蛋白质组研究技术及其进展

“蛋白质组”（ｐｒｏｔｅｏｍｅ）由澳大利亚学者Ｗｉｌｋｉｎｓ和Ｗｉｌｉａｍｓ等于１９９４年提出,指的是由基因组编码的全部蛋白质［１］。今后生命科学的重点将是在蛋白质组水平上揭示生命现象的本质及活动规律。尽管蛋白质组概念的提出至今只不过四年时间,但它的...     

新兴学科“功能离子组学”简介

近年来,在生命科学领域,已经出现了“功能基因组学”（Genomics）和“功能蛋白质组学”（Proteomics）这两门新兴学科。功能基因组学是研究机体内建立在功能基因组（Genome）基础上的,有关机体内全部基因的功能和表达的科学。功能蛋白质组学则是研究机体内建立的蛋白质组（Proteome）基础上的,机体内这些基因产生的全部编码蛋白的功能和表达的科学。     

蛋白质组表达图谱用于基因组功能提示的可行性研究

本文以ＥＣＯ２ＤＢＡＳＥ（Ｅｄｉｔｉｏｎ ６） 为研究材料, 探讨了利用蛋白质组表达图谱提供的生命动态活动信息提高基因组功能提示效果的可行性。在设计出一套较为完整的细胞功能簇（ＣＲＣ）聚类方案的基础上, 经考察,７９ 个蛋白质聚成４ 个不同的ＣＲＣ。结果显示出功能相关的蛋白质趋向于聚集在相同的ＣＲＣ中, 如９ 种氨酰ｔＲＮＡ 合成酶和４ 种热休克蛋白分别准确地聚合到ＣＲＣ２ 和ＣＲＣ３ 中。这些结果提示： 在蛋白质组研究资料比较充分的前提下, 通过有效的算法, 蛋白质组表达图谱可以为基因组功能提示提供非常重要的序列相似性之外的功能信息     

在细胞微生物中发现最短的染色体

日本、西班牙联合研究小组发现生活于木虱科昆虫（以吸食植物汁液为生）体内的“共生菌”，其名称叫Carsonella raddii，实际上它不是真正的共生，而是一种寄生菌，其染色体（基因组）只有160kb（16万碱基对）之长，曾把最小的基因组定为400kb左右，并认为没有“废DNA”，而新发现的craddii也许是进化成昆虫细胞内的一个细胞器，成为该昆虫细胞的组成部分或补偿细胞缺失的基因功能，认为该菌属于蛋白质细菌类（Proteobacteria），寄生于宿主细胞内营寄生生活；另一种“寄生”细胞内的共生菌，     

第18届国际生物化学与分子生物学学术会议将于英国伯明翰举行

国际生物化学与分子生物学联合会（ＩＵＢＭＢ）和欧洲生物化学联合会（ＦＥＢＳ）将于２０００年７月１６日至７月２０日,在英国伯明翰市召开“第１８届国际生物化学与分子生物学学术会议”。会议的主题是：基因组计划完成之后…：在第三个千年中,对分子和细胞的认识与开发。会议主要的论题是：基因组：序列和结构;进化和调控;基因组和生物信息学;基因组：功能分析;基因组的生物技术应用;免疫识别和应答;基因组的实验功能分析;神经退行性变疾病和朊病毒;细胞生长和死亡;酶催化作用：机制和途径;运输和导向;蛋白质折叠;代谢,…     

监护分子在线粒体蛋白质易位中的作用

监护分子在线粒体蛋白质易位中的作用胡义德,钱桂生（第三军医大学新桥医院全军呼吸病研究所,重庆６３００３７）关键词监护分子,线粒体蛋白质易位线粒体蛋白质仅有少部分由线粒体基因组编码,大多数由核基因组编码并在胞液合成线粒体蛋白前体。核基因组编码的蛋白前体...     

