| 系统型硬化症尿液lncRNA-mRNA差异表达基因筛选及生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 曾惠琼,卢小平,颜真波,柳梅芬,叶志中. 系统型硬化症尿液lncRNA-mRNA差异表达基因筛选及生物信息学分析[J]. 生物信息学, 2023, 21(1): 68-76 |
| |
| 作者姓名： | 曾惠琼 卢小平 颜真波 柳梅芬 叶志中 |
| |
| 作者单位： | 深圳市福田区风湿病专科医院,广东 深圳 518040 |
| |
| 基金项目： | 深圳市医疗卫生三名工程项目 (No.SZSM2016020287)；深圳市科创委自由探索项目 (No.JCYJ20180302145033769)；白求恩医学科学研究基金资助项目 (No.TY114DS)；深圳市福田区卫生公益性科研项目(No. FTWS2019010)；2020年福田风湿病专科医院院级科研项目 (No.FTFS202007). |
| |
| 摘 要： | 为探讨系统性硬化症(SSc)患者尿液样本中的长链非编码RNA(lncRNA)、信使RNA(mRNA)的表达谱和生物学功能。选取6名SSc患者和3名健康对照者(HC),采集样本为中段晨尿，应用mRNA和lncRNA微阵列检测总RNA表达变异，SSc组与HC组相比。检测尿液lncRNA和mRNA表达，Gene ontology (GO)分析Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)信号通路分析差异表达的lncRNA功能分布；STRING在线网站和Cytoscape软件网络应用分析构建蛋白质相互作用网络(PPI)并筛选出核心基因(Hub Gene)。结果发现：与HC相比，SSc患者尿液中共有645个(上调546,下调99)mRNA和1 888个(上调1 647,下调241)lncRNA差异表达(Fold Change绝对值≥2,且P≤0.05)。KEGG通路结果显示富集TGF-β信号通路、氧化磷酸化、磷酸戊糖通路。SSc的GO分析显示与转录调控、DNA去甲基化、白介素6反应等相关；PPI网络分析表明主要富集在氧化磷酸化、细胞凋亡、自噬途径通路...
|
| 关 键 词： | 生物学分析 lncRNA-mRNA 系统性硬化症 |
| 收稿时间： | 2021-05-29 |
| 修稿时间： | 2022-02-22 |
Bioinformatics analysis of differentially expressed lncRNA-mRNA in urine of systemic sclerosis |
| |
| ZENG Huiqiong,LU Xiaoping,YAN Zhenbo,LIU Meifen,YE Zhizhong. Bioinformatics analysis of differentially expressed lncRNA-mRNA in urine of systemic sclerosis[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2023, 21(1): 68-76 |
| |
| Authors: | ZENG Huiqiong LU Xiaoping YAN Zhenbo LIU Meifen YE Zhizhong |
| |
| Affiliation: | Shenzhen Futian Hospital for Rheumatic Diseases, Shenzhen 518040, Guangdong, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Bioinformatics analysis lncRNA-mRNA Systemic sclerosis |
|
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
