寨卡病毒基因组密码子偏爱性分析

寨卡病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,本研究采用CHIPS、CUSP、Codon W和SPSS软件对寨卡病毒所有基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、人的密码子使用频率进行了对比分析。结果显示,寨卡病毒GC3含量相对较高,为54.14%,ENC值为52.54,表明该病毒密码子偏爱性偏低且偏爱以G、C、A碱基结尾的密码子,这和一般病毒的偏爱性有所不同。中性绘图和ENC绘图分析表明密码子的偏爱性主要受到选择作用的影响。通过和其它3种生物密码子使用频率进行比较,发现其与人的密码子使用频率相差最小。在此基础上确定了寨卡的18个最优密码子。研究结果对寨卡病毒寻找最佳宿主进行体外表达,从而研发基因工程疫苗及治疗性抗体具有一定的意义。