present opposite CG skew which is also reflected by the nucleotide composition and codon usage. All tRNAs have the typical clover-leaf structure, except the dihydrouridine (DHU) arm of tRNA(Ser (AGN))which forms a simple loop as known in many other metazoa. Secondary structure models of the ribosomal RNA genes of A. bakeri are presented, similar to those proposed for other insect orders. There are six domains and 45 helices and three domains and 27 helices in the secondary structures of rrnL and rrnS, respectively. The major non-coding region (also called control region) between the small ribosomal subunit and the tRNA(Ile )gene includes two special regions. The first region includes four 133 bp tandem repeat units plus a partial copy of the repeat (28 bp of the beginning), and the second region at the end of control region contains 4 potential stem-loop structures. Finally, PCGs sequences were used to perform a phylogenetic study. Both maximum likelihood and Bayesian inference analyses highly support Nabidae as the sister group to Anthocoridae and Miridae.     

Characterization of mitochondrial genome of Chinese wild mulberry silkworm, Bomyx mandarina (Lepidoptera: Bombycidae)

The complete mitochondrial genome of Chinese Bombyx mandarina(ChBm) was determined.The cir-cular genome is 15682 bp long, and contains a typical gene complement, order, and arrangement iden-tical to that of Bombyx mori(B.mori) and Japanese Bombyx mandarina(JaBm) except for two addi-tional tRNA-like structures:tRNASer(TGA)-like and tRNAIle(TAT)-like.All protein-coding sequences are initi-ated with a typical ATN codon except for the COI gene, which has a 4-bp TTAG putative initiator codon.Eleven of 13 protein-coding genes(PCGs) have a complete termination codon(all TAA), but the re-maining two genes terminate with incomplete codons.All tRNAs have the typical clover-leaf structures of mitochondrial tRNAs, with the exception of tRNASer(TGA)-like, with a four stem-and-loop structure.The length of the A T-rich region of ChBm is 484 bp, shorter than those of JaBm(747 bp) and B.mori(494―499 bp).Phylogenetic analysis among B.mori, ChBm, JaBm, and Antheraea pernyi(Anpe) showed that B.mori is more closely related to ChBm than JaBm.The earliest divergence time estimate for B.mori-ChBm and B.mori-JaBm is about 1.08±0.18―1.41±0.24 and 1.53±0.20―2.01±0.26 Mya, respec-tively.ChBm and JaBm diverged around 1.11±0.16―1.45±0.21 Mya.     

中华雏蝗（Chorthippus chinensis Tarb）线粒体基因组分析

采用Lon-PCR扩增线粒体全基因组和保守引物步移法结合克隆方法测定并拼接获得了中华雏蝗（Chorthippus chinensis Tarb）线粒体基因组全序列．序列的注释和分析结果表 明,中华雏蝗线粒体基因组序列全长15 599 bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个A+T富集区．基因顺序与非洲飞蝗（Locusta migratoria）相同,也发生了2个 tRNA Asp(D)和tRNALys(K)的倒置．13个编码蛋白质基因都使用了ATN作为起始密码子．除ND1以TAG和ND5的终止密码子为不完全的T外,其余11个编码蛋白质基因的终止密码子都为完整的TAA．6种直翅类昆虫13个蛋白质的氨基酸序列的联合数据集构建的系统树与形态分类系统一致,中华雏蝗与非洲飞蝗为姐妹群,并与东方蝼蛄构成一单系群．     

云斑车蝗线粒体基因组全序列测定与分析

采用长距 PCR 扩增及保守引物步移法并结合克隆测序测定并注释了云斑车蝗 Gastrimargus marmoratus （Thunberg）的线粒体基因组全序列。结果表明：云斑车蝗线粒体基因组全序列为15 904 bp（GenBank登录号为EU527334）,A+T含量略高于非洲飞蝗Locusta migratoria,为76.04%,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA 基因,2个rRNA基因和一段1 057 bp的A+T富集区。蛋白质基因的起始密码子中,除COⅠ和ND5为TTG以外,均为昆虫典型的起始密码子ATN。ND5基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均为典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNA^Ser（AGN）缺少DHU臂, tRNA^Ser（UGY）的反密码子环上有9个碱基。预测了云斑车蝗12S和16S rRNA二级结构,分别包括3个结构域30个茎环和6个结构域44个茎环。A+T富集区含有3个串联重复序列。     

Complete mitochondrial genome of the rabbitfish Siganus fuscescens (Perciformes, Siganidae).

