| ABI PGM测序平台用于细菌基因组de novo测序的评价 |
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| 引用本文： | 黄方亮.ABI PGM测序平台用于细菌基因组de novo测序的评价[J].生物信息学,2015,13(2):116-119. |
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| 作者姓名： | 黄方亮 |
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| 作者单位： | 浙江大学生命科学学院大型仪器平台 |
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| 基金项目： | 浙江省教育厅科研项目(Y201328526) |
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| 摘 要： | 为了探索加快细菌基因组研究的方法,利用ABI PGM测序平台测定了1株单细胞硫还原地杆菌的基因组序列。测序共获得1.4 Gbp数据,平均读长为177 bp。通过多个拼接软件并采用合适的组装策略,得到一个完整细菌基因组3.55 Mbp和一条完整质粒序列110 kbp。测定基因组序列与参考基因组kn400序列的相似性达到94%,参考基因组91%的基因能在测定基因组中找到相似基因。通过本研究表明采用ABI PGM测序平台结合灵活的拼接策略可快速构建细菌基因组精细图谱,为进一步的功能注释及深入的信息分析提供准确的数据,大大加快研究进程。
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| 关 键 词： | PGM测序平台 细菌基因组测序 |
| 收稿时间： | 2015/1/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2015/3/12 0:00:00 |
Evaluation of PGM sequencing platform using in bacterial genome de novo sequencing |
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| HUANG Fangliang.Evaluation of PGM sequencing platform using in bacterial genome de novo sequencing[J].China Journal of Bioinformation,2015,13(2):116-119. |
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| Authors: | HUANG Fangliang |
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| Institution: | HUANG Fangliang;Equipment and Technology Service Platform of College of Life Sciences Zhejiang university; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | ABI PGM Sequencing Platform Bacterial Genome de novo Sequencing |
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