贵州地方山羊CAST基因外显子6、7和8的多态性分析

为分析山羊CAST基因的多态性,筛选出对山羊肉质性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建DNA池,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子6、7和8进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测突变前后的m RNA二级结构及理化特性。结果显示,所设计引物的扩增片段发现1个同义突变,位于外显子8中的T81C。利用生物信息学软件对外显子8中的T81C位点进行分析,结果表明这个SNPs位点导致编码的m RNA二级结构以及理化特性的改变。     

贵州地方山羊ADAMTS1基因序列多态性及生物信息学研究

本研究选择黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,分别构建DNA池,结合PCR产物直接测序法分析两品种中ADAMTS1基因外显子2~8中可能与繁殖性状相关的单核苷酸多态位点。结果表明在黔北麻羊和贵州黑山羊两个群体中共检测到ADAMTS1基因的10个SNPs位点,其中该基因第2、5、6外显子中各存在1个SNP位点,依次是C266T、T2210C、C2513A,均引起所编码氨基酸的同义突变,第3、4、6、8内含子中各存在1个SNPs位点,依次是C1073T、A1326G、G2698A、T4261A,第7内含子中同时存在3个SNPs位点,为T3401C、T3045T、T3064C,其中9个SNPs位点(C266T,C2513A,C1073T,A1326G,G2698A,T4261A,T3401C,T3045G,T3064C)为两品种所共有,T2210C仅存在黔北麻羊中。位点A1326G的A和G等位基因频率在检测的两个羊种间差异较大,通过后续的生物信息学分析显示,ADAMTS1基因外显子2的C266T和外显子6的优势突变C2513A的位点变异共同引起m RNA二级结构发生显著改变。     

贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究

[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。     

贵州地方山羊RBP4基因多态性及生物信息学分析

[目的]对贵州黑山羊和黔北麻羊进行RBP4基因多态位点的筛选,为从分子水平探究RBP4基因对动物繁殖性能的调控机制提供理论依据。[方法]采用DNA混池结合直接测序法分析RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中的单核苷酸多态性,利用生物信息学软件分析SNP位点对RBP4基因mRNA二级结构的影响。[结果]RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中均存在4-T214C突变位点,且为同义突变。生物信息学分析结果表明,外显子4-T214C突变导致RBP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能降低,结构稳定性增大。[结论]在贵州黑山羊和黔北麻羊中检测到RBP4基因外显子4的1个SNP位点,该突变位点影响了RBP4基因mRNA的二级结构。     

贵州黑山羊和黔北麻羊LEPR基因第7、8、10和18外显子的多态性分析

为探究LEPR基因的遗传多态性,丰富山羊LEPR基因的研究,本研究以贵州黑山羊和黔北麻羊为试验材料,运用DNA池结合直接测序方法进行LEPR基因SNPs位点的筛选,从而对突变的SNPs位点进行RNA二级结构以及所编码蛋白质的二级结构和三级结构进行生物信息学分析。在试羊LEPR基因中共发现4个SNPs,分别为Exon7-T81C(同义突变)、Exon8-C39T(同义突变)、Exon10-A70G(Asn-Ser)和Exon18-C94T(Ser-Leu)。分析表明,4个位点突变前后的等位基因频率、mRNA二级结构的最小自由能、LEPR蛋白质二级结构和三级结构均有改变。结果表明,LEPR基因拥有较为丰富的遗传多态性。     

贵州黑山羊、贵州白山羊TFB1M基因第7外显子SNP研究

目的:研究TFB1M基因编码区多态性,筛选出对山羊肉质有显著影响的SNPs位点,以期为山羊品种选种选育提供科学依据。方法:采用DNA池结合PCR直接测序技术分析TFB1M基因在贵州本地山羊的多态性,估算等位基因频率,利用在线软件分析TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白二级、三级结构。结果:在TFB1M基因中筛选到2个SNPs:A76G和T221G,其中A76G为同义突变;T221G错义突变,导致编码的半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。RNA二级结构最小自由能改变,贵州黑山羊RNA二级结构稳定性增强。贵州黑山羊β折叠链增加1%,α螺旋增加4%,混乱度也上升1%。β转角减少4,α螺旋增加6,自由卷曲减少3,延伸链增加1。结论:SNPs位点对TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白结构均有影响。     

