基于网络药理学和分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制

基于网络药理学及分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制。利用中药系统药理学平台,结合文献报道,获取清震汤中3味中药的活性成分和作用靶点,借助UniProt数据库对靶点蛋白名称进行规范。通过DrugBank、GeneCards等数据库获取偏头痛相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到清震汤治疗偏头痛的潜在作用靶点。通过STRING平台构建潜在靶点PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因,运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析,采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-通路”调控网络并进行拓扑分析,使用Autodock软件进行分子对接验证。网络药理学分析结果显示,清震汤中治疗偏头痛可能与槲皮素、山奈酚、豆甾醇等40个化学成分有关,IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等为关键靶点。富集分析得到GO条目436条,KEGG通路92条,主要涉及TNF信号通路,神经信号传递通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。该研究初步表明,清震汤中多种活性成分通过作用于IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等关键靶点,调节多条信号通路,发挥治疗偏头痛的作用。     

基于网络药理学和分子对接探索桑白皮治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

本研究运用网络药理学和分子对接方法对中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的活性成分、潜在作用靶点和信号通路进行研究,探索桑白皮治疗DPN的可能作用机制。首先从中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出桑白皮的活性成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出DPN的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶基因-疾病”中药调控网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。其次从活性成分及靶点基因中根据degree值筛选出前3个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前3个核心靶点,然后从RCSB数据库下载相关蛋白的结构,使用Pymol软件去除溶剂分子与配体,使用AutoDock软件进行分子对接。最后通过酶联免疫吸附实验和荧光光谱实验验证网络药理学富集分析的结果。最终预测到31个桑白皮活性成分,312个活性成分相关靶点,120个桑白皮-糖尿病周围神经病变共同有效靶点。活性成分中度值最高的为槲皮素,其次为山柰酚。PPI网络核心基因为转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、转录因子p65(RELA)、丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素6(IL-6)等;GO富集分析显示会影响基因的转录、细胞因子表达和蛋白激酶活性等;KEGG通路富集分析显示AGE-RAGE信号通路、流体剪切力和动脉粥样硬化为显著性最高的通路,其次为卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、MAPK信号通路、人巨细胞病毒感染、TNF信号通路。分子对接结果显示关键成分中槲皮素与对应靶点具有较好的结合活性。酶联免疫吸附实验提示桑白皮能够降低IL-6和TNF-α的表达,荧光光谱实验证实桑白皮能够减少AGEs。可见中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变具有多成分、多靶点、多功能、多通路的作用特点,其潜在的作用机制可能与AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪抗肝癌的作用机制研究

基于网络药理学及分子对接探讨黄芪抗肝癌的活性成分与分子作用机制。通过TCMSP数据库获取黄芪活性成分,Swiss Target Prediction预测成分靶点,采用Genecards数据库与OMIM数据库搜集肝癌靶点,Venny相映射黄芪抗肝癌的作用靶点,String数据库结合Cytoscape 3.7.2软件绘制肝癌靶点的蛋白相互作用网络(PPI)及"黄芪-成分-通路-肝癌"相互作用网络,DAVID数据库对核心靶点基因功能富集和通路富集分析。Surflex-Dock软件对黄芪关键成分与核心靶点进行分子对接验证。MTT法检测槲皮素、毛蕊异黄酮、山奈酚、芒柄花素、异鼠李素及华良姜素对肝癌细胞(HepG2)的影响。RT-qPCR法验证华良姜素对TP53、MAPK1、AKT1、IL6、MAPK8与VEGFA基因表达相对水平。本研究筛选出20个黄芪活性成分,涉及202个作用靶点及其100条KEGG信号通路,GO分析为487条生物功能。网络药理学分析黄芪可能是通过TP53、MAPK1、AKT1、IL6、MAPK8与VEGFA等关键靶点起到抗肝癌作用。分子对接表明靶点与成分有一定的结合性。MTT表明华良姜素对肝癌细胞(HepG2)的抑制作用较强于其他五个成分。RT-qPCR验证不同浓度的华良姜素对6个基因的表达量均为上调趋势,与KEGG通路分析所涉及基因一致。本研究初步探讨黄芪治疗肝癌具有多靶点、多通路的潜在作用机制,为后续验证黄芪抗肝癌的分子机制提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨金钱草治疗痛风的作用机制

