基于16S rRNA和非靶向代谢组测序分析结直肠癌患者肠道菌群及代谢物的变化

目的 采用16S rRNA和非靶向代谢组测序分析的方法探讨结直肠癌患者肠道菌群和其代谢产物的变化。方法 新鲜粪便为实验样品,收集10个结直肠癌患者组样本和6个正常对照组样本进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的组成、多样性和物种差异,并对预测差异肠道菌群代谢功能;取8个结直肠癌组样本和6个正常对照组样本进行LC-MS非靶向代谢组学测序,分析代谢产物变化情况并进行功能预测。结果 结直肠癌组的菌群多样性较正常对照组无显著差异（P>0.05）。结直肠癌组的优势菌群为疣微菌门,结直肠癌组葡萄球菌、嗜冷杆菌属、毛螺菌科NK4A136、梭状芽孢杆菌vadinBB60和CAG-56相对丰度增加（P<0.05）,CAG-352、瘤胃球菌属、粪球菌属和挑剔真杆菌相对丰度降低（P<0.05）。KEGG富集分析发现,差异菌群在环境信息处理、遗传信息处理和新陈代谢等通路中发挥重要作用。非靶向代谢组学测序检测出两组样本有367种代谢物存在显著差异,对差异代谢物进行功能预测发现与咖啡因、嘌呤、氨基糖和核苷酸糖和生物素等的代谢相关。结论 结直肠癌患者的肠道菌群和代谢物与健康个体存在差异,结直肠癌...     

复方大黄灌肠液对尿毒症患者的作用

目的探讨复方大黄灌肠液对尿毒症患者肠道菌群、血清内毒素及炎症因子的影响。方法选取2019年6月至2020年4月我院收治的90例尿毒症患者为研究对象,入选患者随机分为常规组与观察组,各45例。所有患者均采用常规治疗(血液透析,降压、降糖、调节饮食,改善贫血),观察组患者在此基础上给予复方大黄灌肠液进行灌肠。对比治疗前后2组患者肠道菌群、血清内毒素及炎症因子水平变化,同时对比两组患者营养不良和多脏器功能障碍综合征(MODS)发生率。结果治疗前,两组患者肠道菌群OTUs数量、门水平和属水平相对丰度差异均无统计学意义(均P>0.05)。治疗后常规组患者肠道菌群OTUs数量、门水平和属水平相对丰度无明显改变(均P>0.05);而观察组患者肠道菌群OTUs数量、肠道厚壁菌门、放线菌门、双歧杆菌属、芽胞杆菌属、乳杆菌属、假单胞杆菌属相对丰度均升高,且观察组高于常规组(均P<0.05)。观察组患者治疗后肠道变形菌门、梭杆菌门、衣原体门、志贺菌属、埃希菌属、沙门菌属、梭杆菌属、衣原体属相对丰度均下降,且观察组低于常规组(均P<0.05)。LEfSe分析发现治疗后观察组患者肠道biomarker主要为互养菌目、理研菌科、普雷沃菌科、毛螺旋菌科,而对照组患者肠道biomarker主要为嗜胆菌属、耶尔森菌属、葡萄球菌属。治疗前两组患者血清内毒素、炎症因子水平对比差异无统计学意义(均P>0.05),治疗后两组患者血清内毒素、炎症因子水平均下降,且治疗后观察组血清内毒素、炎症因子水平均低于常规组(均P<0.05)。观察组患者营养不良(15.56% vs 35.56%)、MODS(4.44% vs 22.22%)发生率均低于常规组(均P<0.05)。结论复方大黄灌肠液可改善尿毒症患者肠道菌群,降低血清内毒素及炎症因子水平,减少患者营养不良和MODS发生率,值得临床推广。     

