微卫星位点在Q型烟粉虱入侵种群中的多态性分析

近年来烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)Q型入侵我国并在部分地区取代B型成为了烟粉虱优势生物型。外来物种的入侵过程及农药使用等因素可影响种群的遗传多样性水平及其遗传结构。本研究分析了4个微卫星位点在Q型烟粉虱入侵种群的多态信息含量(PIC),并在此基础上进行了遗传多样性分析。结果表明这些微卫星位点在Q型烟粉虱入侵种群中具有中度或高度多态性,说明微卫星位点能有效分析Q型入侵种群的遗传多态性。本研究为利用微卫星标记研究Q型入侵种群的遗传结构奠定了基础。     

从松属相关物种筛选红松微卫星标记及其种群遗传多样性分析

近缘物种筛选法是获取微卫星引物的主要方法之一。利用松属植物EST-SSRs的种间通用性,从马尾松微卫星引物中筛选出红松EST-SSR标记,并与已有的红松基因组SSR标记进行对比分析。采集长白山露水河红松母树林4个种群的248个样本,分析种群遗传多样性。结果表明:马尾松与红松的种间通用率为27.27%,松属内不同亚属物种间的种间通用性偏低;与红松基因组SSRs相比,EST-SSRs的单位点等位基因数(N a)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等遗传多样性参数均较低;用2组引物分析4个种群的遗传多样性,发现有效等位基因均能反映出不同种群遗传变异的趋势,基因多样性均能反映出遗传同一性的差异,说明两组引物都能准确地反映红松种群的遗传多态性水平,新筛选的EST-SSRs可以用于红松种群遗传多样性研究。     

Study on genetic diversity of mangrove plant Aegiceras corniculatum populations in Guangxi

采用RAPD-PCR方法探讨广西3个不同生境下桐花树种群的遗传多样性和遗传分化.结果表明:3个不同生境桐花树RAPD扩增多态百分率为20.2%,3个不同生境桐花树种群两两之间的遗传距离分别为0.195、0.169、0.26,平均遗传距离为0.208.同一种群不同个体的扩增多态百分率最高为37.28%,其次为20.93%,最小的为19.32%.Shannon's遗传多样性指数3个种群分别为0.331、0.225和0.17,其大小顺序与多态百分率的结果一致.种群内遗传多样性比率为62.3%,种群间遗传多样性比率为37.7%.说明广西3个不同生境的桐花树种群的遗传变异大部分存在种群内,种群间遗传变异较小.     

广西红树植物桐花树种群遗传多样性分析

采用RAPD-PCR方法探讨广西3个不同生境下桐花树种群的遗传多样性和遗传分化。结果表明:3个不同生境桐花树RAPD扩增多态百分率为20.2%,3个不同生境桐花树种群两两之间的遗传距离分别为0.195、0.169、0.26,平均遗传距离为0.208。同一种群不同个体的扩增多态百分率最高为37.28%,其次为20.93%,最小的为19.32%。Shannon’s遗传多样性指数3个种群分别为0.331、0.225和0.17,其大小顺序与多态百分率的结果一致。种群内遗传多样性比率为62.3%,种群间遗传多样性比率为37.7%。说明广西3个不同生境的桐花树种群的遗传变异大部分存在种群内,种群间遗传变异较小。     