本研究采用网络药理学和分子对接方法探讨金钱草治疗痛风的作用机制。通过检索TCMSP、TCMID、ETCM、Sym-Map、BATMAN-TCM数据库,并在PubMed、中国知网、万方数据库进行文献挖掘,获取金钱草活性成分;通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集痛风靶点,并将活性成分靶点与疾病靶点取交集,得到金钱草治疗痛风的预测靶点;采用Cytoscape软件构建活性成分-预测靶点的网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络;采用分子对接对网络分析结果进行验证;通过RStudio软件进行GO和KEGG通路的富集分析。结果筛选得到金钱草15个活性成分,涉及99个作用靶点,其中,主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、异鼠李素等;核心靶点包括IL6、AKT1、MAPK8、IL1B、JUN、MAPK1、VEGFA、CXCL8、PTGS2、EGF、MMP9、RELA、CCL2等;分子对接显示主要活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。富集到GO生物过程(biological process)1 999条、分子功能(molecular function)137条、细胞组分(cellular component)55条;KEGG通路133条,包括TNF、IL-17等信号通路。本研究初步揭示了金钱草可能通过多个成分,多个靶点,多条信号通路协同发挥治疗痛风的作用,为其深入研究提供了基础。     

基于生物分子网络和分子对接研究槲皮素抗宫颈癌的机制

为了研究槲皮素抗宫颈癌的网状作用机制,本研究运用TCMSP、Swiss TargetPrediction、CTD、GeneCards、DisGeNET、Open Targets数据库及STRING平台,筛选并构建槲皮素抗宫颈癌靶点网络及蛋白互作网络;利用OmicShare云平台进行靶点GO功能富集分析;通过DAVID 6.8平台进行靶点KEGG通路富集分析;应用AutoDuck Vina软件进行分子对接,分析槲皮素与主要靶点的亲和力。结果发现槲皮素能作用于TP53、MYC、VEGFA、STAT3、CCND1、AKT1、CASP3等宫颈癌主要靶点,且亲和力高于原配体;调控p53、Apoptosis、PI3K-Akt、Jak-STAT等信号通路,具有阻滞宫颈癌细胞周期进程,诱导其凋亡,抗肿瘤血管形成等多重抗癌机制,可作为宫颈癌潜在治疗药物进一步研究。     

基于网络药理学和分子对接探析槲皮素对抑郁的作用机制

应用网络药理学及分子对接技术探究槲皮素治疗抑郁的潜在机制。从SwissTargetPrediction、Superpred数据库中筛选出“槲皮素”相关靶点;从OMIM、Genecards数据库中筛选出“抑郁”的相关靶点。通过Jvenn获得二者的共同蛋白质靶点信息后,使用Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并对hub基因进行筛选。使用David平台对相同靶点进行GO、KEGG等富集分析。最后采用分子对接技术进行准确性检验。PPI网络中共有103个节点,536条边,其中SRC、MTOR、EGFR、AKT1、PTK2等靶点度值排名较高。GO、KEGG富集分析结果表明,槲皮素对抑郁的作用主要涉及凋亡过程的负向调节、信号转导、蛋白磷酸化反应等生物学过程。信号通路主要包括HIF-1、ErbB、磷脂酶D信号传导、神经营养素信号传导等。分子对接结果显示SRC、MTOR、AKT1等靶点与槲皮素结合程度较好,且在KEGG通路中富集。揭示了槲皮素作用于抑郁的潜在靶点及机制,以期望研制出治疗抑郁症新药物。     

