肾纤维化关键基因的生信筛选及分析 |
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引用本文: | 杨书彬,苏虹婵,练晓梅,南洋.肾纤维化关键基因的生信筛选及分析[J].生物技术,2023(2):169-175+186. |
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作者姓名: | 杨书彬 苏虹婵 练晓梅 南洋 |
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作者单位: | 黑龙江中医药大学药学院 |
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基金项目: | 黑龙江省教育厅海外学人科研资助项目(1153h18); |
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摘 要: | 目的]利用生物信息学技术筛选与肾纤维化相关基因,并预测与基因相关通路,疾病、细胞类型和有关药物。方法]在公共基因芯片数据库(GEO)中获取与肾纤维化相关三个基因数据集,利用Venn图鉴定出共表达的差异基因,Metascape工具对差异基因进行功能(GO)和通路富集(KEGG)分析,还利用STRING构建蛋白相互作用网络(PPI)网络以及可视化工具Cytoscape筛选关键基因,最后用及Enrichr和Comparative Toxicogenomics Database(CTD)数据分析有关疾病、细胞类型和药物。结果]与肾纤维化相关的数据集GSE148420、GSE38117、GSE54441经Venn图共得到83个DEGs。经Cytoscape对STRING工具得到的PPI网络可视化后,筛选出10个与肾纤维化相关的关键基因,分别是F13B、ALDH8A1、A1CF、PAH、KMO、ALDH6A1、SPP2、ACAT1、ABAT、CAT。GO和KEGG富集显示这些基因与氧化还原酶活性,血小板致密颗粒,色氨酸、结氨酸、亮氨酸和异亮氨酸等氨基酸代谢通路有关。利用Enrichr和CTD...
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关 键 词: | 肾纤维化 关键基因 生物信息学 疾病 细胞类型 药物 |
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