基于云计算的蛋白质折叠模拟计算

为了解决生物信息学中蛋白质折叠模拟计算的速度慢和软件老旧的问题,提出了基于云计算的蛋白质折叠并行化算法Cloud_PERM。分析了PERM算法的运行流程及其面向MapReduce的子任务划分方式。Cloud_PERM算法实现采用Hadoop云计算环境作为工作平台,其蛋白质序列数据的存储与管理、子任务调度及工作单元的执行都由MapReduce规范来透明的完成;实验结果表明:Cloud_PERM比PERM串行计算具有更快的计算速度,在吞吐量和可扩展性上也有明显的优势。Cloud_PERM可以使生物科研人员节省很多时间与精力,有益于新型蛋白质结构预测与生物特性的研究。