肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的改变

目的比较健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群的差异,分析肺炎支原体感染对儿童口咽部菌群变化的可能影响。方法采用高通量测序技术,对30例肺炎支原体肺炎患儿及30例健康儿童16SrDNA进行测序分析,比较两组间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构差异。结果健康儿童与肺炎支原体肺炎患儿在性别、年龄、抗生素使用等方面差异无统计学意义。肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低。在门水平上,Proteobacteria(变形菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)和Fusobacteria(梭杆菌门)在健康儿童中相对丰度显著高于肺炎支原体肺炎患儿组,而Firmicutes(厚壁菌门)、Tenericutes(柔膜菌门)和Actinobacteria(放线菌门)在肺炎支原体肺炎患儿组中相对丰度均显著高于健康儿童组;在属水平上,两组排在相对丰度前10位的属差异具有统计学意义,共有6个属在肺炎支原体肺炎患儿中显著增加,分别为Staphylococcus(葡萄球菌)、Actinomyces(放线菌属)、Acinetobacter(不动细菌属)、Atopobium(阿托波菌属)、Corynebacterium(棒状杆菌)和Abiotrophia(营养缺陷菌属)。结论肺炎支原体肺炎患儿口咽部菌群存在明显的改变,其口咽部菌群多样性比健康儿童明显降低,在门、属水平肺炎支原体肺炎患儿与健康儿童差异均有统计学意义。     

强直性脊柱炎患者咽部菌群变化

目的探讨强直性脊柱炎患者的咽部菌群变化。方法筛选入组7例强直性脊柱炎患者和7例健康者咽拭子样本,提取咽部DNA,扩增16SrRNA基因,在Illumina平台测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果从ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数综合来看强直性脊柱炎患者的咽部菌群Alpha多样性差异不大。Beta多样性分析显示两组研究对象咽部菌群样本可被区分。强直性脊柱炎患者咽部菌群组成和含量发生显著改变,主要变化包括:拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)显著降低。拟杆菌门中普雷沃杆菌属(Prevotella)相关的纲目科属水平都显著降低。放线菌门变化落实到属水平,放线菌属(Actinomyces)显著降低,丙酸杆菌属(Propionibacterium)和棒状杆菌属(Corynebacterium)显著增高。厚壁菌门(Firmicutes)中,芽胞杆菌纲(Bacilli)所属的与链球菌属(Streptococcus)相关的纲目科属水平显著增加,而梭状芽胞杆菌纲(Clostridia)包含的韦荣球菌属(Veillonella)、消化球菌属(Peptococcus)显著下降。此外,变形菌门中出现弧菌属(Vibrio)的增加和弯曲菌属(Campylobacter)的降低等变化。结论强直性脊柱炎患者(本次研究样本)的咽部菌群出现紊乱,以普雷沃杆菌属、放线菌属、韦荣球菌属、消化球菌属和弯曲菌属等显著降低,丙酸杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属和弧菌属等显著增加为主要特征。     

百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群变化

摘要：目的 通过比较健康婴幼儿与百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群相对丰度,探讨百日咳鲍特菌感染对婴幼儿口咽部的菌群影响。方法 采用高通量测序技术,对53例百日咳鲍特菌感染婴幼儿和21例健康婴幼儿口咽标本进行16S rDNA测序,对测序序列进行分析,比较两组间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构差异。结果 健康婴幼儿与百日咳鲍特菌感染患儿在性别和年龄方面差异没有统计学意义。百日咳鲍特菌感染婴幼儿比健康婴幼儿口咽部菌群多样性显著增加。变形菌门（Proteobacteria）作为主要的门在百日咳鲍特菌感染患儿组中相对丰度显著高于健康婴幼儿组;两组排在相对丰度前15位的属,共有3个主要的属在百日咳鲍特菌感染患儿中显著增加,分别为盐单胞菌属（Halomonas）、嗜血杆菌属（Haemophilus）和鲍特菌属（Bordetella）;而罗氏菌属（Rothia）显著减少。结论 百日咳鲍特菌感染婴幼儿口咽部的菌群发生了显著的变化,百日咳鲍特菌感染患儿口咽部的菌群多样性比健康婴幼儿显著增加,在门和属水平百日咳鲍特菌感染患儿与健康婴幼儿主要组成方面均有显著性不同。     

