牛科动物转录组微卫星变异分析

微卫星(simples equencere peats, SSRs)广泛分布于生物基因组中,是最常用的分子标记之一。本研究利用生物信息学方法搜索和统计了7种牛科动物转录组中完整型SSRs序列,揭示不同重复类型SSRs变异水平,并对其生物信息学特征进行比较分析。在牛科动物转录组中,牛、绵羊和山羊SSRs总丰度较高,三者基本一致(157.98, 157.09 vs 158.52个/Mb);其次是瘤牛和水牛(140.70 vs 129.63个/Mb);牦牛微卫星总丰度较低(96.99个/Mb),藏羚羊微卫星总丰度最低(63.71个/Mb)。牛科动物转录组中SSRs所占比例普遍偏低,范围为0.156%～0.753%,三碱基SSRs占主导地位,并且以(CCG)n和(AGG)n为优势重复基元,这可能与转录组编码区三联体密码子高度保守有关。在这7种牛科动物转录组中,相同单碱基至六碱基SSRs重复拷贝数(repeat copy number, RCN)分布高度一致。通过牛科动物转录组SSRs变异系数(coefficient of variability, CV)分析表明,单碱基SSRs和二碱基SSRs重复拷贝数变异水平较高,其次RCN变异模式如下:三碱基SSRs四碱基SSRs六碱基SSRs五碱基SSRs,六碱基SSRs重复拷贝数变异水平有稍微增加的趋势。本研究为牛科动物SSR标记的开发、遗传多样性评估和遗传育种提供科学依据。