黄瓜悬浮细胞蛋白质组双向电泳分析技术

为建立适于黄瓜悬浮细胞蛋白质组分析的双向电泳体系,对黄瓜悬浮细胞蛋白质双向电泳分析所采用的胶条pH范围、样品制备方法、裂解液配方及分离胶浓度等参数进行研究。结果表明,采用pH范围为4～7的IPG胶条,直接裂解后丙酮沉淀法制备黄瓜悬浮细胞蛋白质,裂解液为8mol/L尿素、2mol/L硫脲、2%IPG Buffer、4%CHAPS、1%TBP、65mmol/L DTT、2mmol/L EDTA、0.001%溴酚蓝和1%鸡尾酒,分离胶浓度为11%,可获得蛋白质点分离清晰的双向电泳图谱。     

水牛精子蛋白质组双向电泳体系的建立和优化

建立和优化一种适合水牛精子蛋白质组学研究的双向电泳技术。以水牛精子为研究对象,比较两种不同配方的裂解液,以及不同上样量对其2-DE图谱质量的影响。结果显示,以7 mol/L尿素、2 mol/L硫脲、4%CHAPS、1%DTT、0.5%Cocktail of protease inhibitors为裂解液,24 cm胶条上样量200μg时,可获得较好的精子总蛋白质2-DE图谱。运用ImageMaster 2-Dplatinum分析软件检测出约500个蛋白质点,蛋白质大部分分布在等电点5-7之间,分子量范围约40-90 kD。     

小麦小花高纯度线粒体的分离及其蛋白质双向电泳体系建立

应用差速离心和Percoll不连续密度梯度法分离纯化小麦三核期小花线粒体. 在裂解液选择、IPG胶条pH值范围、SDS-PAGE胶浓度及蛋白质上样量等方面对线粒体蛋白质双向电泳体系进行探索和优化,确立了一套适用于小麦小花高纯度完整线粒体的分离方法及其蛋白质双向电泳的技术体系. 结果表明,采用20%、24%和40% Percoll密度梯度和28% Percoll自形成密度高速离心体系,获得了有活性、高纯度且较完整的线粒体;经TCA-丙酮法提取蛋白,以7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,4% CHAPS(W/V),65 mmol/L DTT,0.5% IPG缓冲液(V/V),0.001% 溴酚蓝(W/V)裂解液溶解蛋白,采用17 cm,pH 4～7 IPG胶条和11% SDS-PAGE分离胶,上样量为160 μg,硝酸银染色法,更适合小麦小花线粒体蛋白质组双向电泳分离. 经PDQuest 2DE 8.0.1软件包统计分析,在2-DE图谱上分辨出约150个蛋白点,蛋白点清晰呈圆形,无横条纹干扰,这为利用双向电泳技术在亚细胞水平对线粒体进行蛋白质组学研究与分析奠定了基础,更为进一步分析研究线粒体与雄性不育的关系提供了理论与技术支撑.     

发菜蛋白质组双向电泳技术的建立及优化

为建立适用于发菜(Nostoc flagelliforme)蛋白质组研究的双向电泳技术,对发菜蛋白质的提取、裂解、上样量、IEF及SDS-PAGE电泳等关键步骤进行了优化,结果显示:发菜蛋白质主要分布在pH 4～7范围内,采用改良TCA法可提高提取液中蛋白质的含量和双向电泳图谱的分辨率,裂解液含60 mmol/L DTT,24 cm IPG胶条上样量1.5 mg时不仅提高了蛋白质的溶解性,而且改善了双向电泳的分离效果,得到近800个蛋白点,且蛋白点清晰,图谱分辨率较好.采用优化后的双向电泳体系提高了发菜蛋白质双向电泳的分辨率和重复性,建立起一套适用于发菜蛋白质组分析的双向电泳方法.     

