| 双序列比对基础和应用实例 |
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| 引用本文： | 罗静初. 双序列比对基础和应用实例[J]. 生物信息学, 2023, 21(1): 1-19 |
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| 作者姓名： | 罗静初 |
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| 作者单位： | 北京大学 生命科学学院,北京大学生物信息中心,北京 100871 |
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| 摘 要： | 首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分,以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull,蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM62和PAM250。第4-8节则以血红蛋白、多肽毒素、植物转录因子、癌胚抗原和唾液酸酶为例,介绍双序列比对的具体应用。通过这些实例,说明如何选择分析平台和比对程序、如何设置计分矩阵和空位罚分,如何分析比对结果及其生物学意义。文末进行简要总结。
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| 关 键 词： | 双序列比对 相似性和同源性 整体比对和局部比对 点阵图 计分矩阵 空位罚分 血红蛋白 多肽毒素 植物转录因子 癌胚抗原 唾液酸酶 |
| 收稿时间： | 2022-02-04 |
| 修稿时间： | 2022-03-29 |
Basics of pairwise sequence alignment and some application examples |
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| LUO Jingchu. Basics of pairwise sequence alignment and some application examples[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2023, 21(1): 1-19 |
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| Authors: | LUO Jingchu |
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| Affiliation: | College of Life Sciences and Center for Bioinformatics, Peking University, Beijing 100871, China |
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