甲流患儿鼻咽部及口咽部的菌群分析

目的比较甲流(IA)患儿鼻咽部及口咽部菌群与健康儿童的差异,分析甲型流感病毒(IAV)感染后可能对儿童鼻咽部及口咽部菌群的影响。方法选取我院120例甲流患儿作为病例组,120例年龄性别相近的健康儿童作为健康组,采用高通量测序技术,对采集的所有鼻咽部及口咽部标本行16S rDNA基因测序分析,比较两组儿童间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构的差异。结果病例组鼻咽部及口咽部的菌群多样性均高于对照组(Ps0.05)。在门水平上,两组儿童鼻咽部及口咽部的第一优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(Ps0.05),病例组鼻咽部的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著高于健康组(Ps0.05);在鼻咽部菌属水平上,病例组中正常优势菌莫拉氏菌属(Moraxella)、棒状菌属(Corynebacterium)、狡诈菌属(Dolosigranulum)、普氏菌属(Prevotella)等的相对丰度显著减少(Ps0.05),而链球菌属(Streptococcus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、盐单胞菌属(Halomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、罗尔斯通菌属(Ralstonia)等的相对丰度显著增加(Ps0.05),叶杆菌属(Phyllobacterium)仅见于病例组;在口咽部菌属水平上,病例组菌群相对减少的有奈瑟菌属(Neisseria)、乳杆菌属(Lactobacillus)等,而葡萄球菌属(Staphylococcus)、奇异菌属(Atopobium)、放线菌属(Actinomyces)等的相对丰度显著增加(Ps0.05)。结论通过对甲流患儿进行上呼吸道菌群分析,揭示了甲流患儿鼻咽部及口咽部菌群的失调,这提示我们可从微生态角度研究甲流,从而进一步了解甲流的发病机制,为减少甲流严重并发症及病死率提供可能的理论依据。     

过敏性鼻炎患者鼻腔菌群特征及其 与血清IgE和黏膜嗜酸性粒细胞水平的关系

目的探究过敏性鼻炎(AR)患者鼻腔菌群特征及其与血清IgE和黏膜嗜酸性粒细胞(Eos)水平的关系。方法选取2019年3月至6月在首都医科大学北京友谊医院平谷医院诊断及治疗的AR患者28例作为过敏性鼻炎组,选取同时期体检的健康个体28例作为对照组,检测两组患者鼻腔微生物特征,同时对比两组血清IgE及粘膜Eos%,使用Pearson相关性分析探究各指标间的相关性。结果两组样本微生物构成存在显著差异,样本PCA1及PCA2分别为27.67%及14.23%,过敏性鼻炎组链球菌属、金黄色葡萄球菌、嗜血杆菌属、梭杆菌属、差异球菌属、变形菌门的相对丰度显著高于对照组,对照组痤疮丙酸杆菌、放线菌门、丙酸杆菌属、气球菌属、棒杆菌属、嗜胨菌属的相对丰度显著高于过敏性鼻炎组(Ps0.05),过敏性鼻炎组IgE水平(Z=6.005,P=0.000)及Eos%(t=10.776,P=0.000)显著高于对照组,变形菌门与IgE水平呈显著正相关(r=0.391,P=0.017),痤疮丙酸杆菌与IgE(r=-0.421,P=0.009)及Eos%(r=-0.328,P=0.048)呈显著负相关。结论 AR患者鼻腔变形菌门、痤疮丙酸杆菌分别与IgE水平、鼻粘膜Eos水平具有相关性。     

过敏性鼻炎患儿肠道菌群变化 及双歧杆菌三联活菌散对其辅助治疗效果

摘要：目的 观察过敏性鼻炎患儿肠道菌群变化及双歧杆菌三联活菌散对其辅助治疗的效果。方法 选取我院就诊的过敏性鼻炎患儿60例,从中随机抽取10例为疾病组,并以10例体检的健康儿童为健康对照组,采集两组对象粪便标本,用高通量测序法对比过敏性鼻炎患儿与健康对照组肠道菌结构的差异。另一方面,将入选的60例过敏性鼻炎患儿分为对照组（30例,采用常规治疗）和治疗组（30例,常规治疗联合双歧杆菌三联活菌治疗）。两组患儿连续治疗8周后,观察其治疗前后临床症状评分及血清IL-4、IL-12、IgE水平变化。结果 过敏性鼻炎患儿肠道菌群多样性低于健康对照组。患儿肠道菌群以拟杆菌门为主,健康对照组以厚壁菌门为主（P＜0.05)。患儿肠道双歧杆菌属数量低于健康对照组,而毛螺菌属,瘤胃菌属,红蝽菌属和普雷沃菌属有所增多（均P＜0.05)。治疗8周后,治疗组患儿临床症状评分明显降低,治疗的总有效率高于对照组（P<0.05）。治疗组患儿血清IL-4、IgE水平明显降低,IL-12水平明显升高,且治疗组患儿以上指标的改善程度均优于对照组（均P<0.05）。结论 过敏性鼻炎患儿与健康儿童相比肠道菌群存在差异,肠道菌群失衡可能是促进过敏性鼻炎发生发展的一个因素。双歧杆菌三联活菌散对过敏性鼻炎有辅助治疗的作用,能显著改善患儿临床症状,调节机体的免疫能力,具有一定临床应用价值。     

