立枯丝核菌AG-3全基因组分泌蛋白的预测分析 |
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引用本文: | 许姗姗,沈成孟,孙爱丽,赵联晶,杨根华.立枯丝核菌AG-3全基因组分泌蛋白的预测分析[J].生物技术,2023(2):187-190+195. |
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作者姓名: | 许姗姗 沈成孟 孙爱丽 赵联晶 杨根华 |
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作者单位: | 云南农业大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室 |
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摘 要: | 目的]预测、分析立枯丝核菌AG-3全基因组范围内的分泌蛋白,并明确其基本特征,筛选其效应蛋白。方法]依据已经公布的立枯丝核菌AG-3全基因组数据库中的12 726个蛋白序列,利用信号肽预测软件SignalP-4.1,细胞器定位分析软件ProtComp 9.0,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM 2.0, GPI-锚定位点预测软件big-PI Fungal Predictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP-1.1进行典型分泌蛋白的预测分析,并用LipoP-1.0进行信号肽切割位点的预测分析,最后对预测得到的分泌蛋白通过EffectorP进行效应蛋白的预测。结果]在立枯丝核菌AG-3中有401个蛋白被预测为分泌蛋白,其编码蛋白长度集中于100~600 aa。信号肽长度介于11~35 aa之间,-3至-1位置上的氨基酸相对保守,切割位点为A-X-A类型,可被SpⅠ型信号肽酶识别并切割。在预测得到的分泌蛋白中通过EffectorP筛选得到140个效应蛋白。结论]通过全基因组预测得到401个具有典型分泌蛋白特征的蛋白,从预测的分泌蛋白中筛选得到140个效应蛋白。
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关 键 词: | 立枯丝核菌 生物信息学 分泌蛋白 效应蛋白 |
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