黄花苜蓿SKIP同源基因cDNA的克隆与生物信息学分析

本研究利用RT-PCR方法从野生黄花苜蓿中克隆得到一个编码pre-m RNA剪切因子SKIP同源基因的c DNA片段,命名为Mf SKIP。对克隆片段的序列分析表明,该c DNA片段全长2 256 bp,包含一个1 836 bp的开放阅读框,预测编码一条含611个氨基酸的多肽,分子量约为69.1 k D,理论等电点8.78。对蛋白保守结构域的分析显示Mf SKIP具有SNW/SKIP蛋白特有SKIP的S-N-W-K-N序列,与水稻SKIP(NP_001048184.1)同源性高达85%。生物信息学分析表明,Mf SKIP属于定位在细胞核内的不含跨膜结构域且不含信号肽的亲水性蛋白,二级结构主要由无规则卷曲结构组成。系统发育分析表明,野生黄花苜蓿Mf SKIP蛋白与蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)的Mt SKIP、鹰嘴豆(Cicer arietinum)Ca SKIP亲缘关系较近。本研究成功克隆野生黄花苜蓿Mf SKIP基因全长c DNA片段,为研究pre-m RNA剪切因子在黄花苜蓿响应非生物逆境胁迫应答中的作用奠定基础,并为抗逆牧草新品种培育提供候选基因。