梨小食心虫微卫星标记的扩增稳定性及多态性分析

【目的】筛选适合我国梨小食心虫Grapholita molesta种群遗传学研究的微卫星位点,并依据所筛选的微卫星位点进行梨小食心虫地理种群的遗传多样性分析。【方法】利用欧洲梨小食心虫和苹果蠹蛾Cydia pomonella种群中已报道的11个微卫星位点, 分析各位点在我国12个种群257头梨小食心虫样本中的扩增稳定性,再进行其多态性分析,筛选适合的位点,然后进行种群遗传多态性分析。【结果】在分析的11个微卫星位点中, 位点Gm01, Gm03, Gm04和Cyd15无法稳定扩增; 位点Gm05扩增成功率较低, 位点Gm07遗传多态性较低; 而位点Gm02, Gm06, Gm08, Gm09和Gm10等扩增效果稳定且遗传多态性丰富。这5个稳定扩增的微卫星位点平均等位基因数量（N_A）为7.417~12.500, 平均观察杂合度（H_o）为0.366~0.655, 平均期望杂合度（H_e）为0.642~0.846, 多态信息含量（PIC）为0.800~0.935。【结论】本研究成功筛选出位点Gm02, Gm06, Gm08, Gm09和Gm10等5个微卫星位点。基于这5个微卫星位点标记的结果显示, 山东和陕西不同梨小食心虫地理种群均具有丰富的遗传多样性。 这5个位点可以适用于我国梨小食心虫种群的进一步遗传分析研究。     

喜马拉雅旱獭种群微卫星变异及遗传多样性

为了解不同地理种群喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的种群数量变化并探讨其内在的遗传学机制,通过构建部分基因组文库的方法筛选出8个高变异微卫星位点,根据微卫星位点的测序结果设计相应引物,PCR扩增检测了青藏高原4个地理种群(德令哈、乌兰、沱沱河、安多)喜马拉雅旱獭的遗传多态性及其种群结构.研究结果显示:8个位点在喜马拉雅旱獭种群中均为高度多态,观察等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量分别为4.75、3.033 2、0.610 2;喜马拉雅旱獭种群总的期望杂合度和观察杂合度分别为0.670、0.699;3个喜马拉雅旱獭种群显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)偏离H-W平衡状态,且这些偏离平衡的位点均由杂合过度导致(FIS＜0);喜马拉雅旱獭种群的部分位点已经偏离了突变-漂移平衡.结论:筛选出的8个微卫星位点适合于喜马拉雅旱獭种群遗传多样性的研究,所研究的喜马拉雅旱獭种群有较高的遗传多样性,安多地理种群在近期可能经历过瓶颈效应,种群数量曾经下降.     

利用非损伤性方法评估神农架保护区川金丝猴种群遗传多样性

湖北神农架国家级自然保护区是中国川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)的重要分布区之一,为了更好地了解神农架川金丝猴种群遗传结构,并制定有效的保护对策,采集了该保护区2个川金丝猴种群126份样品,其中分布在大龙潭的人工补食种群粪便样品60份,分布在千家坪的一个小种群粪便样品63份、肌肉样品3份。通过应用线粒体DNA(mtDNA)引物和筛选出的9对近缘微卫星位点成功地进行了川金丝猴种群的遗传多样性和遗传结构分析,同时使用Y染色体相关标记方法进行性别鉴定。结果显示:在24份川金丝猴mtDNA D-loop区401bp序列中,共检测出27个变异位点,定义了20个单倍型,单倍型多样性(h)为0.9820,核苷酸多样性(π)为0.0129;其中有9对微卫星位点能够在117份粪便样品DNA中稳定扩增,2对位点可能偏离Hardy-Weinberg平衡,平均有效等位基因数(Ne)为3.85,遗传杂合度(Ho)为0.7450;多态信息含量(PIC)为0.5950。使用Y染色体标记方法,在58个特有的基因型中检测到18个雄性和40个雌性川金丝猴。微卫星标记和mtDNA D-loop区基因序列均表明神农架川金丝猴存在较丰富的遗传多样性,同时2个取样点川金丝猴种群间出现了明显的遗传分化。     