基于16S rDNA测序的自身免疫性甲状腺疾病患者肠道菌群研究CSCD

目的 探讨Graves病患者、桥本甲状腺炎患者及健康人的肠道菌群结构、多样性和丰度差异。方法 选取2020年8月至2020年12月于湖北省中医院甲状腺疾病诊疗中心就诊的新诊断且未经治疗的Graves病患者(GD组)、桥本甲状腺炎患者(HT组)各15例以及15例年龄、性别相匹配的健康受试者(健康对照组)。采集参与者粪便样本,采用16S rDNA高通量测序法分析肠道菌群,比较各组对象肠道菌群物种组成及丰度差异。结果 与健康对照组相比,GD组患者肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数偏低,Coverage指数偏高(均P<0.05)。GD组与HT组以及HT组与健康对照组比较,其肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数、Coverage指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。3组对象肠道优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门。瘤胃球菌属、罗斯伯里菌属、罗姆布茨菌属、链球菌属等在3组对象中差异均有统计学意义(均P<0.05),其中GD组患者肠道乳杆菌目、链球菌属、链球菌科的相对丰度较高;HT组患者肠道瘤胃球菌属、消化链球菌科、消化链球菌—蒂氏菌目、罗姆布茨菌、梭菌科、严格厌氧梭状芽胞杆菌1、梭菌目的相对丰度较高;而罗斯伯里菌属、光冈菌属在健康对照组中丰度较高。GD组患者肠道中严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea丰度低于HT组,而Streptococcus的丰度高于HT组(均P<0.05)。结论 Graves病患者、桥本甲状腺炎患者的肠道菌群与健康人群有显著差异,促进脂肪累积与能量吸收的菌群在Graves病患者中降低,而条件致病菌在自身免疫性甲状腺疾病患者中丰度增加,这些菌种变化可能通过破坏肠道稳态,干预免疫调节,促进炎症反应介导自身免疫性甲状腺疾病的发病。严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea、链球菌属可能是Graves病和桥本甲状腺炎的关键差异菌属,但还需要进一步的研究以明确这些菌株介导疾病的机制。     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

早产儿肠道菌群检测及其与脑损伤的关系CSCD

目的 对早产儿肠道菌群进行检测,并分析肠道菌群与早产儿脑损伤的关系。方法 选取2018年1月至2020年1月本院产科分娩的174例早产儿(胎龄≤34周)为研究对象,所有早产儿均于纠正胎龄40周时行颅脑MRI和早产儿肠道菌群检测,根据早产儿是否发生脑损伤,分为无脑损伤组(136例)和脑损伤组(38例)。分析无脑损伤早产儿和脑损伤早产儿的肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度(Chao1指数)及菌群群落多样性(Shannon指数)的差异,采用Pearson秩相关性法分析早产儿的肠道菌群相对丰度、Chao1指数、Shannon指数与脑损伤程度相关性。结果 脑损伤组早产儿的脑组织TMS评分(13.42分±1.03分)低于无脑损伤组(17.91分±1.81分),差异有统计学意义(t=19.724,P=0.000 1)。脑损伤组早产儿的双歧杆菌属丰度比(23.63%±1.24%)、乳杆菌属丰度比(16.58%±0.94%)、乳球菌属丰度比(15.73%±0.89%)和拟杆菌属丰度比(8.78%±0.64%)均低于无脑损伤组早产儿(28.43%±1.34%,22.43%±1.27%,17.81%±1.10%,9.81%±0.69%),差异均有统计学意义(t=27.163、16.871、20.764、26.917,均P<0.000 1),脑损伤组早产儿的链球菌属丰度比(13.92%±0.84%)、沙门菌属丰度比(5.74%±0.51%)、瓦氏菌属丰度比(4.86%±0.29%)、梭菌属丰度比(6.74%±0.54%)和葡萄球菌属丰度比(8.52%±0.60%)均高于无脑损伤组早产儿(5.81%±0.37%,4.28%±0.32%,3.94%±0.22%,2.18%±0.19%,1.98%±0.16%),差异均有统计学意义(t=34.261、22.914、19.084、24.807、27.043,均P<0.000 1)。脑损伤组早产儿的肠道菌群Chao1指数(281.55±17.71)和Shannon指数(2.74±0.32)均低于无脑损伤组早产儿(397.43±21.58,3.98±0.49),差异均有统计学意义(t=36.812、17.949,均P<0.000 1)。脑组织TMS评分与双歧杆菌属丰度比(r=-0.843)、乳杆菌属丰度比(r=-0.782)、乳球菌属丰度比(r=-0.815)、拟杆菌属丰度比(r=-0.708)、肠道菌群Chao1指数(r=-0.742)和肠道菌群Shannon指数(r=-0.743)呈负相关,与链球菌属丰度比(r=0.871)、沙门菌属丰度比(r=0.903)、瓦氏菌属丰度比(r=0.791)、梭菌属丰度比(r=0.782)和葡萄球菌属丰度比(r=0.793)呈正相关。结论 早产儿的脑损伤发生率仍然较高,与早产儿肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度和菌群群落多样性均有密切的相关性。     

