| 基于Web的水稻芯片数据注释和分析平台 |
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| 引用本文： | 陈迪俊,张帆,吴超,李霞,陈铭.基于Web的水稻芯片数据注释和分析平台[J].中国科学C辑,2009,39(3):323-332. |
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| 作者姓名： | 陈迪俊 张帆 吴超 李霞 陈铭 |
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| 作者单位： | 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院;浙江大学生命科学学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:30500106,30570424,30571034,30600367和30771326);;国家高技术研究发展计划(批准号:2007AA02Z329和2008AA10Z125);;国家重点基础研究发展计划前期研究专项(批准号:2008CB517302);;浙江省科技支撑和引导计划(批准号:2007C22025);;黑龙江科技攻关计划(批准号:GB03C602-4)资助项目 |
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| 摘 要： | 国际水稻基因组测序计划(IEGSP)顺利完成, 水稻基因的研究也进入了后基因组研究阶段. 水稻基因芯片数据注释分析是一项重要的功能基因组学研究内容, 它为理解水稻基因的生物学意义提供了帮助. 本研究开发了一个基于Web的水稻基因芯片数据注释和分析平台(RiceChip), 它比同类的注释数据库更加全面快捷. 本平台共由5个功能模块组成: BioChip模块为水稻基因表达数据提供快速检索和高级检索, 可依次按照Probe Set ID, Locus ID, Analysis Name等字段进行检索; BioAnno模块整合多个生物学数据库, 为水稻基因提供基因功能、蛋白质结构、生物代谢途径以及转录调控等方面的注释信息; BioSeq模块则收集水稻基因组的序列信息, 支持对水稻基因与芯片探针的序列查询; BioView模块是系统图形可视化的核心模块, 提供友好的访问界面与结果输出, 方便研究人员使用; BioAnaly模块结合R/Bioconductor统计分析工具提供高通量芯片数据的在线分析. 本系统从不同的方面依次提供了数据检索、基因注释、序列分析、数据可视化和数据分析等功能, 其数据收集的全面性与功能分析的强大性在同类水稻基因芯片数据注释和分析平台中都较突出.
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| 关 键 词： | 水稻 基因芯片 注释和分析平台 功能基因组 |
| 收稿时间： | 2008-08-26 |
| 修稿时间： | 2008-12-17 |
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