A型流感病毒同义密码子的使用偏性对RNA二级结构的影响 |
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作者姓名: | 李瑞芳 于志芬 黄俏 郭春阳 李雪 |
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作者单位: | 内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022;内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022;内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022;内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022;内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022 |
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基金项目: | 2016MS0362) |
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摘 要: | 以A型流感病毒为研究样本,分析了同义密码子使用偏性对RNA二级结构的影响,为进一步研究同义密码子存在的意义及A型流感病毒RNA特征提供一些理论依据。收集整理了NCBI中收录的全部A型流感病毒的核酸序列信息,计算了每一条核酸序列的RNA二级结构,计算出RNA环结构含量和茎结构含量及折叠自由能。在此基础上,计算了RNA二级结构的柔性。同时,计算了每一条核酸序列的相对同义密码子使用值。由此,建立了A型流感病毒RNA二级结构数据库。分析每条核酸序列的相对同义密码子使用值与RNA的环结构、茎结构及柔性之间的关系。分析结果表明,50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA茎结构含量和环结构含量显著相关;60%的氨基酸的相对同义密码子使用值与单位平均折叠自由能显著相关;50%的氨基酸的相对同义密码子使用值与RNA柔性显著相关。进一步分析发现,与茎结构含量和环结构含量都显著相关的密码子,它们的相对同义密码子使用值与两种结构含量的相关性截然相反,而且发现,在所选的参量中,RNA柔性与相对同义密码子使用值显示出更好的相关性。结果证实,对于A型流感病毒,同义密码子的使用偏性对RNA二级结构存在很大的影响。
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关 键 词: | A型流感病毒 同义密码子使用偏性 RNA二级结构 RNA柔性 折叠自由能 |
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