癫痫及伴腹泻癫痫患儿肠道菌群失衡的相关性研究CSCD

目的探究癫痫和伴腹泻癫痫婴幼儿的肠道菌群特征。方法选取2019年5月至2020年6月在西北妇女儿童医院儿童神经内科就诊的0到1岁婴儿10例,其中癫痫病例5例,伴腹泻癫痫病例5例。另选取同期在本院儿保科体检的健康婴儿作为正常组。留取所有受试者的粪便标本提取总DNA,对样本16S rRNA基因V3-V4区进行PCR扩增、测序,对扩增子测序结果进行生物信息学分析。结果癫痫患儿肠道菌群多样性显著低于正常婴儿(P<0.05),腹泻对肠道菌群均匀度分布无显著影响(P>0.05)。癫痫、伴腹泻癫痫患儿及正常婴儿肠道菌群组成和群落结构存在明显差异(P<0.05)。优势菌群主要由放线菌门、变形菌门和厚壁菌门等组成。其中癫痫患儿变形菌门相对丰度显著下降(P<0.05);伴腹泻癫痫患儿变形菌门相对丰度显著升高(P<0.01),为最优势菌门,放线菌门相对丰度显著下降(P<0.01)。属水平中,癫痫患儿肠道双歧杆菌属相对丰度显著升高(P<0.05);伴腹泻癫痫患儿大肠埃希志贺菌属相对丰度显著升高(P<0.01),双歧杆菌属相对丰度显著下降(P<0.01)。对婴儿肠道菌群组间显著性差异物种分析显示,乳杆菌属、嗜血杆菌属在健康婴儿肠道中丰度较高;Lachnospiracea_incertae_sedis在癫痫患儿肠道中相对丰度较高;Clostridium_sensu_stricto、克雷伯菌属、肠球菌属在伴腹泻癫痫患儿肠道中相对丰度较高。结论肠道菌群的失调与癫痫症状的发生、发展存在关联,其中双歧杆菌属和Lachnospiracea_incertae_sedis可能与癫痫症状存在相关性,而埃希志贺菌属、Clostridium_sensu_stricto可能与伴腹泻癫痫患儿症状存在相关性。癫痫与菌群失衡的因果关系需要进一步研究。     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

多囊卵巢综合征患者与健康人群肠道菌群差异性分析

目的比较多囊卵巢综合征(PCOS)患者与健康人群间肠道菌群的差异,为后续研究提供参考。方法采用16S rDNA扩增子测序法对30例PCOS患者(PCOS组)和20例健康人(健康组)粪便标本中菌群结构进行分析,并比较两组之间的区别。结果与健康组相比,PCOS组患者肠道菌群α多样性降低。PCOS组患者肠道厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)丰度高于健康组,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度低于健康组(均P0.05)。两组对象肠道梭菌门(Clostridia)、放线菌门(Actinobacteria)丰度差异无统计学意义(均P0.05)。PCOS组患者肠道变形杆菌纲(Proteobacteria)、芽胞杆菌纲(Bacilli)、红椿杆菌纲(Coriobacteriia)丰度高于健康组,拟杆菌纲(Bacteroidia)丰度低于健康组(均P0.05)。PCOS组患者肠道布劳特菌属(Blautia)、霍氏真杆菌属(Eubacterium_hallii_group)、阴沟杆菌属(Agathobacter)丰度高于健康组,拟杆菌属(Bacteroides)、粪杆菌属(Faecalibacterium)丰度低于健康组(均P0.05)。两组对象肠道双歧杆菌属(Bifidobacterium)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度差异无统计学意义(均P0.05)。结论 PCOS患者存在肠道菌群失调情况,但其是否是PCOS发展的潜在致病因素需要进一步研究。     