产热凝胶土壤杆菌ATCC31749蛋白质组双向电泳图谱的构建

建立了热凝胶生产茵土壤杆茵茵体总蛋白的蛋白质提取方法和双向电泳方案,确定了使用蛋白质裂解液(7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,1%ASB-14去垢剂,40 mmol/L Tris,0.001%溴酚蓝,1 mmol/L EDTA,1%TBP和1%两性电解质)结合超声破碎法来提取茵体总蛋白的方案为最佳,选择17 cm...     

不同生态型芦苇叶片蛋白质双向电泳系统的筛选和优化

通过优化组合植物蛋白质提取方法及与之匹配的蛋白质裂解液,采用改进的O’Farrel双向电泳系统,以自然生境野生芦苇叶片为材料,筛选出一种适合纤维含量高、革质化明显的4种不同生态型芦苇（水生芦苇、轻度盐化草甸芦苇、重度盐化草甸芦苇、沙丘芦苇）叶片蛋白质分析的双向电泳系统,即以饱和酚－醋酸铵／甲醇沉淀法提取叶片蛋白质样品,经裂解液[8mol／L尿素,2mol／L硫脲,4％CHAPS,65mmol／LDTT,2％Ampholine（pH3．5～10：pH5～8=1：4）]裂解后按80μg上样,银染后获得背景清晰、蛋白质分辨率较高的双向电泳图谱．该系统用于水稻等植物叶片蛋白质双向电泳分析,同样获得较好的电泳图谱和分辨率。     

适用于黄麻根部蛋白质组学分析的双向电泳技术

以黄麻品种'9511'幼苗为试验材料,研究其根部蛋白提取方法的得率及不同的蛋白样品溶解方法、电泳上样量和IPG胶条pH范围对双向电泳图谱的影响.结果表明:采用三氯乙酸(TCA)/丙酮沉淀法提取黄麻根部蛋白质,蛋白得率为80 mg/g;蛋白粉末溶解采用两次水化法,裂解液中含有7 mol/L尿素、2 mol/L硫脲、4% CHAPS、65 mmol/L DTT、0.2%载体两性电解质和1 mmol/L PMSF,能够较充分地溶解蛋白质,且制备的样品浓度能够满足双向电泳上样要求;上样量为400 μg时得到的图谱分辨率高、蛋白斑点分布均匀、清晰;等电聚焦(Isoelectrofocusing,IEF)采用pH 4～7、17 cm的IPG胶条时所得图谱质量最佳.研究表明,样品的制备及IEF有效除盐对获得理想的2-DE图谱非常关键;取材、染色等细节对2-DE的重复性影响很大.     

红曲菌9903A转化体系影响因素的研究

采用PEG介导的原生质体转化方法,研究了将含有潮霉素抗性基因的质粒pMP-Hygro转入红曲菌9903A的影响因素。实验结果表明,原生质体转化最佳条件为:1.0mol/L的山梨醇为渗透压稳定剂;以含有50mmol/L的Ca2 和最终质量分数为40%的PEG4000为转化介质;最佳原生质体浓度和载体DNA用量分别为1×108个/mL、1μg/100μL原生质体;原生质体再生培养基采用不含无机盐的培养基,再生方式采用原生质体液涂布单层再生培基平板法。得到的平均DNA转化率可达160个/μgDNA。本文所研究的PEG介导的原生质体转化方法可以较好的向红曲菌细胞导入外源DNA,并使外源DNA在红曲菌细胞内大量表达。     

洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋白双向电泳的建立与优化

目的:洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋门的分离及双向电泳图谱的建立和优化.方法:用月桂酰基氯酸钠法提取外膜蛋白,以同相pH梯度为第一向和SDS-PAGE为第二向进行双向电泳,对裂解液成分,IPG胶条的pH和凝胶染色方法等进行优化.结果:获得外膜蛋白浓度为2.87μg/μl;最佳裂解液成分为:7mol/L尿素,2mol/L硫脲,4%Chaps,2%pharmalyte,65 mmol/L DTT,0.5%Triton X-100,10mmol/L Tris.结论:提取的外膜蛋白满足双向电泳条件;获得理想的外膜蛋白双向电泳图谱用于后续实验中.     

