| 基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究 |
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| 引用本文： | 毛爱华,陈斯云,蔡禄.基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究[J].生物物理学报,2006,22(5):367-375. |
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| 作者姓名： | 毛爱华 陈斯云 蔡禄 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古科技大学理学院,包头,014010
2. 内蒙古科技大学生物与化学工程学院,包头,014010 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(30460038)，内蒙古自然科学基金重点项目(200508010102)，内蒙古高等学校科学基金资助课题(NJ02116)~~ |
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| 摘 要： | 依据最新NDB数据库中蛋白质-DNA复合物晶体结构数据,考虑DNA结构的序列依赖特性,对10个二联体和36个约化的四联体计算了DNA动力学结构模型中的关键参数——力常数矩阵,矩阵中的非对角项反映了结构参数间的关联。利用改进的DNA结构动力学模型,可以方便地计算给定序列的结构动力学特性。
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| 关 键 词： | 蛋白质-DNA复合物 晶体结构 力常数 DNA 动力学结构 |
| 收稿时间： | 2005-10-17 |
| 修稿时间： | 2005年10月17 |
Study on DNA Dynamic Structural Feature Based on DNA-Protein Complex Crystal Data |
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| MAO Ai-hua,CHEN Si-yun,CAI Lu.Study on DNA Dynamic Structural Feature Based on DNA-Protein Complex Crystal Data[J].Acta Biophysica Sinica,2006,22(5):367-375. |
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| Authors: | MAO Ai-hua CHEN Si-yun CAI Lu |
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| Institution: | 1. School of Mathematics and Physics, Inner Mongolia University of Science and Technology, BaoTou 014010, Inner Mongolia, china; 2. School of Biological and Chemical Engineering, Inner Mongolia University of Science and Technology, BaoYou 014010, Inner Mongolia, china |
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| Abstract: | Based on protein-DNA complex crystal structural data in up-to-date Nucleic Acid Database,taking into account the sequence-dependent feature of DNA,the key parameters in DNA dynamic structural model,force constant matrix,were calculated for 10 dimers and 36 tetramers.The non-diagonal elements represent the correlation between the structural parameters.One can calculate structural features,for example,curvature and flexibility,for given sequence using improved dynamic structural model. |
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| Keywords: | Protein-DNA complex Crystal structure Force constant DNA Dynamic Structure |
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