原发性与继发性干燥综合征患者的肠道菌群差异

目的探究原发性干燥综合征(primary Sjgren′s syndrome,pSS)患者与继发性干燥综合征(secondary Sjgren′s syndrome,sSS)患者的肠道菌群差异及其与临床免疫指标之间的相关性。方法对15例pSS患者和10例sSS患者进行临床数据统计、血清标本和粪便标本采集。将采集到的粪便标本进行DNA提取和筛选,再经16S rDNA高通量测序后进行OTU分析,Alpha、Beta多样性以及样品组间显著性差异分析。同时使用免疫荧光法检测自身抗体ANA,免疫印迹法检测抗核抗体谱(SSA、SSB、Ro52),散射比浊法检测风湿系列(RF、CRP)、免疫球蛋白(IgG等)和补体(C3、C4)等12种免疫学指标,并分析肠道菌群丰度与免疫指标浓度的相关性。结果pSS患者与sSS患者肠道菌群存在差异,pSS患者的肠道菌群多样性大于sSS患者。在门水平上,sSS患者较pSS患者厚壁菌门丰度降低、变形菌门丰度升高。经ttest检验,在科水平,链球菌科为2组差异最为显著的菌科(t=0.029,P<0.01),同时在属水平,链球菌属也是差异最大的菌属(t=0.029,P<0.01),CRP与Parabacteroides等多个菌属有显著的相关性。结论pSS患者与sSS患者肠道菌群存在明显差异,这些差异可能与SSA、SSB和CRP具有相关性。     

山西省东南部地区胃癌患者肠道菌群分布的配对病例对照研究

目的观察胃癌患者肠道菌群的变化,为研究其发病机制和治疗措施提供依据。方法按照1∶1配对原则(年龄、性别、民族、居住地等)在长治某医院根据胃镜检查结果分别选取尚未进行过治疗的10例胃癌患者(胃癌组)和10例健康人群(对照组),面对面调查填写基本信息表,留取粪便样本,采用微生物16S rDNA扩增子测定技术检测粪便菌群,使用QIIME2(2019.4)、R脚本等软件分析人群肠道菌群结构。结果胃癌组与对照组之间,肠道菌群多样性Chao1指数、Shannon指数、Simpson指数、Faith′s PD指数、Pielou′s evenness指数、Observed_species指数和Good′s coverage指数差异均无统计学意义(均P0.05),但距离矩阵与PCoA分析显示2组菌群分布差异存在统计学意义(P0.05)。在门水平上,2组粪便菌群都集中在厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门四类菌门上,胃癌组的变形菌门、梭杆菌门、互养菌门的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。在属水平上,胃癌组的乳杆菌属、克雷伯菌属、脱硫弧菌属、瘤胃球菌属的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。胃癌组瘤胃球菌科、Gemmiger和毛螺菌属的丰度较对照组明显减少,差异有统计学意义(均P0.05)。结论胃癌患者肠道菌群物种多样性和属的丰度发生了改变。     

