| 基于高通量测序的怒江红山茶微卫星位点特征分析 |
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| 引用本文： | 王大玮,周凡,沈兵琪,王连春.基于高通量测序的怒江红山茶微卫星位点特征分析[J].植物研究,2019,39(1):148-155. |
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| 作者姓名： | 王大玮 周凡 沈兵琪 王连春 |
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| 作者单位： | 1. 西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室, 昆明 650224;2. 西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室, 昆明 650224 |
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| 基金项目： | 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室开放基金（2017011） |
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| 摘 要： | 以怒江红山茶叶片为材料，采用Illumina Hiseq 2000平台测序，共获得140 996条无冗余的序列，进行SSR位点搜索后，得到32 696个SSR位点，出现频率为23.2%。所搜索的SSR以二核苷酸重复类型最多，三核苷酸和单核苷酸次之，四、五、六核苷酸重复类型较少（<1%）。单核苷酸重复类型中以A/T基元较丰富（10.92%）；二核苷酸中AG/CT基元出现频率最大，达到49.72%，AT/AT基元和AC/GT基元所占比例相差不多，而CG/CG基元所占比例最少，为0.07%；三核苷酸重复类型中AAG/CTT最多，ACC/GGT、ATC/ATG和AGG/CCT基元次之，CCG/GGC、ACT/AGT和ACG/CGT基元较低，都小于1%；四、五、六核苷酸类型中各重复基元均较少。在怒江红山茶转录组中，微卫星的数量随着对应的重复类型、重复次数的增加而降低，也随重复区段碱基长度的增加而降低。
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| 关 键 词： | 怒江红山茶 转录组 微卫星 高通量测序 |
| 收稿时间： | 2018-08-31 |
Characteristics of Microsatellite in Camellia saluenensis by High-throughput Sequencing |
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| WANG Da-Wei,ZHOU Fan,SHEN Bing-Qi,WANG Lian-Chun.Characteristics of Microsatellite in Camellia saluenensis by High-throughput Sequencing[J].Bulletin of Botanical Research,2019,39(1):148-155. |
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| Authors: | WANG Da-Wei ZHOU Fan SHEN Bing-Qi WANG Lian-Chun |
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| Institution: | 1. Key Laboratory for Forest Genetic and Tree Improvement & Propagation in Universities of Yunnan Province, Southwest Forestry University, Kunming 650224;2. Key Laboratory for Forest Resource Conservation and Utilization in the Southwest Mountains of China, Southwest Forestry University, Kunming 650224 |
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