黑莓RuTT12-1基因密码子偏好性分析

MATE家族(multidrug and toxin efflux)成员TT12(TRANSPARENT TESTA 12)广泛存在于植物当中,是植物花青素苷和原花青素由细胞质转运至中央液泡过程中一个重要的转运蛋白。文章利用CUSP和Codon W在线程序对黑莓(Rubus spp.)TT12基因(Ru TT12-1)序列进行分析,并与模式植物基因组和其他植物TT12基因进行比较,对了解Ru TT12-1基因的密码子使用特性,并根据其特性选择合适的表达系统具有重要的意义。结果表明:Ru TT12-1基因表达量不高,偏好使用以A/T结尾的密码子,且7种最优密码子也均以A/T结尾。在密码子的使用频率上,Ru TT12-1基因与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、烟草(Nicotiana tobacum)的差异小于和玉米(Zea mays)、小麦(Triticum aestivum)的差异,因此拟南芥和烟草更适合作为该基因的异源表达宿主。通过与35种植物TT12基因密码子偏好系数对比分析,大部分TT12基因偏爱使用以A/T结尾的密码子,这可能与其的功能有关。