| 甘蔗耐寒相关miRNA的生物信息学分析及其靶基因预测 |
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| 引用本文： | 朱鹏锦,宋奇琦,谭秦亮,程 琴,李佳慧,庞新华,周全光,吕 平,欧克纬,卢业飞,农泽梅,唐桓伟,龙盛风. 甘蔗耐寒相关miRNA的生物信息学分析及其靶基因预测[J]. 广西植物, 2022, 42(11): 1840-1853 |
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| 作者姓名： | 朱鹏锦 宋奇琦 谭秦亮 程 琴 李佳慧 庞新华 周全光 吕 平 欧克纬 卢业飞 农泽梅 唐桓伟 龙盛风 |
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| 作者单位： | 广西壮族自治区亚热带作物研究所, 南宁 530001 |
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| 基金项目： | 广西自然科学基金(2017GXNSFBA198054); 广西创新驱动发展专项(桂科AA17202042-5); 广西农业科学院基本科研业务专项(桂农科2021YT151)[Supported by Natural Science Foundation of Guangxi(2017GXNSFBA198054); Special Project of Guangxi Innovation-driven Development Special Project of(Guike AA17202042-5); Basic Scientific Research Project of Guangxi Academy of Agricultural Sciences(Guinongke 2021YT151)]。 |
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| 摘 要： | 为了解不同基因型甘蔗(Saccharum officinarum)响应低温胁迫的分子机制,该研究以低温胁迫4 ℃处理 24 h 后的3个不同耐寒性甘蔗品种的叶片为材料进行Illumina HiSeqTM 2000 高通量测序,构建了18个低温胁迫前后sRNA文库。结果表明:(1)共获得分属于84个家族的322个已知miRNA及预测得到110个新miRNA,并在已知miRNA中筛选出100个差异表达miRNA(61个上调,39个下调),新miRNA中筛选出37个差异表达 miRNA(15个上调, 22个下调)。(2)利用psRNATarget、TargetFinder、Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测,得到1 844个靶基因并进行GO分析揭示其主要功能类别,即分子功能、细胞组分与生物过程。(3)为验证高通量测序数据的可靠性,筛选14个miRNA及其靶基因进行qRT-PCR验证,结果显示这些miRNA均被检测发现且大多表达结果与测序结果一致。(4)鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因,这些基因参与植物生长、发育及低温胁迫反应。综上认为,耐寒型甘蔗体内miRNA直接或间接作用靶基因实现表达调控相关代谢途径,对其重要农艺性状均起着关键的调控作用。
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| 关 键 词： | 甘蔗 低温胁迫 耐寒性 miRNA 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2021-08-30 |
Bioinformatics analysis of microRNAs and prediction of target genes associated with cold tolerance in sugarcane |
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| ZHU Pengjin,SONG Qiqi,TAN Qinliang,CHENG Qin,LI Jiahui,PANG Xinhu,ZHOU Quanguang,L,#; Ping,OU Kewei,LU Yefei,NONG Zemei,TANG Huanwei,LONG Shengfeng. Bioinformatics analysis of microRNAs and prediction of target genes associated with cold tolerance in sugarcane[J]. Guihaia, 2022, 42(11): 1840-1853 |
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| Authors: | ZHU Pengjin,SONG Qiqi,TAN Qinliang,CHENG Qin,LI Jiahui,PANG Xinhu,ZHOU Quanguang,L&# Ping,OU Kewei,LU Yefei,NONG Zemei,TANG Huanwei,LONG Shengfeng |
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| Affiliation: | Guangxi Subtropical Crops Research Institute, Nanning 530001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sugarcane cold stress cold tolerance miRNAs bioinformatics |
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