可可西里自然保护区藏羚羊的微卫星多态性研究

藏羚羊是我国特有的珍稀濒危动物,对其开展遗传多样性的研究具有非常重要的科学价值。为了获取足够的遗传信息并进一步研究藏羚羊在核基因水平上的遗传多样性,对来自可可西里地区的75个藏羚羊干皮张样本进行了微卫星遗传多样性研究。研究从来自牛和绵羊的25个微卫星基因座中筛选到9个具有高度多态性的微卫星基因座(MCM38,MNS64,IOBT395,MCMAI,TGLA68,BM1329,BMS1341,BM3501和MB066)。用非变性聚丙烯凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了这9个微卫星基因座的等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度等指标并估算了种群数量。结果在75只藏羚羊中共检测到85个等位基因,9个微卫星基因座的等位基因数为7~12个,平均每个基因座检测到9.4个等位基因,有效等位基因数为处于4.676~9.169之间,平均为6.519;基因频率分布在0.007~0.313之间,多态信息含量在0.753~0.881之间,平均为0.818;观察杂合度为0.791~0.897,平均为0.844,期望杂合度为0.786~0.891之间,平均为0.838±0.0132,各基因座观察杂合度与期望杂合度比较接近。固定指数为-0.269~-0.097,平均为-0.163。Shannon’s指数为1.660~2.315,平均为1.990。种群数量的估算结果显示这75个体均来自同一种群。结果表明该种群在核基因水平仍具有丰富的遗传多样性。     

凉水国家自然保护区天然红松种群遗传多样性在时间尺度上变化的cpSSR分析

应用叶绿体微卫星（cpSSR）技术对凉水国家自然保护区天然红松种群的遗传多样性在时间尺度上的变化进行了遗传分析。共选择121个树龄在1 581~1 900年间的红松个体,连续分为6个龄级。从6对叶绿体SSR引物筛选出两对引物,共检测到7个位点,其中多态位点5个,多态位点比率为71.43%。利用POPGENE分析软件计算了红松各龄级内的遗传多样性指数,分析了遗传多样性在红松各龄级间的变化。研究结果表明,凉水保护区内的红松遗传多样性在这320年间没有发生太大的波动,龄级间遗传多样性分化不明显,红松遗传多样性主要存在于龄级内。     

三个野生群体日本囊对虾遗传多样性的SSR分析

为了解野生种群日本囊对虾遗传分化和改良遗传育种,用SSR技术对福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)3个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。采用了10对微卫星引物对3个野生种群进行分析,10个微卫星位点在3个种群中均表现为高度的多态性,每个位点平均检测到3.87个等位基因;平均多态信息含量为0.5893;3个群体的观测杂合度分别为0.6243、0.5704、0.4661,全部群体观测杂合度平均为0.5536;期望杂合度分别为0.7193、0.6189、0.6226,全部群体平均期望杂合度为0.6536。这说明3个野生种群在10个微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示厦门群体和湛江群体的遗传距离较近。     

桑氏链霉菌KJ40全基因组测序及分析

【背景】桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii)KJ40是一株具有防病、促生多重功能的放线菌,有作为生物农药的潜力。目前还没有相关研究报道S.sampsonii全基因组序列,这限制了其功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等研究。【目的】解析S.sampsonii KJ40的基因组序列信息,以深入研究该菌株防病促生机制及挖掘次级代谢产物基因资源。【方法】利用Illumina HiSeq高通量测序平台对KJ40菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测和功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇、共线性分析等。【结果】基因组最后得到9个Scaffolds和578个Contigs,总长度为7 261 502 bp,G+C%含量平均为73.41%,预测到6 605个基因、1 260个串联重复序列、804个小卫星序列、67个微卫星序列、90个tRNA、9个rRNA和19个sRNA。其中,2 429、3 765、2 890、6 063和1 911个基因分别能够在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库提取到注释信息。同时,还预测得到21个次级代谢产物合成基因簇。基因组测序数据提交至NCBI获得Gen Bank登录号:LORI00000000。S.sampsonii KJ40与Streptomyces coelicolor A3(2)、Streptomyces griseus subsp.griseus NBRC 13350三株链霉菌基因组存在翻转、易位等基因组重排,3个基因组共有1 711个蛋白聚类簇。【结论】研究为从基因组层面上解析KJ40菌株具有良好促生防病效果的内在原因提供基础数据,为深入了解链霉菌次级代谢合成途径提供参考信息,对S.sampsonii后续相关研究具有重要意义。     

元宝草化学成分的研究

目的　研究中药元宝草 (HypericumsampsoniiH .)的化学成分。 方法　用乙醇或甲醇回流提取 ,聚酰胺柱色谱和重结晶分离 ,FT -IR ,MS ,UV ,1HNMR等方法确定结构。结果　分得了 4个化学成分 ,分别为芦丁 ,金丝桃苷 ,槲皮素和金丝桃素。结论　 4种化合物均为首次从元宝草中分得和检出。     