基于网络药理学和分子对接探讨银杏叶治疗高血压病潜在作用机制

通过网络药理学和分子对接技术探讨银杏叶治疗高血压的潜在作用机制。首先,通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Uniprot等数据库获取银杏叶的化学成分与对应靶点;运用OMIM、DrugBank及Gencards疾病数据库搜索高血压相关靶点。然后,取银杏叶对应靶点与高血压相关靶点的交集即可得到银杏叶治疗高血压病的有效靶点,使用STRING数据库对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络预测,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点。最后利用DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,揭示银杏叶治疗高血压病的作用机制。对筛选出的关键成分与治疗高血压关键靶点进行分子对接验证。共筛选出银杏叶治疗高血压病的活性成分21个,靶点190个。PPI网络分析结果显示,银杏叶治疗高血压关键成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素、异鼠李素、金圣草黄素5个,关键靶点有PTGS2、AKTI、EGFR、TNF等20个。GO和KEGG分析结果显示,银杏叶治疗高血压病的靶点显著富集于乙型肝炎、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1通路、MAPK信号通路等通路。分子作用结果显示,木犀草素、金圣草黄素、异鼠李素等与PTGS2、AKTI、EFGR具有较强的亲和力。该研究初步揭示了银杏叶具有多成分、多靶点、多通路治疗高血压的潜在作用机制,为银杏叶治疗高血压物质基础及作用机制的进一步研究奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡疏肝散治疗肝血管瘤的作用机制

肝血管瘤是常见的良性肿瘤之一，临床上常采用柴胡疏肝散进行治疗，但其具体的作用机制仍是未知的。本研究利用网络药理学和分子对接方法，通过成分-靶点网络图分析得出关键靶点和成分信息，对关键靶点和成分进行分子对接，获得相应分子对接图谱，并探讨其作用机制。结果显示，共获得柴胡疏肝散活性成分142个，相对应靶点269个，肝血管瘤疾病靶点351个，两者共同交集靶点61个。基因本体（GO）功能富集有184条生物学过程，主要涉及转录因子活性、DNA结合及转录的正向调控。京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选得到138条信号通路，主要涉及PI3K-Akt、乙型肝炎、MAPK、AGE-RAGE等信号通路。分子对接结果显示，AKT1蛋白与活性成分β-谷甾醇结合稳定，VEGFA蛋白与活性成分槲皮素和异鼠李素均结合稳定，ESR1和MAPK3分别与β-谷甾醇和柚皮素结合稳定。柴胡疏肝散可能是通过槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、山柰酚和柚皮素等活性成分作用于STAT3、AKT1、VEGFA、ESR1、MAPK3等靶点的，通过诱导血管新生、保护血管和肝细胞的活化等发挥治疗肝血管瘤的作用，这为临床上应用柴胡疏...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤干预结缔组织相关间质性肺病的分子机制

为探究雷公藤干预结缔组织相关间质性肺疾病(CTD-ILD)的分子机制。运用网络药理学的方法,通过TCMSP数据库挖掘雷公藤的主要化学成分及作用靶点,利用Genecards、OMIM、DrugBank数据库获取CTD-ILD相关靶点,利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块,然后采用Metascape进行GO及KEGG富集分析,利用Cytoscape3.8.0软件构建"雷公藤成分-CTD-ILD-信号通路"网络,最后通过AutoDock Vina进行分子对接。通过分析得到雷公藤干预CTD-ILD的靶点共80个,核心成分为山奈酚、雷公藤内酯醇、川陈皮素、β-谷甾醇等,核心靶点有PTGS2、JUN、MAPK8、RELA、SCN5A、TNF等。GO和KEGG富集分析显示,IL17信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路、Cancer信号通路等为雷公藤干预CTD-ILD的主要通路,涉及炎症,氧化应激,细胞凋亡及癌症等多个生物过程。分子对接结果亦显示,分子亲和力小于-7 kcal/mol占总数的62.5%,其中5次化合物的预测值超过原配体。综上,本研究初步揭示了雷公藤通过多成分、多靶点、多通路作用机制干预CTD-ILD的分子机制,并经分子对接予以验证,为临床应用雷公藤治疗CTD-ILD提供了理论依据。     