黔北麻羊DRB1基因Exon3遗传变异分析

本研究采用构建193只黔北麻羊DNA池并对其PCR结果直接测序和生物信息学分析的方法对MHC-DRB1基因的第三外显子进行遗传变异分析,旨在获得黔北麻羊MHC-DRB1基因的多态性,为MHC基因在山羊的抗病育种研究中提供基础资料。分析结果得到DRB1基因Exon3中共7个SNPs,分别为A~9G(Ile→Val)、G~(120)A(Gly→Ger)、C~(125)T、G~(140)A、T~(245)G(Asp→Glu)、C~(251)T、G~(275)A。生物信息学分析得到各突变位点均引起RNA二级结构的改变,各错义突变位点均引起蛋白质二级结构的改变,但并未引起抗原表位改变。     

贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析

本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C~(172)T和T~(176)G,而贵州白山羊中多一个突变位点G~(205)A;生物信息学分析发现,C~(172)T和G~(205)A位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变。结果表明贵州地方山羊DRA基因具有较丰富的遗传多样性。     

贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析

目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。     

贵州黑山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

目的:探讨STAT5A基因SNP与贵州黑山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。方法:以贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果:贵州黑山羊STAT5A基因内含子6和外显子7分别检测到1个SNP位点T-90C和C+69T,位点T-90C为2种基因型,分别命名为CC和TC。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊TC基因型个体的胸围显著高于CC基因型个体(P0.05),而其余4个指标均差异不显著(P0.05);实验山羊群体基因频率和基因型频率处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。结论:研究结果提示:STAT5A基因可能是影响山羊胸围的主效基因或与主效基因连锁,T-90C位点可望作为提高山羊个体生长性能的分子遗传标记。     

贵州白山羊和贵州黑山羊DRB1基因第3外显子遗传变异分析

为研究贵州黑山羊、贵州白山羊MHC-DRB1基因遗传机制,试验运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对MHC-DRB1基因第三外显子区域进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。经序列对比发现9个SNPs位点,其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4个单核苷酸突变,导致所编码氨基酸发生改变,其它5个位点均属于同义突变。进一步分析发现,A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突变位点导致m RNA二级结构的变化,A~(8858)G以及T~(9094)G对蛋白质二级结构影响最大。     

贵州黑山羊、黔北麻羊IL-2基因的克隆与生物信息学分析

为获得贵州特色品种黑山羊与黔北麻羊IL-2基因,本试验以Con A刺激的贵州黑山羊与黔北麻羊外周血淋巴细胞为材料,采用RT-PCR方法分别扩增贵州黑山羊与黔北麻羊IL-2基因,进行克隆与生物信息学分析。结果显示,(1)贵州黑山羊与黔北麻羊IL-2基因核苷酸与氨基酸一致性为100%,完整编码阅读框大小为468 bp,编码155个氨基酸;(2)黔北麻羊、贵州黑山羊IL-2基因与Gen Bank中羊源IL-2基因核苷酸一致性为95.9%~100%,氨基酸一致性为91.1%~100%;(3)遗传进化树结果表明,贵州黑山羊与黔北麻羊IL-2基因处于同一进化分支,与羊源IL-2基因亲缘关系较近;(4)生物信息学分析结果显示,IL-2蛋白二级结构中以α螺旋与无规则卷曲较多,该蛋白为亲水性蛋白,含信号肽序列,无跨膜结构,无特征功能结构域;(5)不同动物IL-2蛋白的抗原性分析存在差异,贵州黑山羊/黔北麻羊IL-2蛋白与羊源IL-2蛋白的比较差异较小,与人和其它动物的比较差异较大。由此得出结论,获得贵州黑山羊与黔北麻羊IL-2基因完整编码区序列,二者核苷酸与氨基酸序列一致。贵州黑山羊/黔北麻羊IL-2基因与羊源IL-2基因亲缘关系近,预测其编码的蛋白为亲水性的分泌型蛋白,不同动物IL-2基因抗原性存在差异。     