元宝草培养物的总黄酮含量

元宝草 (ＨｙｐｅｒｉｃｕｍｓａｍｐｓｏｎｉｉＨａｎｃｅ)为藤黄科金丝桃属植物 ,分布于陕西及江南各地。全草入药 ,用于止血、生肌、调经、抗风湿 ,治疗内出血、肝炎、坐骨神经痛、牙痛和疮肿毒等症效果明显[1,2 ] 。金丝桃属的一些种在国内外民间被广泛作为药用 ,特别是该属所含的金丝桃素具有抗抑郁、抗病毒和治疗脑瘤的辅助作用 ,以及在癌症的光化学治疗及创伤治疗方面的应用 ,引起医药界的极大重视。国内外对贯叶连翘 (Ｈ .ｐｅｒｆｏｒａｔｕｍＬｉｎｎ .)的研究已相当深入[3～ 5] ,人们一直认为金丝桃素为抗抑郁主要活性成分 ,但近…     

桑氏链霉菌几丁质酶ChiKJ40基因的克隆表达及其抑菌作用

【背景】目前关于桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii)生防基因的研究不多,仅从其基因组中克隆了2个几丁质酶基因片段,其单个几丁质酶的完整基因序列相关研究未见报道。【目的】克隆S.sampsonii KJ40的几丁质酶基因Chi KJ40并进行原核表达,纯化重组蛋白并研究其抑菌作用。【方法】采用PCR扩增法从S.sampsonii KJ40中克隆几丁质酶基因Chi KJ40,连接到表达载体p ET-32a,导入Escherichia coli BL21(DE3)进行诱导表达。使用His标记蛋白质微量纯化试剂盒对重组几丁质酶进行纯化,Bradford蛋白浓度测定试剂盒测定粗酶液和纯化酶液的浓度,几丁质酶试剂盒测定粗酶液和纯化酶液的几丁质酶活性。观察重组几丁质酶对桉树焦枯病菌(Cylindrocladium scoparium)、栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)、链格孢菌(Alternaria alternate)、紫丝核菌(Rhizoctonia violacea)几种致病真菌的抑菌作用。【结果】Chi KJ40基因(登录号为MF434484)在E.coli中经IPTG诱导表达,获得42 k D的重组几丁质酶,不同浓度IPTG在37°C诱导3 h,蛋白产量无明显变化。0.2 mmol/L IPTG 16°C诱导过夜,重组几丁质酶主要以可溶性形式存在于上清,小部分以包涵体存在于沉淀中。粗酶液几丁质酶活性为0.080 U/m L,酶比活力为0.041 U/mg,纯化酶液几丁质酶活性为0.046 U/m L,酶比活力为0.115 U/mg,纯化倍数为2.8,酶活回收率为57.5%。重组几丁质酶处理后,C.scoparium、C.parasitica和A.alternata菌丝细胞出现分节、膨胀,R.violacea菌丝溶解且部分被破坏成碎片。【结论】Chi KJ40基因的研究补充了S.sampsonii的生防背景,为几丁质酶基因找到了新的来源,并为其应用奠定了理论基础。     

Isolation, characterization and antifungal activity of Streptomyces sampsonii GS 1322

For new antifungal antibiotics from actinomycetes, a strain of Streptomyces GS 1322 was isolated from a sample of garden soil. The strain was found to possess antagonistic activity against four fungi i.e., Candida albicans, Aspergillus niger, Microsporum gypseum and Trichophyton sp. The strain was identified as Streptomyces sampsonii and the antifungal compound produced by it was found to be the heptaene group of polyene antibiotics.     