2型糖尿病与糖尿病肾病患者微炎症及肠道微生物多样性分析

目的分析2型糖尿病(T2DM)及糖尿病肾病(DKD)患者微炎症情况和肠道微生物多样性。方法将2016年4月至2019年7月在我院进行治疗的68例T2DM患者(T2DM组)和57例DKD患者(DKD组)纳入研究,选择同期于我院进行健康体检的36例志愿者作为对照组。收集3组对象一般资料、血液标本和粪便标本,测定血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)、糖化血红蛋白(HbAlc)、空腹血糖(FBG)、超敏C反应蛋白(hsCRP)、白细胞介素6(IL6)水平,并对肠道细菌进行16S rDNA序列测序。比较3组对象一般资料,血液指标,肠道菌群门水平构成情况,肠道菌群多样性,肠道菌属差异性,并对患者炎性指标与菌群种类进行相关性分析。结果DKD组患者糖尿病病程长于T2DM组(P<0.05)。与对照组比较,T2DM组和DKD组患者BMI、舒张压和收缩压增加,TC、TG、LDLC、HbAlc、FBG、hsCRP、IL6水平升高,HDLC水平降低(均P<0.05)。3组对象肠道菌群以厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门为主。T2DM组和DKD组患者拟杆菌门/厚壁菌门、蓝藻菌门及放线菌门比例均低于对照组(均P<0.05)。与对照组比较,T2DM和DKD患者肠道毛螺菌属、罗氏菌属、粪球菌属丰度升高,双歧杆菌属丰度降低(t=34.269 2、23.157 8、3.589 7、12.364 8,P<0.000 1、<0.000 1、=0.012 2、=0.036 1)。DKD组患者毛螺菌属和粪球菌属丰度高于T2DM组(t=65.349 2、13.573 1,P=0.021 3、0.001 3)。T2DM组和DKD组患者血清hsCRP水平与肠道毛螺菌属、瘤胃菌科、粪球菌属、梭杆菌属呈正相关,与红蝽菌科呈负相关;血清IL6水平与瘤胃菌科呈正相关,与红蝽菌科、双歧杆菌属、乳杆菌属呈负相关(均P<0.05)。结论2型糖尿病患者普遍存在微炎症和肠道菌群失衡,微炎症程度与肾脏病变和肠道菌群数量密切相关。T2DM与DKD患者在肠道菌群结构上具有一致性和差异性,肠道菌群检测有可能成为预测T2DM患者发生肾脏病变的风险指标。     

基于16S rRNA基因测序比较分析不同抗生素干预对小鼠肠道菌群动态变化的影响

目的探讨不同种类抗生素对小鼠肠道菌群多样性和组成动态变化的影响。方法采用健康SPF级雌性C57BL/6小鼠20只随机分为对照组(CON组)6只、万古霉素组(VAN组)6只和多黏菌素组(PMB组)8只,通过饮用抗生素方式连续处理5周,于3周、5周采集小鼠粪便样本进行16S rRNA基因的V4-V5区测序。结果与CON组相比,VAN组处理3周和5周菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)、变形菌门(肠杆菌科)及无胆支原体科相对丰度显著增加,拟杆菌门(Muribaculaceae菌科、普雷沃菌科)和毛螺菌科显著减少为特征(P均0.05)。PMB组处理3周后,菌群多样性显著增加,以普雷沃菌科和毛螺菌科相对丰度显著增加,疣微菌门(阿克曼菌科)和Muribaculaceae菌科显著减少为特征。PMB处理5周后,菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)相对丰度显著增加,而厚壁菌门(毛螺菌科)显著减少为特征(P均0.05)。结论用不同种类的抗生素处理不同时间后小鼠肠道菌群组成不同,但多样性均显著降低,且抗生素处理时间越长菌群多样性降低幅度越大,菌群种类越少。     

不同健康状态的棘胸蛙肠道菌群结构分析

为探究不同健康状态下棘胸蛙(Paa spinosa, David)肠道菌群结构, 文章对13个健康(Health组)、19个患歪头病(WHD组)和18个患蓝眼病(BED组)的棘胸蛙肠道微生物总DNA进行16S rRNA V4—V5高变区测序。结果显示: 共获得3984个总操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs), 35个门, 80个纲, 155个目, 283个科, 501个属。α多样性结果表明, 健康组的菌群丰富度显著高于患病组(P<0.05), 患病组间的菌群丰富度差异不显著(Chao1指数: Health: 1232.92; WHD: 975.57; BED: 1048.76); 健康和患病组间微生物群落均匀度无显著差异(Shannon指数: 5.27; 5.20; 5.41)。门分类水平分析发现: 厚壁菌门(Firmicutes; 52.08%; 49.57%; 26.48%)、拟杆菌门(Bacteroidetes; 30.55%; 21.93%; 43.02%)和变形菌门(Proteobacteria; 15.55%;10.42%; 5.25%)是棘胸蛙肠道菌群的优势菌门。患病蛙肠道中的优势菌门及其丰度均发生变化, 特别是脱铁菌门(Deferribacteres)在歪头病组和蓝眼病组棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.18%; 14.05%; 22.16%; P<0.05)。属分类水平分析发现: 拟杆菌属(Bacteroides; 29.70%; 16.09%; 21.76%)、丹毒丝菌科中未定义的一个属(An unclassified Erysipelotrichaceae; 21.38%; 6.92%; 4.94%)、毛螺科中未定义的一个属(An unclassified Lachnospiraceae; 12.23%; 15.98%; 4.43%)、柠檬杆菌属(Citrobacter; 10.31%; 6.19%; 1.10%)和真杆菌属(Eubacterium; 9.09%; 4.88%; 0.54%) 是棘胸蛙肠道菌群优势菌属, 但各组间的丰度差异显著; 脱铁菌门的Mucispirillum在患病棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.17%; 13.89%; 21.94% ; P<0.05)。研究表明: 棘胸蛙肠道菌群结构与健康状态相关, 且健康与患病棘胸蛙肠道菌群结构差异显著。     