贵州白山羊GFI1B基因多态性与生长性状的相关性

本试验旨在研究贵州白山羊GFI1B基因第八外显子的多态性,及其与生长性状的相关性.通过PCR-RFLP技术对贵州白山羊外显子SNPs位点进行检测,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性.结果显示,供试群体中在外显子上检测到2个SNPs位点,即第八外显子263(G/T)和340(G/A).最小二乘法分析表明,G340A位点,CC型和DD型的体重、体长、胸深和胸宽对CD型达到差异及显著水平(p约0.01).本研究检测到的GFI1B基因第八外显子340(G/A)多态性位点可作为贵州白山羊生长性状的候选分子标记.     

贵州白山羊GOLA-DQA1基因多态性及生物信息学分析

目的:通过筛选贵州白山羊GOLA-DQA1基因SNPs位点,为进一步研究MHC基因多态性与山羊免疫性状的相关性提供依据。方法:选取同一生长环境中的贵州白山羊母羊157只构建品种DNA池并进行测序,结合SNPs位点测序峰高比值估算等位基因频率,利用软件对不同基因型的RNA和蛋白质二级结构进行预测。结果:在贵州白山羊DQA1基因发现6个SNPs位点G+2930A(同义突变)、T+2959C(Asn→Ser)、G+3061A(Pro→Leu)、A+3082G(Me→Thr)、C+3463A(Trp→Cys)、C+3525T(Arg→His)。生物信息学分析发现,C+3463A变异位点使RNA二级结构更加稳定;A+3082G变异导致自由能增加,稳定性降低。蛋白质结构预测发现除A+3082G基因型与原序列具有相同的二级结构外,其他基因型均引起蛋白质二级结构的改变。结论:贵州白山羊GOLA-DQA1基因具有丰富的多态性,但SNPs位点等位基因频率差异较大。     

贵州宗地花猪的GDF9基因多态性及生物信息学分析

以贵州宗地花猪和贵州从江香猪2个地方猪种为研究对象,构建基因组DNA池,扩增GDF9基因第1外显子和第2外显子序列,采用直接测序法对2个品种的GDF9基因进行单核苷酸多态性进行检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GDF9基因m RNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在2个品种中共检测到T~(997)A、C~(1009)T、T~(1014)C、G~(1137)T和A~(1196)T 5个SNPs位点,其全位于第二外显子上。T~(997)A、C~(1009)T和A~(1196)T均为错义突变。T~(997)A导致编码的苯丙氨酸(Phe)变为异亮氨酸(Ile)、C~(1009)T导致编码的亮氨酸(Leu)变为苯丙氨酸(Phe)、A~(1196)T导致编码的赖氨酸(Lys)变为甲硫氨酸(Met)。SNPs位点对于GDF9基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。     

贵州地方山羊品种的RAPD分析

用180条引物对黔东南小香羊、贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊4个贵州地方山羊品种(种群),以及南江黄羊和波尔山羊进行RAPD分析,其中27条引物扩增出多态性图谱。这27条引物共扩增出281条带,多态带为115条,平均多态频率为40．92％(范围20％～80％);每条引物平均扩增条带为10．41条(范围4～16条);扩增带分子量在210～2800bp。贵州白山羊与贵州黑山羊之间的遗传距离指数(0．0605)最小,而波尔山羊与其他品种之间的遗传距离指数(0．1059～0．1488)最大。NJ法聚类结果显示,贵州白山羊与贵州黑山羊间的亲缘关系最近,其次为黔北麻羊,而黔东南小香羊与其他3个贵州地方品种的亲缘关系较南江黄羊还远。分析表明,黔东南小香羊在遗传上为一独立的品种;而贵州地方山羊品种间具有较近的亲缘关系,遗传变异较小,具有较高的遗传稳定性。     