小麦旗叶高纯度质膜的提取及蛋白质组学双向电泳体系的建立

以生长到Feekes 8.5时期小麦旗叶为试验材料,通过差速离心结合两相法提取 并纯化质膜蛋白,进而在裂解液选择、SDS-PAGE胶浓度及蛋白质上样量等方面对质膜蛋白质双向电泳体系进行了优化.结果表明,采用6.4% PEG 3 350/Dextran T-500 (W/W)两相体系可以获得纯度高达87.9%质膜微囊. 经TCA-丙酮法裂解蛋白,以12% SDS-PAGE分离胶对900 μg质膜蛋白进行双向电泳,在2-DE图谱上可分辨出173个蛋白点. 建立了一套用于小麦旗叶高纯度质膜的提取方法及其蛋白质组学双向电泳体系.     

双向电泳法在家蚕蛋白质分离中的应用

家蚕Bombyxmori(L.)既是重要的经济昆虫,又是鳞翅目昆虫研究的典型模式生物。开展家蚕蛋白质组研究,将有助于阐明家蚕绢丝蛋白的分泌机理,也是研究鳞翅目昆虫及其他生物生命本质的需要。双向电泳是蛋白质分离的关键技术。为探讨适宜家蚕蛋白质组研究的双向电泳条件,以家蚕丝腺、丝腺内容物、蚕卵和血液为材料,在不同条件下进行双向电泳,并对分离的蛋白点进行质谱分析。结果表明:通过改进的蛋白质裂解液辅以超声破碎制备的蛋白质,双向电泳后能够得到较好的2-DE图,也能满足进行MALDI-TOFMS分析的需要。因此本研究方法适用于家蚕不同组织中蛋白质的提取和双向电泳。     

果实蛋白质组学研究的实验方法

双向电泳技术是蛋白质组学研究的基本方法之一。果实由于富含糖、多酚、单宁和有机酸等物质,蛋白质的提取比其它植物组织更加困难。本文主要介绍不同果实蛋白质的提取、等电聚焦系统和凝胶染色技术,并建立了一套适用于桃、樱桃、苹果、芒果和冬枣等多种果实蛋白质组学的研究方法。结果表明,采用匀浆法和酚抽提法提取果实的蛋白质,裂解缓冲液2溶解蛋白质,并用固相pH梯度进行等电聚焦,可以获得背景清晰和分辨率高的凝胶图谱,具有较好的重复性,可用于果实蛋白质组学的研究。我们的研究结果显示,固相干胶条与IEF管胶相比,具有更加明显的优势。而不同的染色方法,对结果影响不大。     

果实蛋白质组学研究的实验方法

双向电泳技术是蛋白质组学研究的基本方法之一。果实由于富含糖、多酚、单宁和有机酸等物质,蛋白质的提取比其它植物组织更加困难。本文主要介绍不同果实蛋白质的提取、等电聚焦系统和凝胶染色技术,并建立了一套适用于桃、樱桃、苹果、芒果和冬枣等多种果实蛋白质组学的研究方法。结果表明,采用匀浆法和酚抽提法提取果实的蛋白质,裂解缓冲液2溶解蛋白质,并用固相pH梯度进行等电聚焦,可以获得背景清晰和分辨率高的凝胶图谱,具有较好的重复性,可用于果实蛋白质组学的研究。我们的研究结果显示,固相干胶条与IEF管胶相比,具有更加明显的优势。而不同的染色方法,对结果影响不大。     

Serum proteomics of lung adenocarcinomas induced by targeted overexpression of c-raf in alveolar epithelium identifies candidate biomarkers