高通量 16S rRNA 标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性

收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品 , 每个个体取两个平行样 , 提取总 DNA;PCR 扩增 , 获得 16S rRNA V6 标签片段 ; Illumina 测序 ; 经 BIPES 以及 QIIME 分析并比较菌群结构及多样性。研究结果发现 , 不同物种之间肠道菌群差异较大。五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主 , 但鸡的厚壁菌门显著减少 , 而变形菌门显著增加。从α多样性角度来看 , 猪肠道菌群种属丰富度及 Shannon 指数均显著高于人及鸡肠道菌群。从β多样性角度 , 尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低 , 但不同物种之间相比较 , 小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群。与人类相比 , 小猪的肠道微生物组最相近 , 而鸡的肠道菌群相似度最低。     

不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群的影响

目的 探讨不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群定植的影响。方法 以胎龄(周)为34~(0/7)～36~(6/7)的15例晚期早产儿为研究对象,根据分娩方式分为自然分娩组(n=8)和剖宫产组(n=7)。收集早产儿出生后3 d、7 d、14 d的粪便标本,应用高通量测序技术对细菌16S rRNA可变区中的V4区进行测序,分析肠道菌群多样性及组成结构。结果 (1)自然分娩组晚期早产儿粪便标本菌群多样性指数逐渐上升,剖宫产组的多样性指数较平稳,两组相比差异无统计学意义;(2)45份粪便标本中共检测出10个菌门,均以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门,两组晚期早产儿生后变形菌门、拟杆菌门所占比例逐渐降低,厚壁菌门、放线菌门呈增多趋势。两组相比,剖宫产组7 d、14 d时拟杆菌门的相对丰度显著低于自然分娩组(Z=-2.896,P=0.004;Z=-2.120,P=0.040),变形菌门相对丰度仅在7 d时显著高于自然分娩组(Z=-2.190,P=0.030);(3)两组研究对象中,除自然分娩组14 d时以双歧杆菌属为优势菌属外,余下均以肠杆菌属为优势菌属。相比于自然分娩组,在7 d时剖宫产组拟杆菌属所占比例显著降低(Z=-2.806,P=0.005),肠杆菌属所占比例显著升高(Z=-2.199,P=0.030)。结论 剖宫产能显著影响婴儿早期肠道菌群的定植,降低肠道中早期拟杆菌的水平。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响, 实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明, 不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验: P>0.05), 其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等; 属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等; 但各优势菌群在个体间的丰度差异较大, 且在成虾阶段趋于保守, 属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验: P<0.05)。在门水平上, 优势菌群较为一致, 包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾, 表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上, 成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(Flavobacterium)、拟杆菌属和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga), 这些菌属可以帮助机体进行多种营养代谢, 成虾肠道中与碳水化合物代谢相关的菌群多于幼虾。PICRUSt功能预测显示, 在克氏原螯虾肠道中, 营养代谢功能相关的菌群相对丰度最高, 而成虾肠道菌群代谢碳水化合物的功能显著高于幼虾。实验表明, 在野外虾塘养殖下的克氏原螯虾的肠道菌群不论是在群落多样性、物种丰度还是菌群功能预测上, 都未体现出性别间的差异, 且肠道菌群的个体差异较大; 但在不同生长阶段间, 克氏原螯虾肠道微生物的群落多样性、丰度及功能都有显著差异, 相比于幼虾, 成虾肠道菌群多样性降低, 多种代谢功能升高。     

云南文山铝土矿区微生物多样性初步研究

目的对云南文山铝土矿区矿石样品中的细菌多样性进行研究。方法采集云南文山铝土矿矿石样品,利用16SrRNA高变基因序列构建细菌基因文库,建立系统发育树,初步探究该矿区细菌多样性。结果文山铝土矿区矿石样品中细菌的主要菌群包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,其中优势菌群为变形菌门的细菌。结论云南省文山铝土矿区的矿石样品中存在丰富的细菌,且种群多样性较好。