高山美利奴羊INHA基因多态性生物信息学分析及与产羔数关联分析

本研究旨在研究高山美利奴羊INHA基因外显子多态性及其与产羔数的相关性。本实验通过比对高山美利奴羊全基因组测序结果中不同个体INHA外显子,分析高山美利奴羊INHA基因的单核苷酸多态性,应用生物信息学软件分析高山美利奴羊INHA基因突变前后不同等位基因的m RNA二级结构、蛋白质的二级结构及三级结构。通过上述分析,将引起高山美利奴羊INHA编码氨基酸变化的位点作为该基因的特异性候选位点,通过直接测序法分析高山美利奴羊特异性候选位点INHA基因多态性,并分析其与产羔数的相关性。结果发现,高山美利奴羊INHA基因外显子区域存在3个SNPs,分别为T206A (Met→Lys)、T387A(Thr→Thr)、G900A (Pro→Pro);INHA基因3个SNPS都改变了RNA的最小自由能以及二级结构,错义突变T206A (Met→Lys)引起蛋白质二级结构和三级结构的改变;高山美利奴羊INHA基因T206A突变表现出3种基因型分别命名为TT、TA、AA,基因型与产羔数关联分析发现TT、TA基因型个体的产羔数极显著高于TT基因型个体(p<0.01)。本研究初步表明INHA基因是影响高山美利奴羊产羔数的一个主效基因。     

从江香猪DRD1基因多态及其生物信息学分析

为揭示猪DRD1基因多态性,本研究以从江香猪为研究对象,以外三元(杜×长×大)杂交猪及贵州宗地花猪为对照,采用DNA池和直接测序技术,筛查DRD1基因所有外显子区SNPs位点;利用生物信息学软件估算等位基因频率并预测SNPs位点对m RNA二级结构的影响。结果表明,在DRD1基因中共筛查到1个SNPs位点,位于5'UTR区为T-182G;从等位基因频率角度分析,从江香猪与贵州宗地花猪估算得到的等位基因频率较一致,与外三元(杜×长×大)杂交猪却存在较大差异;利用RNA secondary structure prediction软件预测,发现m RNA二级结构发生明显变化     

贵州白山羊GOLA-DQA1基因多态性及其与血液免疫指标的关联性

为了解贵州白山羊GOLA-DQA1基因SNPs与血液免疫指标的相关性,本研究采用PCR直接测序技术对122只贵州白山羊周岁羊群体GOLA-DQA1基因Exon1及部分内含子进行多态性的检测,进一步将各突变位点与血液免疫指标进行关联性分析。结果:在试验群体中共发现7个SNPs位点,其中C+36G、C+48T、A+49G、T+65G位于外显子上;A+122G、T+125C、A+129G位点位于内含子上,属于中度多态性(0.5PIC0.25)。存在连锁不平衡现象且各位点均偏离了Hardy-Weinberg平衡,分析发现C+48T、A+49G位点与中间细胞比率具有显著的相关性,其中CT基因型个体的中间细胞比率显著高于CC基因型(p0.05);AG基因型个体中间细胞比率值显著高于AA基因型。由此推断GOLA-DQA1基因C+48T、A+49G位点与贵州白山羊血液免疫指标具有一定的相关性,为山羊抗病育种的辅助选择标记的选择提供一定的参考。     

从江香猪MC4R基因多态性及生物信息学分析

[目的]旨在对3个群体猪MC4R基因进行SNPs筛选,为从江香猪选种选育提供一定的理论基础。[方法]以从江香猪作为研究对象,野猪×从江香猪二元杂交猪和杜×大×长外三元杂交猪作为对照,构建品种DNA池,PCR扩增MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列,采用直接测序法对3个群体的MC4R基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对MC4R基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。[结果]在3个群体中共检测出10个SNPs位点,其中,C860T、G1392A和G1577A位于第2外显子区;G1699A、T1702A、A1870C、G1875A、C2025T、G2073A和A2111T位于3’非编码区序列。C860T为同义突变,G1392A和G1577A为错义突变,分别导致了精氨酸变为组氨酸、天冬氨酸变为天冬酰胺。经分析软件预测,处于第二外显子中的3个SNPs位点对MC4R基因的mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定的影响。[结论]DNA池结合测序技术检测到MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列共10个SNPs。