| SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析 |
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| 引用本文： | 张业晓,李晓琴. SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析[J]. 生物信息学, 2017, 15(2): 78-83 |
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| 作者姓名： | 张业晓 李晓琴 |
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| 作者单位： | 北京工业大学 生命科学与生物工程学院,北京 100124,北京工业大学 生命科学与生物工程学院,北京 100124 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(21173014);北京市自然科学基金(4112010). |
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| 摘 要： | 蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础。本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40%的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类。家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00%、99.99%、0.94与90.00%、99.97%、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71%、99.97%、0.91与86.00%、99.93%、0.87。结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类。
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| 关 键 词： | 折叠设计合理 模板数据库 分类方法 |
| 收稿时间： | 2016-10-08 |
| 修稿时间： | 2016-10-21 |
Study of automatic classification of protein folding type in SCOP database |
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| ZHANG Yexiao and LI Xiaoqin. Study of automatic classification of protein folding type in SCOP database[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2017, 15(2): 78-83 |
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| Authors: | ZHANG Yexiao and LI Xiaoqin |
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| Affiliation: | College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China and College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Classification of folding type Template database Method of classification |
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