We previously reported a proteome map of lung adenocarcinomas in serine-threonine kinase of the Raf family (c-raf) transgenic mice. We now extend our initial studies to serum proteins at early stage (1 month) and advanced stages of tumorigenesis (12 months). Notably, serum proteins from wild-type and tumor bearing mice were extracted with a lysis buffer containing 5 mol/L urea, 2 mol/L thiourea, 40 mmol/L Tris, 4% CHAPS, 100 mmol/L DTT, 0.5% BioLyte 3-10, separated by 2-DE and studied by image analysis. On average 400 protein spots per gel were excised and analyzed by MALDI-TOF MS. We identified 45 common and 5 uniquely expressed proteins in wild-type and tumor bearing mice. Apart from uniquely identified proteins we observed for n = 9 proteins differential expression when wild-type and tumor bearing mice were compared. This included serpins and other protease inhibitors, lipocalins, transthyretins, globins, and Igs. Notably, we demonstrate significant regulation of alpha-1-antitrypsin, alpha-2-macroglobulin, hemoglobin subunit alpha, vitamin D-binding protein, major urinary proteins, and transthyretin (up to eight-fold) in serum of lung tumor bearing mice. Disease association of these proteins in human malignancies has been reported. Thus, an identification of regulated serum proteins in this lung cancer disease model provides excellent opportunities for the search of novel biomarkers.     

Benefits of heat treatment to the protease packed neutrophil for proteome analysis: halting protein degradation

Neutrophils, cells of the innate immune system, contain an array of proteases and reactive oxygen species-generating enzymes that assist in controlling the invasion of bacteria and pathogens. The high content of intracellular proteolytic enzymes makes them difficult cells to work with as they can degrade proteins of potential interest. Here, we describe the benefits of heat treatment of neutrophils in reducing protein degradation for subsequent proteome analysis. Neutrophils isolated from four healthy volunteers were each divided into three aliquots and subjected to different preparation methods for 2-DE: (i) Heat treatment, (ii) resuspension in NP40 lysis buffer and (iii) resuspension in standard 2-DE lysis buffer. Representative spots found to be statistically significant between groups (p<0.01) were excised and identified by LC-MS/MS, three of which were validated by immunoblotting. Heat-treated samples contained proteins in the high-molecular-weight range that were absent from NP40-treated samples. Moreover, NP40-treated samples showed an increase in spot number and volume at lower molecular weights suggestive of protein degradation. Incorporating heat treatment into sample preparation resulted in the identification of proteins that may not have previously been detected due to sample degradation, thus leading to a more comprehensive 2-DE map of the human neutrophil proteome.     

不产桔霉素的红曲霉菌种深层发酵生产莫纳可林K

对三株在YES培养基中不产桔霉素的红曲霉菌种,在摇瓶中研究了它们液体发酵生产莫纳可林K的情况。在大米粉培养基中,红色红曲霉不产莫纳可林K,但是紫色红曲霉和烟灰色红曲霉均能产莫纳可林K,前者产量高于后者。在葡萄糖．甘油培养基中,后两者的产量均很低,但是如果在该培养基中添加酵母膏,紫色红曲霉能产生较为可观的莫纳可林K。在2L的发酵罐中,利用添加了酵母膏的葡萄糖-甘油培养基,紫色红曲霉在第13d的莫纳可林K产量可达104mg/L,培养过程中无桔霉素产生。     

胡杨异形叶的蛋白质组学研究

通过探索不同的裂解液成分配比和优化2-DE条件,建立了适合胡杨叶蛋白质组学研究的技术体系,同时以同一小枝上的异形叶为试验材料寻找异形叶间差异表达的蛋白质。结果表明：使用含7mol/L尿素、2mol/L硫脲、2% CHAPS、60mmol/L DTT、0.2% 载体两性电解质的裂解液复溶蛋白沉淀的效果好。通过对差异蛋白点的串联质谱鉴定,发现异形叶在光合及呼吸作用方面存在差异。本研究为了解异形叶产生的分子调控机制,揭示胡杨的耐逆性积累了有价值的信息。