基于RNA-seq对南蛇藤MADS-box转录因子序列及表达分析

为了分析南蛇藤MADS-box转录因子对其雌花发育和果实形成的调控信息，本文基于南蛇藤的转录组数据，获得15个具有全长开放阅读框的MADS-box转录因子（ColMADS），并利用生物信息学方法对其性质和结构特性进行了分析。结果表明，基因comp37814_g1和comp41380_g2属于M-type家族，不含有K盒结构，其他均为MIKC家族；除了comp37713_g1之外，其余均属于不稳定的亲水性蛋白；二级结构均含有α-螺旋、扩展链结构、β-转角和无规则卷曲，其中α-螺旋所占比例最高；序列主要包含5种保守基序，基序1和基序2分别含50个氨基酸且属于该基因家族的保守基序，仅基序1含有MADS盒。系统进化分析结果显示南蛇藤ColMADS转录因子被分为10个进化支，分属于不同类型的亚家族及不同的组。另外，利用荧光定量PCR检测方法揭示了这些基因在南蛇藤盛花、落花和幼果不同发育时期的表达情况。结果表明，2个基因在盛花期相对表达值最高，9个基因在落花期相对表达值最高，在幼果形成过程中有4个基因显著上调表达。

Sequence and Expression Analysis of MADS-box Genes in Celastrus orbiculatus Thunb. Based on RNA-seq Data