基于16S rDNA技术研究隔药饼灸对高脂血症兔肠道菌群属水平的影响

目的 研究隔药饼灸对高脂血症兔属水平肠道菌群的作用，筛选相关菌属。方法 将24只兔按随机数表法分为正常组、模型组和隔药饼灸组，每组8只；干预12周后，观察TC、TG、LDL-C水平的变化，采用16S rDNA高通量测序技术分析属水平菌落差异。结果 与模型组比较，隔药饼灸组兔血清LDL-C、TG、TC水平均下降（均P<0.05）。隔药饼灸组肠道菌群结构发生改善，un＿f＿Muribaculaceae、un＿o＿Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度均显著提高（均P<0.05），毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度均降低（均P<0.05）。结论 隔药饼灸能改善异常血脂及调整菌群结构，可能与上调un＿f＿Muribaculaceae、un＿o＿Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度，降低毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度有关。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响, 实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明, 不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验: P>0.05), 其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等; 属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等; 但各优势菌群在个体间的丰度差异较大, 且在成虾阶段趋于保守, 属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验: P<0.05)。在门水平上, 优势菌群较为一致, 包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾, 表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上, 成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(Flavobacterium)、拟杆菌属和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga), 这些菌属可以帮助机体进行多种营养代谢, 成虾肠道中与碳水化合物代谢相关的菌群多于幼虾。PICRUSt功能预测显示, 在克氏原螯虾肠道中, 营养代谢功能相关的菌群相对丰度最高, 而成虾肠道菌群代谢碳水化合物的功能显著高于幼虾。实验表明, 在野外虾塘养殖下的克氏原螯虾的肠道菌群不论是在群落多样性、物种丰度还是菌群功能预测上, 都未体现出性别间的差异, 且肠道菌群的个体差异较大; 但在不同生长阶段间, 克氏原螯虾肠道微生物的群落多样性、丰度及功能都有显著差异, 相比于幼虾, 成虾肠道菌群多样性降低, 多种代谢功能升高。     

腹腔镜手术联合微生态制剂对结直肠癌患者肠道菌群和肠道屏障功能的影响

目的观察腹腔镜手术联合微生态制剂对结直肠癌患者肠道菌群和肠道屏障功能的影响,为临床治疗提供依据。方法选择我院2016年12至2018年12月收治的84例结直肠癌患者为研究对象。入选患者分为观察组和对照组。观察组患者采用腹腔镜手术联合口服益生菌治疗,对照组患者单纯采用腹腔镜手术治疗。比较两组患者术后恢复情况、并发症情况、肠道菌群变化和肠道屏障功能。结果观察组患者第1次完全进食时间、术后住院总时间(d)均短于对照组(9.54±0.52 vs 11.56±0.24、11.61±2.14 vs 14.94±3.65,P<0.05);观察组患者术后并发症总发生率低于对照组(9.5%vs 28.6%,P<0.05)。观察组患者术后第1次排便时肠道乳杆菌、双歧杆菌数量(lg CFU/g)大于对照组(7.21±0.35 vs 6.78±0.21、7.12±0.23 vs 6.84±0.25,P<0.05),大肠埃希菌、球杆菌数量低于对照组(8.12±0.56 vs 9.55±0.54、8.24±0.24 vs 8.85±0.25,P<0.05)。观察组患者术后第15天肠道乳杆菌、双歧杆菌数量大于对照组(9.51±0.56 vs 8.21±0.45、9.61±0.44 vs 7.85±0.23,P<0.05),大肠埃希菌、球杆菌数量低于对照组(7.22±0.36 vs 9.15±0.35、7.68±0.54 vs 8.25±0.55,P<0.05)。观察组患者术后第15天粪便sIgA水平(mg/g)大于对照组(1.21±0.13 vs 1.05±0.14,P<0.05);血清D-乳酸、尿L/M水平(μg/mL)低于对照组(5.48±0.85 vs 0.62±0.54、3.24±0.28 vs 2.68±0.54,P<0.05)。结论腹腔镜手术联合益生菌制剂可纠正并改善结直肠癌患者术后肠道微生态失调,修复并增强肠道屏障功能。     

