| 六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析 |
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| 引用本文： | 王昊明,范立刚,董永镕,郑晓慧,刘慧泉. 六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析[J]. 菌物学报, 2021, 40(9): 2299-2316. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210170 |
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| 作者姓名： | 王昊明 范立刚 董永镕 郑晓慧 刘慧泉 |
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| 作者单位： | 1.西北农林科技大学植物保护学院 陕西 杨凌 7121002.西昌学院农业科学学院 四川 西昌 615013 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划(2019YFD1000605) |
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| 摘 要： | 羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时测序技术对我国四川省成功栽培的六妹羊肚菌Morchella sextelata SCLS菌株进行全基因组测序,获得其高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03%,包含42条重叠群（contigs）,重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒重复序列,为完整的染色体。通过链特异性RNA-seq测序和转录本拼接,并结合多种基因预测策略,预测到13 182个蛋白编码基因,包括267个碳水化合物活性酶,11个次生代谢产物合成基因簇。通过与内蒙古地区栽培的六妹羊肚菌菌株NZTD180501373基因组比较发现,六妹羊肚菌进化过程中可能发生过染色体重组事件,二者具有33 055个SNP和48 726个InDel位点差异,并且各自拥有超过6Mb的特有序列。此外,相比于梯棱羊肚菌M. importuna,六妹羊肚菌SCLS菌株中与逆转录转座酶有关的orthogroup发生了扩张,并且拥有5个成员数超过100的特有逆转录转座酶基因家族。对SCLS菌株中的DNA N6腺嘌呤甲基化（6mA）修饰进行了鉴定,发现SCLS菌株基因组中0.42%的腺嘌呤被6mA甲基化,其含量显著高于已报道的6种双核亚界（Dikarya）真菌。6mA甲基化位点在逆转录转座子上显著富集,表明六妹羊肚菌中6mA甲基化可能调控逆转录转座子的活性,这也是首次在真菌中报道6mA甲基化与转座子相关。
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| 关 键 词： | 三代基因组测序 DNA6mA甲基化 LTR逆转录转座子 真菌基因组 |
| 收稿时间： | 2021-05-06 |
High-quality genome assembly and DNA N6-methyladenine analysis of Morchella sextelata strain SCLS using PacBio SMRT sequencing |
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| WANG Hao-Ming,FAN Li-Gang,DONG Yong-Rong,ZHENG Xiao-Hui,LIU Hui-Quan. High-quality genome assembly and DNA N6-methyladenine analysis of Morchella sextelata strain SCLS using PacBio SMRT sequencing[J]. Mycosystema, 2021, 40(9): 2299-2316. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210170 |
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| Authors: | WANG Hao-Ming FAN Li-Gang DONG Yong-Rong ZHENG Xiao-Hui LIU Hui-Quan |
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| Affiliation: | 1. College of Plant Protection, Northwest A&F University, Yangling, Shaanxi 712100, China2. Department of Agricultural Science of Xichang University, Xichang, Sichuan 615013, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | third-generation sequencing DNA N6-methyladenine LTR retrotransposon fungal genome |
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