| 检测番茄BAC序列中paralogs的blastn参数研究 |
| |
| 引用本文： | 葛静,宋驰,卢辰,王瑛. 检测番茄BAC序列中paralogs的blastn参数研究[J]. 武汉植物学研究, 2009, 27(2): 211-215 |
| |
| 作者姓名： | 葛静 宋驰 卢辰 王瑛 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国科学院武汉植物园,武汉,430074;中国科学院研究生院,北京,100049
2. 中国科学院武汉植物园,武汉,430074 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金，中国科学院百人计划项目，武汉市青年科技晨光计划项目 |
| |
| 摘 要： | 并系同源(paralog)和直系同源(ortholog)是物种进化过程中产生的两种基本的同源序列类型.目前判断ortholog的方法已经基本确立,而paralog的判断却还没有统一的标准.番茄全基因组测序正在进行中,利用GenBank中已有的番茄BAC序列进行一系列不同参数下的比对(blastn),根据比对结果确定了paralog预测的最佳参数,分别是E值为10-40,匹配序列长度为200 bp,序列一致率为80%.这些参数值的确定为以后在番茄BAC序列中进行paralog预测提供了适用的参数.
|
| 关 键 词： | 基因复制 番茄 并系同源(paralog) 直系同源(ortholog) |
Determination of Blastn Parameters for Predicting Paralogs in Tomato BAC Clones |
| |
| GE Jing,SONG Chi,LU Chen,WANG Ying. Determination of Blastn Parameters for Predicting Paralogs in Tomato BAC Clones[J]. Journal of Wuhan Botanical Research, 2009, 27(2): 211-215 |
| |
| Authors: | GE Jing SONG Chi LU Chen WANG Ying |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Blastn |
| 本文献已被 维普 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《武汉植物学研究》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《武汉植物学研究》下载全文 |
|