金丝桃属9种植物种子形态及其系统学讨论

对金丝桃属5组9种植物的种子进行了宏观及微观形态学研究,以探讨岐山金丝桃的系统位置。结果显示,种子形态特征在本实验观察的5个组之间有明显差异。其中金丝桃组种子外形较为细长,种皮纹饰为狭长而规则的矩形网纹;黄海棠组种子稍粗,种皮纹饰为长宽近等的多边形(稀矩形)网纹;元宝草组的元宝草、贯叶连翘组的贯叶连翘以及挺茎遍地金组的云南小连翘种子均较小,元宝草种皮纹饰为负网纹,贯叶连翘种皮纹饰为相邻网纹间有间隙的近圆形网纹,云南小连翘种皮纹饰为复网纹。研究显示,岐山金丝桃的种子形态与黄海棠组最为接近,支持岐山金丝桃归于黄海棠组。     

Sulfonated xanthones from Hypericum sampsonii

Xanthones, 1,3-dihydroxy-5-methoxyxanthone-4-sulfonate and 1,3-dihydroxy-5-O-beta-D-glycopyranosylxanthone-4-sulfonate, together with nine known compounds were obtained from H. sampsonii. This is the first report of sulfonated xanthonoids. Furthermore, compounds 1 and 2 exhibited significant cytotoxicity against the P388 cancer cell line.     

人类群体遗传空间结构对应分析中的“蹄型效应”及其遗传学解释

探讨了人类群体遗传结构对应分析中“蹄型效应”的产生机制及其遗传学解释。从分析基因频率矩阵的结构特点入手,以实例验证和比较了对应分析中散点图的结构特征。发现当基因频率矩阵的结构不同时,其对应分析中散点图的分布模式不同;当基因频率矩阵中存在稀有基因时,其对应分析的散点图则呈现明显的“蹄型效应”。“蹄型效应”经常会歪曲潜在遗传结构的真实形态,其产生主要是因为对应分析中的c2距离不相似测度高估了稀有基因的作用。在人类群体遗传结构对应分析中,当出现“蹄型效应”效应时,需认真分析基因频率矩阵的结构,寻找“蹄型效应”产生原因并给出合理的遗传学解释,以免做出错误结论。     

濒危植物水青树的种群结构与数量动态

以种群生命表及生存分析理论为基础,将林木依胸径大小分级,以林木径级结构代表年龄结构,采用分段匀滑技术,编制四川草坡自然保护区水青树Tetracentron sinense种群特定时间生命表,绘制存活曲线、死亡率曲线、消失率曲线、生存函数曲线,分析种群数量特征;同时结合时间序列模型,分析该种群数量的动态变化。结果表明：(1)草坡自然保护区的水青树的年龄结构表现为稳定型,虽然幼苗较多,但幼树死亡率高,种群处于衰退早期;(2)水青树种群死亡率和消失率曲线变化趋势基本一致,均在第Ⅲ龄级出现一高峰,即幼树死亡率较高;存活曲线趋于Deevey-Ⅱ型;(3) 4个生存函数曲线表明,水青树种群具有前期锐减、中后期相对稳定和末期衰退的特点,其种群处于衰退早期;(4)种群的时间序列预测模型分析表明,在未来9年水青树种群数量将下降,老龄个体逐渐增多,幼龄株数更显不足,呈衰退势态。     

海南岛蕨类植物新资料

记录海南蕨类植物新分布15种,这15种植物是毛叶粉背蕨(Aleuritopteris squamosa)、光脚短肠蕨(Allantodia deoderleinii)、淡绿短肠蕨(Allantodia virescens)、台湾车前蕨(Antrophyum formosanum)、岭南铁角蕨(Asplenium sampsonii)、薄叶阴地蕨(Botrychium daucifolium)、黑足鳞毛蕨(Dryopteris fuscipes)、太平鳞毛蕨(Dryopteris pacifica)、爪哇鳞始蕨(Lindsaeajavanensis)、黑鳞剑蕨(Loxogramme assimilis)、网脉海金沙(Lygodium subareolatum)、三轴凤尾蕨(Pteris longipes)、翠绿凤尾蕨(Pteris longipinnula)、布郎卷柏(Selaginella braunii)和高雄卷柏(Selaginella repanda)。海南现有蕨类植物已达到约450种(包括变种)。