| 桃拉综合征病毒中国株ZHZC3全基因测序及分子结构预测 |
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| 引用本文： | 黄新新,陆承平.桃拉综合征病毒中国株ZHZC3全基因测序及分子结构预测[J].中国病毒学,2006,21(3):267-272. |
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| 作者姓名： | 黄新新 陆承平 |
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| 作者单位： | 南京农业大学农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室,江苏,南京,210095 |
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| 摘 要： | 设计8对引物分片段扩增桃拉综合征病毒中国分离株ZHZC3全基因组,病毒两末端序列采用末端快速扩增方法(RACE)获取.扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNAstar软件拼接全序列及同源性比较.结果显示ZHZC3全序列除去3' poly (A)尾,由10202个碱基组成,有两个开放阅读框,分别编码2107和1011个氨基酸的聚蛋白.与美国参考株HI94相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,但在5' UTR缺失3个A,两者整体核酸同源性达97.9%.ORF1 中ZHZC3与HI94及巴西株(BLZ01)的核酸同源性分别为97.6%、97.7%,在ORF2中ZHZC3与HI94、BLZ01的核酸同源性则分别为98.3、97%.与国外株ORF2的部分序列比较发现ZHZC3和中国台湾株均与美国株HI94同源性最高.克隆分析6株TSV中国大陆株主要结构蛋白CP2基因,发现其编码的氨基酸存在三个高变区,中国大陆株更有其独特的氨基酸变异模式,312 (S), 449 (A), 451 (Q) 和468 (H).表明该病毒的整体变异性不高,但中国的流行株已形成其自己的遗传演变特征.在此基础上,利用生物学软件对CP2蛋白功能域和三维结构进行了预测,为进一步分析CP2蛋白结构与功能关系奠定了基础.ZHZC3株是第一个测定全序列的TSV中国株.
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| 关 键 词： | 桃拉综合征病毒(TSV) 基因组 CP2蛋白 同源建模 |
| 文章编号： | 1003-5125(2006)03-0267-06 |
| 修稿时间： | 2005年11月28 |
Genome Sequencing and Structure Prediction of ZHZC3 Strain of Taura Syndrome Virus Isolated in China |
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| HUANG Xin-xin,LU Cheng-ping.Genome Sequencing and Structure Prediction of ZHZC3 Strain of Taura Syndrome Virus Isolated in China[J].Virologica Sinica,2006,21(3):267-272. |
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| Authors: | HUANG Xin-xin LU Cheng-ping |
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| Institution: | 1.Key Laboratory of Animal Disease Diagnostic and Immunology, Ministry of Agriculture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Taura syndrome virus (TSV) Genome CP protein Homology modeling |
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