基于网络药理学-分子对接研究桑不同入药部位防治糖尿病的作用机制

采用网络药理学-分子对接研究桑不同入药部位防治糖尿病的作用机制,从TCMSP、TCMID等多个中药数据库获得桑不同部位桑叶、桑椹、桑枝中的成分信息,结合OMIM、TTD等疾病数据库获得糖尿病靶点信息,利用Cytoscape 3.7.2软件分别构建不同部位的“活性成分-疾病靶点”的复杂网络及拓扑分析,应用WebGestalt工具进行通路富集分析。使用Autodock vina软件对桑各入药部位主要活性成分与作用靶点进行分子对接。结果得到桑的不同入药部位主要有11个差异活性成分,调控MAPK8、AKT1、VEGFA、IL6、PPARG等32个核心靶点。靶点主要涉及急性炎症反应、有机氮化合物的反应、细胞增殖调控、对胰岛素刺激反应等生物过程。通过介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-AKT信号通路和MAPK信号通路等来发挥治疗糖尿病的作用。本研究通过网络药理学分析桑不同入药部位防治糖尿病的活性成分群及作用机制,为桑的不同入药部位防治糖尿病的作用关系给出了参考依据。     

基于网络药理学与分子对接探究黄芩有效成分对酒精性肝病的作用机制及效果验证

通过网络药理学和分子对接技术探究中药黄芩治疗酒精性肝病的作用机制，并通过体外细胞实验验证黄芩有效成分对酒精性肝病的治疗效果。在TCMSP、Swiss ADME和Swiss Target Prediction数据库中检索获得黄芩有效成分及其作用靶点；在GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD和PharmGKB数据库中检索获得酒精性肝病相关的疾病靶点；利用String数据库构建靶点相互作用网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、基因本体(GO)富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件构建黄芩治疗酒精性肝病的“有效成分-靶点-通路”互作网络，并筛选出黄芩有效成分和关键靶点进行分子对接。基于网络药理学和分子对接结果，采用体外细胞实验初步验证预测结果。将黄芩有效成分进行ADME筛选后共获得27个，且这27个有效成分可以通过257个基因靶点对酒精性肝病起到治疗作用，其中关键核心靶点有SRC、AKT1、PIK3R1、STAT3、PIK3CA等。KEGG信号通路富集分析结果显示，黄芩治疗酒精性肝病的主要信号通路包括癌症的途...     

基于网络药理学及分子对接探讨桑叶-菊花治疗高血压的作用机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接方法探讨桑叶-菊花治疗高血压的潜在分子作用机制。首先从GEO数据库下载基因芯片数据,使用R语言limma包筛选差异表达基因,通过中药系统药理学分析平台筛选桑叶-菊花有效成分及相应靶蛋白,利用Venn软件取药物与疾病交集靶点,运用Cytoscape3.7.2软件构建"化合物-靶点"网络及可视化分析,并用Bisogenet和CytoNCA插件对关键靶点进行蛋白网络互作及拓扑分析,通过David数据库和R语言clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock Vina软件对活性成分与关键靶点进行结果验证。结果显示桑叶-菊花成分作用于高血压的靶点41个,拓扑分析出156个核心靶点信息,GO分析共包含52条生物过程、13条分子功能、15条细胞组成等80条富集结果,KEGG通路分析发现39个条目,涉及IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有槲皮素、木犀草素。本研究初步揭示了桑叶-菊花通过"多成分-多靶点-多途径"协同作用发挥降压作用,为深入研究其物质基础及作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨“黄芪-白术-熟地黄”组方防治肾病综合征的作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪-白术-熟地黄组方(HBS)治疗肾病综合征的作用机制。通过多个数据库获取肾病综合征基因并进行功能模块分解,找出肾病综合征基因参与的主要生物学过程。通过文献以及数据库查找HBS活性成分和基因靶点,筛选出HBS治疗肾病综合征的有效靶点。通过有效靶点的KEGG和GO富集分析,找出其参与的主要生物学过程和信号通路,并以此构建靶点-生物功能(TF)网络和靶点-信号通路(TP)网络,综合分析后得到HBS治疗肾病综合征的机制网络,最后使用分子对接技术将HBS化合物和关键靶蛋白进行对接验证。肾病综合征基因主要与细胞增殖、凋亡以及肾脏发育有关。共筛选出18个有效靶点,有效靶点主要与免疫反应、炎症反应、细胞增殖和凋亡的调节有关,主要富集在IL-17、NF-κB、PI3K/Akt、FoxO、p53和Jak/STAT等信号通路上,这些信号通路是HBS调节免疫反应、炎症反应、细胞增殖和凋亡的主要途径。此外,分子对接结果证实HBS化合物与TGFβ1、PTGS2、IL1B、IL2、IL4、IL10、TNF和CD40LG等炎性细胞因子具有较好的结合活性。本研究表明HBS调控IL-17、NF-κB、PI3K/Akt、FoxO、p53和Jak/STAT信号通路上关键蛋白的表达,可能通过调节免疫反应和炎症反应,改善系膜细胞和足细胞的增殖、凋亡水平,进而对包括蛋白尿和肾小球硬化在内的肾病综合征病理改变发挥治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接的浙贝母花-枇杷花药对止咳化痰作用机制研究

