| 十字花科黑腐病菌中GGDEF结构域蛋白差异的in silico分析 |
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| 引用本文： | 张穗生,姜伟,玉延华. 十字花科黑腐病菌中GGDEF结构域蛋白差异的in silico分析[J]. 基因组学与应用生物学, 2011, 30(6). DOI: 10.3969/gab.030.000722 |
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| 作者姓名： | 张穗生 姜伟 玉延华 |
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| 作者单位： | 1. 广西科学院非粮生物质酶解国家重点实验室,国家非粮生物质能源工程技术研究中心,广西生物炼制重点实验室,南宁,530007
2. 微生物及植物遗传工程教育部重点实验室,广西大学生命科学与技术学院,南宁,530004 |
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| 基金项目： | 微生物及植物遗传工程教育部重点实验室开放课题项目 |
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| 摘 要： | 近年来,含有GGDEF结构域(含有甘氨酸(G) (2个),天冬氨酸(D),谷氨酸(E),苯丙氨酸(F)保守氨基酸)的蛋白受到重视,已证实含GGDEF结构域蛋白在细胞信号转导、生长和致病性等方面发挥了重要作用.十字花科黑腐菌8004菌株(Xanthomonas campestris pv.campestris str.8004,Xcc 8004)有32个基因编码含GGDEF结构域蛋白,实验证明其中部分蛋白与Xcc致病性、胞外酶产生、生物膜形成和泳动等生命活动相关.本文利用互联网提供的生物信息学资源,对Xcc 8004不同功能含GGDEF结构域蛋白进行生物信息学分析,着重分析其结构域架构.对蛋白结构域架构整体比较显示,这些蛋白的整体结构域架构具有多样性,共有结构域架构仅有PAS_4-GGDEF-EAL (分布于参与致病的蛋白中);对结构域架构局部比较显示,在参与致病性的含GGDEF结构域蛋白中,PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构;在参与内切葡聚糖酶产生的蛋白中,PAS_4-PAS_4、PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构.本研究结果将为蛋白质功能预测提供线索.
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| 关 键 词： | 十字花科黑腐菌 GGDEF 结构域架构 in silico分析 |
in silico Analyses of GGDEF Domain Proteins Functioning Differently in Xanthomonas campestris |
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| Zhang Suisheng,Jiang Wei,Yu Yanhua. in silico Analyses of GGDEF Domain Proteins Functioning Differently in Xanthomonas campestris[J]. Genomics and Applied Biology, 2011, 30(6). DOI: 10.3969/gab.030.000722 |
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| Authors: | Zhang Suisheng Jiang Wei Yu Yanhua |
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