We determined the complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome for the rabbitfish Siganus fuscescens (Perciformes, Siganidae). This mitochondrial genome, consisting of 16,491 base pairs (bp), included 13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNAs, 22 transfer RNAs, and a noncoding control region similar those found in other vertebrates; the gene order was identical to that of typical vertebrates. Most of the genes of S. fuscescens were encoded on the H-strand, while the ND6 and eight tRNA (Gln, Ala, Asn, Cys, Tyr, Ser [UCN], Glu, and Pro) genes were encoded on the L-strand. The reading frames of ATPase 8 and 6 and those of ND4L and ND4 overlapped by ten and seven nucleotides, respectively. All mitochondrial protein-coding genes began with an ATG start codon, except for CO1, which started with GTG. Open reading frames of S. fuscescens ended with TAA (ND1, CO1, ATPase 8, ND4L, ND5 and ND6), and the remainder had incomplete stop codons, either TA (ATPase 6 and CO3) or T (ND2, CO2, ND3, ND4, and Cytb). The origin of L-strand replication in S. fuscescens was located in a cluster of five tRNA genes (WANCY) and was 34 nucleotides in length. A major noncoding region between the tRNA-Pro and tRNA-Phe genes (828 bp) was considered to be the control region (D-loop). Within this sequence, we identified a conserved sequence block characteristic of this region. The rabbitfish was grouped with Siganus canaliculatus in most parsimony analyses, which showed 100% bootstrap support for their divergence. These findings are useful for inferring phylogenetic relationships and identification within the suborder Acanthuroidei.     

黄脸油葫芦线粒体基因组:一种新的基因排列方式

采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了黄脸油葫芦（Teleogryllus emma）线粒体基因组全序列。结果表明,黄脸油葫芦的线粒体基因组全长15 660 bp,A+T含量为73.1%。谷氨酸、色氨酸及天冬酰胺的转运RNA基因由N链编码,形成了直翅目中的第三种基因排列顺序,其余结构与其它螽亚目昆虫的线粒体结构一致。基因间隔序列共计73 bp,间隔长度从1—24 bp不等;有14对基因间存在共54 bp重叠,重叠碱基数在1—11 bp之间。13个蛋白质编码基因中12个基因（除COⅠ基因外）的起始密码为标准的ATN组成,COI基因的起始密码子为TTA。有10个基因在基因3＇端能找到完全的TAA或TAG终止密码子,而有三个基因（COII,ND5和ND4）终止密码子为不完整的T。除tRNASer（AGN）外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。黄脸油葫芦940bp的A+T富集区中存在一个被认为与复制起始有关的保守的二级结构,该结构不仅存在于直翅目昆虫中,而且也存在于双翅目、鳞翅目和膜翅目中,但是未见于昆虫纲的早期分化类群——弹尾目中。     

大豆蚜线粒体基因组序列测定与分析

采用LongPCR和引物步移法测得大豆蚜Aphis glycines Matsumura线粒体基因组约90%的序列,并与蚜总科Aphidoidea已报道的3种蚜虫进行了比较。结果表明:已测得的序列长度为13696bp,AT含量为83.3%;蛋白质编码基因起始密码子都为ATN,COI、ND4、CYTB、ND2使用不完整终止密码子T,其余都使用常见终止密码子TAA;15个tRNA基因除tRNA-W外都能折叠成典型的三叶草二级结构。比较大豆蚜、豌豆蚜Acyrthosiphon pisum(Harris)、麦二叉蚜Schizaphis graminum(Rondani)和葡萄根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae(Fitch)的线粒体基因组,结果表明4个种均具有后生动物线粒体基因组中常见的基因,基因顺序与假想昆虫祖先的排列方式相同,但豌豆蚜包含3个tRNA-M;蛋白质编码基因的起始密码子都为ATN,除葡萄根瘤蚜外,其他3种蚜虫的COⅠ、ND4使用不完整终止密码子T;tRNA-W的二级结构中都存在TψC臂中"茎"的结构缺失,只有环的结构;而蛋白质编码基因使用最频繁的氨基酸略有不同,大豆蚜为Leu,豌豆蚜和麦二叉蚜为Ile;大豆蚜和麦二叉蚜的ND4/ND4L都存在7bp的重叠序列,而豌豆蚜和葡萄根瘤蚜没有发现此现象。