“垃圾”基因，垃圾还是宝物？

何谓“垃圾”基因 “垃圾”基因是相对基因而言的。基因是具有遗传效应的特定DNA序列,通俗地讲,基因就是编码某种蛋白质的一段基因。它们就像散落于天幕的星星一样,分散在我们的基因组中。而在这些基因间存在的大片大片的DNA片段是不能编码蛋白质的,即“非编码序列”。由于功能不清,美国加州理工学院的大野·乾于1972年提出用“垃圾基因”（junk DNA）来形容它们。     

血吸虫蛋白质组学研究获得重大进展

国家人类基因组南方研究中心、中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所、上海瑞金医院、复旦大学和美国、澳大利亚的科研人员最近在血吸虫功能基因组和蛋白质组研究方面获得重大进展，《公共科学图书馆》（Public library of science pathogens）病原卷日前在网站上发表了相关论文。     

社鼠（Niviventer confucianus）线粒体基因组全序列分析

社鼠（Niviventer confucianus）属于啮齿目（Rodentia）、鼠科（Muridae）、白腹鼠属（Niviventer）,关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列,提取其基因组总DNA,参照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物,利用PCR扩增全部片段后进行测序,之后对其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明,社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp（GenBank收录号：KJ152220）,包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区;基因组核苷酸组成为34.0%A、28.6%T、24.9%C、12.5%G。将所得序列与社鼠近缘物种（川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠）的线粒体全基因组进行比较,结果显示,四个物种的线粒体基因组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区长度和碱基组成上有差异,但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体全基因组间的遗传距离显示,社鼠与川西白腹鼠距离最近,而与小家鼠距离最远。该研究为利用线粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。     

广西华珊瑚蛇线粒体基因组全序列测定与分析

本研究对眼镜蛇科广西华珊瑚蛇（Sinomicrurus peinani）线粒体基因组序列进行测定与分析,并探究其与近缘种的系统发育关系。结果表明,广西华珊瑚蛇线粒体基因组是一条全长19 477 bp的环状DNA,基因组碱基构成为A（33.4%）、T（28.1%）、C（26.6%）和G（11.9%）。共编码38个基因,包含2个核糖体RNA（rRNA）基因、22个转移RNA（tRNA）基因、13个蛋白质编码基因及1个线粒体基因控制区（D-loop）。13个蛋白质编码基因均采用AUG作为起始密码子,UAA和UGA作为终止密码子;蛋白质编码基因编码频率较高的氨基酸分别为亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（Ile）、苏氨酸（Thr）和丝氨酸（Ser）;相对密码子使用度（RSCU）频率最高的4个密码子依次是CGA、UGA、CUA和CCA。22个tRNA,除tRNASer（一臂两环）外其他均可形成典型三叶草结构。基于眼镜蛇科线粒体基因组系统发育分析结果表明,与广西华珊瑚蛇关系最密切的是中华珊瑚蛇（Sinomicrurus macclellandi）,其次是孟加拉眼镜蛇（Naja kaouthia）与眼镜王蛇（Ophiophagus hannah）。     

正在来临的糖组学

基因组学和蛋白质组学已相继来临 ,受到了人们的关注。糖组学也悄然跟随 !1 .基因组、蛋白质组、糖组Ｃｒｉｃｋ于 1 95 8年提出“ＤＮＡ→ＲＮＡ→蛋白质”作为基因信息传递的中心法则。事实上 ,生物体内的信息流并不终止于蛋白质。不仅是蛋白质还可引发一系列的生物效应 ,而且作为蛋白质的酶还可以催化合成许多各种类型的、具有生物活性的分子 ,糖类就是其中最重要的一类。结构多变、功能多样的聚糖是由一组蛋白质协同作用而合成的 ,这些蛋白质主要是众多的糖基转移酶 ,以及一些糖苷水解酶。因此可以认为 ,“蛋白质→糖类”是基因信息传递…     

“后基因组时代”的生物学

在2001年提前完成《人类基因组计划》目标后,更艰巨的任务是阐明基因组的功能,即细胞的全部基因表达图式和全部蛋白质图式。分子生物学的重点将从“基因组转到蛋白质组”。生物学也将进入一个新时代──后基因组时代。本文讨论了后基因组时代生物学在方法论上的特征、主要研究领域和发展前景。未来生物学将从基因组而不只是个别基因的功能调控及不同生物基因组比较进化的观点重新探讨生物的遗传、发育和进化的关系以及功能活动等问题。     

