重要食药同源植物余甘子转录组微卫星特征分析

为全面了解余甘子转录组SSR位点的分布特征和变异规律，本研究利用Illumina Hiseq 4000平台对余甘子叶片转录组进行测序，通过MISA软件对获得的Unigenes进行SSR位点搜索和统计分析。结果发现9 538条包含SSR位点的Unigenes，共检测到9 991个SSR位点，平均每5.49 kB出现1个SSR。单碱基和二碱基为余甘子转录组SSR主要重复类型，分别占SSR总数的42.3%和30.79%。位于基因编码区的SSR位点共有1 731个，出现频率为0.039 SSRs/kB，优势重复类型为三碱基重复。余甘子转录组SSR中共有169种重复基元，其中所占比例最高的是A/T（42.10%），其次是AG/CT（22.91%）和AAG/CTT（5.02%）。SSR各基元的重复次数波动于4~75次，且多数集中于4~20次。重复片段长度≥ 20 bp的SSR占21.20%，且SSR发生频率与片段长度呈显著负相关（P<0.01），相关系数为-0.561。本研究获得的余甘子转录组SSR位点出现频率较高、分布密度较大、低级重复基元较多，重复次数较高、长片段较多，大多数SSR位点的多态性潜能较高，用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大，为下一步余甘子转录组SSR标记的大规模开发和群体遗传学研究提供了重要的数据信息，进而为余甘子野生资源的保护和合理开发利用提供了参考依据。