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水稻二化螟和三化螟基因组ddRADseq文库的构建
作者姓名:杨琼  孙娜  郑敏  罗除成  罗光华  方继朝
作者单位:1. 江苏省农业科学院植物保护研究所,南京,210014;2. 江苏省农业科学院植物保护研究所,南京210014; 南京农业大学植物保护学院,南京210095
基金项目:国家水稻产业技术体系项目(CARS-01-25),江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(16)1001),江苏省农业科学院院基金项目(6111606)
摘    要:本文介绍了构建水稻二化螟和三化螟"双酶切限制性酶切位点关联DNA测序"(Double digest restrictionsite associated DNA sequencing,ddRADseq)文库的方法。利用安捷伦2100生物分析仪对4种单酶切及2种双酶切的酶切产物片段大小及分布范围进行分析,筛选出Mlu C I和Nla III两种限制性内切酶组合对螟虫基因组DNA进行酶切。酶切后的DNA片段两端连接上特定的P1、P2接头后,用Pippin Prep回收大小为285-435 bp的DNA片段。通过PCR扩增进行文库的富集并引入index序列。构建好的ddRADseq文库用琼脂糖凝胶电泳和生物分析仪进行质量检测。本方法所构建的文库DNA片段长度、分布和摩尔浓度能够达到Illumina平台测序的技术要求。本研究证实了利用Mlu C I和Nla III组合酶切构建水稻螟虫基因组ddRADseq文库的可行性,为在水稻螟虫中利用ddRADseq技术开展生物地理学、种群遗传学和系统发育重建等方面的研究奠定基础。

关 键 词:基因组DNA文库  ddRADseq  生物分析仪  水稻螟虫
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