鸭肝炎病毒基因组3′末端序列的克隆和分析 |
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引用本文: | 丁春宇,张大丙.鸭肝炎病毒基因组3′末端序列的克隆和分析[J].病毒学报,2007,23(4):312-319. |
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作者姓名: | 丁春宇 张大丙 |
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作者单位: | 中国农业大学动物医学院农业部预防兽医学重点开放实验室 北京100094 |
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摘 要: | 用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly(A)尾分别含18个A和19个A。由2株DHV 3D核苷酸序列所推导的3D蛋白均含453个氨基酸,均包含KDELR、DxxxxD、GxxCSGxxxTxxxNS、YGDD和FLKR等小RNA病毒RNA聚合酶的特征基序,该结果进一步证实Ⅰ型DHV属于小RNA病毒科的成员。两株DHV与小RNA病毒科9个已知属之间3D蛋白的氨基酸序列同源性为16%~37%,介于属间3D蛋白的氨基酸序列同源性范围(18%~60%)之内;此外,Ⅰ型DHV的3′UTR在小RNA病毒科是最长的。用3D蛋白进行进化分析的结果表明,Ⅰ型DHV可能属于小RNA病毒科的一个独立的病毒属。
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关 键 词: | 鸭肝炎病毒 3D基因 3′UTR poly(A) 3′RACE |
文章编号: | 1000-8721(2007)04-0312-08 |
修稿时间: | 2006-11-162007-01-24 |
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