采用网络药理学及分子对接阐明浙贝母花—枇杷花药对的止咳化痰作用机制。以口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18筛选成分,Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,GenCLiP 3和Drugbank数据库进行疾病靶点分析。以STRING和Cytoscape软件构建成分—靶点互作图,并进行GO、KEGG分析。以AutoDock Vina和Discovery Studio Visualizer对成分与关键靶点蛋白进行分子对接及相互作用分析。结果表明,药对的主要活性成分为生物碱、三萜和黄酮,作用于PTGS2、AKT1、VEGFA、TNF等靶点,通过VEGF、花生四烯酸代谢、白介素-17、肿瘤坏死因子等信号通路,多成分、多靶点、多通路产生止咳化痰的作用。     

基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨黄柏治疗痛风的作用机制CSCD

采用网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨黄柏抗痛风(gout)的物质基础与潜在作用机制。首先通过TCMSP数据库获得黄柏主要活性成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库获得痛风相关疾病靶点;将黄柏有效成分对应靶点与痛风靶点取交集,借助STRING平台及Cytoscape3.9.0软件,绘制交集基因蛋白互作(PPI)网络图;利用基因注释与分析平台(Metascape)数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接,并对核心化学成分抗痛风炎症作用进行实验验证。共筛选出25个黄柏抗痛风活性成分和70个关键交集靶点,PPI网络分析获得5个关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARγ)、白介素6(IL-6)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS 2);GO功能和KEGG通路富集显示,黄柏作用于细胞迁移的正向调控、细胞分化的负调控、炎症反应等生物学过程,调控PI3K-Akt、MAPK等信号通路,进而发挥抗痛风作用。分子对接结果显示,黄柏的5个主要活性成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-5 kcal/mol;体外实验显示核心化学成分对尿酸钠诱导的炎症反应有较好的抑制作用,本研究初步揭示了黄柏具有多种潜在的抗痛风活性成分,其作用机理可能是通过作用于多靶点和多通路来实现的。     

基于疾病与活性化合物靶点网络构建的异鼠李素抗缺血性神经损伤作用评价与验证研究

基于网络药理学与分子对接探讨异鼠李素对缺血性神经损伤的治疗作用。采用ChEMBL、SwissTargetPrediction、DrugBank、STITCH及BindingDB数据库检索异鼠李素药理学靶点,应用DisGeNET、GenCLiP及CTD数据库检索缺血性神经损伤的疾病靶点,取交集作为异鼠李素对缺血性神经损伤的治疗靶点,并进行表型分析。将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络,使用Network analyser进行拓扑分析,同时应用MODE构建功能模块,并基于ClueGo对功能模块进行分析。之后应用DAVID数据库对治疗靶点进行GO及KEGG富集分析。利用Discovery Studio评价异鼠李素与核心靶点的结合活性,最后建立OGD/R损伤PC12细胞模型,采用MTT和LDH法检测细胞活力,Western blot法对AKT1、IL6和MMP2的表达进行检测。异鼠李素通过50个缺血性神经损伤相关靶点,调控细胞凋亡、转录、蛋白质磷酸化、炎症反应等生物学过程,干预PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、雌激素信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、FoxO信号通路等多条途径发挥抗缺血性神经损伤的作用。初步阐释异鼠李素治疗缺血性神经损伤的作用,涉及多靶点、多通路,为进一步探究其药理学活性奠定理论基础。     