北京蛋白质组研究中心被确立为国际总部

北京蛋白质组研究中心成立暨人类蛋白质组研究国际学术研讨会日前在北京举行,国际人类蛋白质组计划各分计划主席等多位国际知名科学家云集北京,共同交流人类蛋白质组计划的最新研究成果,共谋未来发展大计。此次会议的召开标志着人类蛋白质组计划研究进入了一个新的发展阶段,新建成的北京蛋白质组研究中心已经被正式确立为人类肝脏蛋白质组计划的国际总部。旨在全面解读人类基因组“天书”的人类蛋白质组计划诞生于2001年2月,此后相继启动了人类血浆、肝脏等多个蛋白质组研究分计划。由中国科学院院士、北京蛋白质组研究中心主任贺福初领衔的…     

SARS病毒研究进展

简要阐述了导致“非典”的病毒的形态学、分类学、病毒基因组、蛋白质组、病毒的检测和SARS病预防疫苗和诊断与治疗约物的研究进展。     

《基因组研究中的计算法》

《基因组研究中的计算法》（Computationalmethodsingenomeresearc）由SandorSuhai编著,1994年Plenum出版社出版,227页。该书有下列章节：计算科学能否跟上基因绘图和测序的技术要求;人体基因组规划信息学和实验;科学应用的数据处理工具;构架、状态和基因组应用;ACEDB基因组数据库;综合基因组数据库（IGD）;遗传绘图概况;相关数据库中代表性基因组绘图;染色体19综合绘图Livermore实用方法;搜寻蛋白质顺序数据库-是否最适宜;搜寻生物顺序数据库的算法进展;基因组和蛋白质顺序模式识别：统计有效性问题概况;进化系谱树的…     

真核细胞质膜蛋白质组研究进展

细胞膜（质膜）蛋白质是细胞的“门铃”与“门户”,是许多药物的作用靶标。细胞质膜蛋白质组的研究正成为蛋白质组研究的热点,这方面的研究有利于具有重要功能的低丰度蛋白质的发掘,为药物研发和疾病的诊断提供靶体与标记蛋白质。然而,质膜蛋白质组的研究在强疏水性跨膜蛋白质和低丰度膜蛋白质的分离和鉴定上遇到了方法学的挑战。本文对质膜及其微区的纯化、质膜蛋白质组的分离与鉴定、生物信息学,以及亚细胞定位研究的近期进展作扼要介绍。     

组织芯片技术、应用及其发展

1概述 随着基因组、转录组及蛋白组的广泛、深入开展,研究者们发现了大量重要的基因与蛋白质,有望作为疾病预测（prediction）、预防（prevention）、疾病（早期）诊断及个性化治疗（personalized therapy）的分子靶标或药物作用靶点。并迫切需要一种高通量的研究工具来进一步探讨这些生物大分子在人体组织中的表达与疾病的内在联系．     

昆虫差异蛋白质组: 进展和展望

黑腹果蝇Drosophila melanogaster、家蚕Bombyx mori、意大利蜜蜂Apis mellifera和冈比亚按蚊Anopheles gambiae等昆虫的基因组测序已经基本完成,蛋白质组学技术将是阐明这些基因组功能的重要工具。本文综述了应用差异蛋白质组学技术在昆虫诱导性免疫、抗性机制和分子病理研究方面取得的一些成果：（1） 细菌、真菌、脂多糖或机械损伤诱导的昆虫血淋巴或血细胞来源细胞系的蛋白质表达的改变; （2） Bt抗性昆虫中肠刷状缘膜和抗锥虫采采蝇Glossina morsitans唾液腺多种蛋白质表达的改变; （3）化学农药处理和姬蜂Chelonus inanitus携带的多分DNA病毒引起的昆虫蛋白质组的变化。最后讨论了昆虫差异蛋白质组学研究的瓶颈与对策。     

人类基因组学的新战略：全基因组随机测序

人类基因组学的新战略：全基因组随机测序吴家睿（中国科学院上海生物化学研究所,上海２０００３１）关键词人类基因组ＤＮＡ测序遗传图谱物理图谱人类基因组计划（ＨＧＰ）的战略构想是,以“作图”（Ｍａｐｐｉｎｇ）为测序的基础。也就是说,首先将人类的整个基因组一...     

卫星,小卫星和微卫星DNA—真核生物基因组的串状重复序列

卫星、小卫星和微卫星ＤＮＡ——真核生物基因组的串状重复序列姜运良（山东农业大学动物科技学院,山东泰安２７１０１８）关键词卫星小卫星微卫星串状重复序列真核生物基因组中编码蛋白质（酶）的结构基因只占很少的一部分（１０％～２０％）,其余大部分是重复序列。根...