乌鲁木齐市3~5岁儿童口腔微生物与肠道微生物的构成差异

目的探索乌鲁木齐市3～5岁儿童口腔微生物与肠道微生物的菌群构成及多样性等差异。方法从本团队前期流行病学调查的乌鲁木齐市3～5岁儿童中,按调查时间顺序随机抽取12名儿童。分别收集唾液及粪便样本共计24份,分为口腔微生物组和肠道微生物组。利用16S V3-V4区设计引物来进行PCR扩增,使用MiSeq测序仪进行二代测序,比较两组的微生物构成及多样性差异。结果门水平上:放线菌门(t=5.98,P0.001)、变形菌门(z=20.0,P=0.005)、TM7(z=78.0,P0.001)在口腔中丰度较高;厚壁菌门(z=134.0,P0.001)在肠道中丰度较高。厚壁菌门/拟杆菌门的值在肠道中较大(z=113.0,P=0.017)。属水平上:罗斯菌属、普雷沃菌属、链球菌属为口腔中丰度较高的菌属;粪杆菌属、Ruminococcaceae、拟杆菌属为肠道中丰度较高的菌属(P0.001)。奈瑟菌属、卟啉单胞菌属等仅存在于口腔中。Catenibacterium、肠杆菌属等仅存在于肠道中。菌群功能显示:在细胞运动(z=136.0,P0.001)、碳水化合物代谢(t=-4.71,P0.001)等方面表现出肠道组占优势;在遗传信息的翻译(t=8.17,P0.001)、神经退行性疾病(z=78.0,P0.001)等方面表现出口腔组占优势。结论放线菌门、变形菌门、TM7在口腔中丰度较高;厚壁菌门在肠道中丰度较高。口腔和肠道微生物在菌群功能上差异较大。奈瑟菌属、卟啉单胞菌属、Catenibacterium等可能为某些全身系统性疾病的标志性菌属。     

甘肃省武威市胃癌患者肠道菌群分布

目的通过比较甘肃省武威市胃癌患者和健康对照人群肠道菌群的分布,探讨胃癌患者肠道菌群的变化与胃癌发生发展的关系,并寻找可能作为该地区胃癌患者的潜在生物标志物。方法收集24例胃癌患者和24例健康对照人群的粪便样本,提取DNA,采用16S rRNA基因高通量测序进行肠道菌群分析。结果分析2组研究对象肠道菌群的Alpha多样性,发现胃癌患者组和健康对照组肠道菌群的Chao1指数差异无统计学意义(Z=-0.907,P=0.364),胃癌患者组的Simpson指数升高且差异具有统计学意义(Z=-3.258,P=0.001),表明武威市胃癌患者肠道菌群多样性增加;物种差异分析表明,2组人群在门水平上,Fusobacteria、Patescibacteria、Synergistetes的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05),在属水平上,Bacteroides(拟杆菌属)、Lachnospiraceae_UCG-008、Lachnoclostridium、Blautia、Roseburia等34个菌属的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05)。通过菌属微生物关联网络图发现,在34个差异菌属中,Streptococcus、Erysipelotrichaceae_UCG-003等菌属的节性重要性较高;通过LEfSe分析和组间秩和检验分析发现,Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004在健康对照组和胃癌患者组之间是显著差异的菌属。结论与健康对照组人群的肠道菌群比较,胃癌患者组的菌群多样性增加,胃癌患者肠道菌群的改变主要以Lachnospiraceae等益生菌属的相对丰度减少和Alloprevotella、Desulfovibrio等致病菌属的相对丰度增加为主。Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004可能为武威市胃癌患者潜在生物标志物。