基于网络药理学和实验验证探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制

本研究结合网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制。利用中药数据库HERB、TCMIO、TCMSP、PharmMapper和BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction数据库共筛选出248个药物靶点,利用DisGeNET数据库收集到683个疾病靶点,通过韦恩图工具获取药物-疾病靶点55个。通过PPI分析以及拓扑学分析得到AKT1、TP53、ESR1、EGFR等10个核心靶点蛋白。使用R studio软件的“clusterProfiler”包进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO富集分析分析得到847个条目(P<0.01),涉及对类固醇激素的反应、蛋白激酶B信号、对营养水平的反应等,KEGG富集分析得到PI3K/AKT信号通路、蛋白聚糖在癌症中的作用、前列腺癌等105个相关信号通路(P<0.01)。运用AutoDock软件进行分子对接,结果表明光甘草定与核心靶点具有较好的结合性。CCK8法检测细胞增殖发现光甘草定可抑制PC-3细胞增殖(P<0.05),流式细胞术和DAPI染色镜下观察发现光甘草定可促...     

基于数据挖掘及网络药理学研究新安固本培元高频药对及其治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制CSCD

本文基于数据挖掘、网络药理学及分子对接方法,探讨新安固本培元高频药对人参-黄芪治疗慢性阻塞性肺疾病的分子机制。采用Apriori算法建立关联模型挖掘出人参-黄芪为新安固本培元高频药对。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点”网络、蛋白互作网络及进行拓扑分析。采用Metascape数据库,进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,筛选度值较高的“有效成分-靶点”进行分子对接。结果表明人参-黄芪有效成分33种,相关靶点206个,慢性阻塞性肺疾病靶点946个,获取目标靶点64个。GO分析共包含1629条生物过程、48条细胞组分、91条分子功能,247条KEGG富集结果。分子对接结果显示山奈酚、人参皂苷Rh及常春藤皂苷元能够与AKT1、IL6、CXCL8、MAPK1及TNF-α结合。本研究总结出人参-黄芪为新安固本培元医家治疗慢性阻塞肺疾病的高频药对,初步揭示了人参-黄芪治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制。     

基于网络药理-分子对接探讨槐耳治疗胃癌的作用机制

本文采用网络药理及分子对接技术探究槐耳治疗胃癌的作用机制。通过文献检索、HERB、SwissADME数据库筛选槐耳的活性成分,SwissTargetPrediction预测槐耳的作用靶点。在GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库获取GC疾病靶点,用Cytoscape软件建立“药物成分-靶点网络”并进行分析。将槐耳活性成分靶点与GC靶点进行交集后,利用String数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作关系网络(PPI)并分析,得出核心靶点。采用R4.3.1软件对槐耳治疗胃癌的交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后运用AutoDock Tools软件对主要成分和核心靶点进行分子对接验证。结果发现,最终获得槐耳活性成分22个、成分靶点共437个、疾病靶点1 216个、药物-疾病交集靶点117个;槐耳治疗GC的核心基因主要涉及AKT1、CCND1、EGFR、ESR1、HSP90AA1、IL1B、MAPK8、MMP9、PTGS2、SRC、STAT3等,主要作用于内分泌抵抗、IL-17、TNF、FoxO等信号通路。结果表明,槐耳可能通过...     

化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的药理学机制探讨和网络药理学研究

本文旨在探讨化湿败毒方治疗COVID-19的现代药理学研究并运用网络药理学方法预测化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制。通过查阅文献及临床报道,总结化湿败毒方治疗COVID-19现代药理学研究。通过TCMSP数据库获取化湿败毒方的主要活性化合物及对应靶点并利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点。使用STRING数据库构建蛋白互作网络并对核心靶点进行GO富集和KEGG通路分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶标网络。最后把主要核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2受体进行分子对接。现代药理学研究表明,化湿败毒方有抗炎、抗病毒和调节免疫作用。结果筛选到261个中药靶点,251个疾病相关靶点,药物和疾病靶点取交集得到关键靶点49个。GO富集包括1 547条生物过程、29条细胞组分以及86项分子功能,KEGG通路富集得156条通路与COVID-19相关(P0.05),涉及卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、甲型流感、IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE通路等相关通路。预测出主要的核心化合物有槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、黄芩素等,在整个网络中发挥着关键作用。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与3CL水解酶和ACE2均有较好的结合。本研究较为全面揭示了化湿败毒方治疗COVID-19"多成分、多靶点、多通路"的特点,为深入探讨化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制提供参考依据。